一、MHC-Ⅰ链相关基因最新研究进展（论文文献综述）
王燕[1]（2021）在《基于代谢/蛋白组学及网络药理学研究补阴补阳剂的抗衰老作用》文中研究表明目的基于UPLC-QTOF/MS代谢组学和i TRAQ定量蛋白质组学技术,观察补阳剂金匮肾气丸与补阴剂六味地黄丸对自然衰老小鼠内源性代谢物和差异蛋白的影响,分析金匮肾气丸和六味地黄丸对自然衰老小鼠的调节作用。结合网络药理学及分子对接技术,通过多数据库挖掘,进一步构建补阴补阳方剂-衰老靶点多层次网络,多维度比较分析补阳剂金匮肾气丸与补阴剂六味地黄丸干预衰老的作用特点。方法基于课题组前期研究,选用3月龄小鼠为低龄组,20月龄自然衰老小鼠随机分为老龄组、六味地黄丸组和金匮肾气丸组,每组20只（雌、雄各10只）。六味地黄丸组给药量9.75 g/kg,金匮肾气丸组给药量10.53 g/kg,低龄组、老龄组灌胃同体积的生理盐水。连续灌胃30天后,制备血浆、脾、肾组织样本用于UPLC-Q-TOF/MS代谢组学分析,制备肝组织样本用于i TRAQ定量蛋白质组学分析。网络药理学研究选用TCMSP数据库获取金匮肾气丸和六味地黄丸药物相关化学成分对应的靶点,分别在Gene Cards、OMIM、Pharm GKB、Drug Bank数据库搜索衰老靶点,通过Cytoscape＿v3.7.0构建补阴补阳方剂-衰老靶点多层次网络,探究补阴补阳方剂与衰老的关联性,选择两首补益方中与靶点联系较多的共同成分及共同靶蛋白,应用Auto Dock Vina软件进行分子对接。最后结合生物信息学功能分析探讨补阴剂六味地黄丸与补阳剂金匮肾气丸调节衰老的作用机制特点。结果1代谢组学研究发现,衰老进程中各组织样本中代谢物质及其富集的代谢通路均发生改变,且不同组织样本中衰老代谢标志物及通路存在差异。雌鼠血浆、脾和肾组织样本中分别鉴定筛选出24、14和20个代谢标志物;雄鼠血浆、脾和肾组织样本中分别鉴定筛选出22、26和34个代谢标志物。对于雌鼠,脾和肾组织中相同标志物有肌苷、9,10-环氧十八烯酸、鞘氨醇3个;血浆和脾组织中相同标志物是D-赤藓糖-4-磷酸;血浆和肾组织中相同标志物是L-二氢乳清酸。对于雄鼠,脾和肾组织中相同标志物有L-谷氨酸、泛酸、焦谷氨酸、左旋棕榈酰肉碱4个;血浆和脾组织中相同标志物是二十二碳六烯酸。雌鼠脾和肾组织中相同代谢通路有8个;血浆和脾组织中相同代谢通路有4个;血浆和肾组织中相同代谢通路有5个,血浆、脾和肾组织中共同代谢通路有3个。雄鼠脾和肾组织中相同代谢通路有19个;血浆和脾组织中相同代谢通路有7个;血浆和肾组织中相同代谢通路有7个,血浆、脾和肾组织中共同代谢通路有6个。2蛋白质组学研究发现,衰老进程中差异蛋白及其富集的通路均发生改变,雌鼠低龄组（3M）与老龄组（20M）对比的肝组织中上调的差异蛋白163个,下调的差异蛋白97个;雄鼠低龄组（3M）与老龄组（20M）对比的肝组织中上调的差异蛋白165个,下调的差异蛋白91个。比较不同性别小鼠的差异蛋白,发现随着衰老进程,雌、雄鼠肝组织样本中均有155个共同差异蛋白表达上调、均表达下调的蛋白有63个。3六味地黄丸和金匮肾气丸对不同组织样本中衰老相关代谢标志物均有调节作用。对于雌鼠,六味地黄丸对血浆样本中13个衰老标志物有回调,脾组织样本中11个标志物有回调,肾组织样本衰老相关的标志性代谢物质中,六味地黄丸方对17个有回调;对于雄鼠,六味地黄丸对血浆样本中17个衰老标志物有回调,对脾组织样本中27个标志物有回调;雄鼠肾组织样本中,六味地黄丸回调的标志物有18个。金匮肾气丸能回调雌鼠血浆样本中10个衰老标志物、脾组织样本中12个标志物、肾组织样本中的15个衰老标志物;对于雄鼠,金匮肾气丸对血浆样本中20个衰老标志物有回调、对脾组织样本中25个标志物有回调、肾组织样本中的32个标志物有回调。4六味地黄丸和金匮肾气丸对衰老相关差异蛋白均有调节作用。在雌鼠肝组织样本中,六味地黄丸回调117个衰老相关差异蛋白,雄鼠肝组织样本中六味地黄丸回调46个的衰老相关差异蛋白;金匮肾气丸对雌鼠的115个衰老相关差异蛋白有回调作用,对雄鼠的58个衰老相关差异蛋白有回调作用。对于雌鼠,六味地黄丸和金匮肾气丸共同上调的衰老相关蛋白有44个,共同下调的衰老相关蛋白有66个;对于雄鼠,六味地黄丸和金匮肾气丸共同上调的衰老相关蛋白有3个。六味地黄丸和金匮肾气丸调节自然衰老雌鼠的共同通路有14个,调节雄鼠的衰老相关蛋白富集共同通路有4个。5网络药理学研究发现,六味地黄丸中46个主要成分对应靶基因190个,其中有159个与衰老相关;金匮肾气丸中48个主要成分对应靶基因194个,其中有162个与衰老相关。六味地黄丸和金匮肾气丸抗衰老靶点均能通过参与细胞对缺氧的反应、对脂多糖的反应、凋亡过程的负调控、老化、血管生成的正调控、细胞衰老、血管内皮生长因子产生的正调控、蛋白质磷酸化、细胞对胰岛素刺激的反应等生物进程调节衰老进程。6分子对接研究发现,原癌基因c-Fos（FOS）与槲皮素（quercetin）,α-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（AKT1）与薯蓣皂素（diosgenin）、山奈酚（kaempferol）、槲皮素（quercetin）,丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）与槲皮素（quercetin）结合活性最强。结论1衰老进程中伴随代谢物质和蛋白的改变,且在不同组织不同性别存在差异。2补阴剂（六味地黄丸）和补阳剂（金匮肾气丸）对不同组织样本中衰老相关代谢标志物均有调节作用,两者调节作用有差异性。补阴剂（六味地黄丸）调节自然衰老雌鼠血浆、雄鼠脾组织、雌鼠肾组织样本中代谢标志物较补阳剂（金匮肾气丸）显着;补阳剂（金匮肾气丸）调节自然衰老雄鼠血浆、雌鼠脾组织和雄鼠肾组织样本中代谢标志物较补阴剂（六味地黄丸）显着。3补阴剂（六味地黄丸）和补阳剂（金匮肾气丸）对自然衰老小鼠肝组织样本中的衰老相关差异蛋白均有回调,均能通过干预老化、细胞黏附调节、蛋白质磷酸化、凋亡过程、心肌收缩、脂质代谢过程等生物进程调节衰老。代谢组学和蛋白质组学研究联合分析发现,六味地黄丸和金匮肾气丸共同调节的差异蛋白113个,与调节的共同代谢通路中72个代谢标志物存在生物信息学关联。4网络药理学研究发现,补阴剂六味地黄丸与补阳剂金匮肾气丸发挥抗衰老作用的主要靶点与细胞对缺氧的反应、凋亡过程的负调控、炎症反应、对脂多糖的反应、老化、细胞衰老、血管内皮生长因子产生的正调控等生物进程密切相关。分子对接结果提示两首方剂中的主要活性成分与FOS、TP53、MAPK1、AKT1、MYC、JUN、MTOR有较好的亲和力。蛋白质组学和网络药理学研究结果比较发现,抗衰老靶点/蛋白的共同富集通路有黏着斑、PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路、甲状腺激素信号通路、阿尔茨海默病等9条通路。
高山[2]（2021）在《NNMT和FGF21基因多态性与HIIT健康促进效果个体差异的关联性研究》文中指出研究目的:运动有益于健康。高强度间歇训练（HIIT）是近些年被推荐最多的健身方法之一,对骨骼肌的代谢能力、心血管的调节等方面均有积极作用,而且,其效果不会低于中低强度持续运动,甚至在提高最大摄氧量（VO2max）方面,HIIT比持续中低强度有氧运动更具备时效性。并由于训练时间短,可以通过间歇避免不适症状的出现,所以更容易接受并完成训练。但运动锻炼对于促进健康效果有较大的个体差异,遗传效应是重要的影响因素之一。因此,本研究拟探讨NNMT和FGF21基因多态性与HIIT健康促进效果个体差异性的关系,为制定个体精准化的运动干预方案提供参考。研究方法:在内蒙古师范大学、安庆师范大学、江西师范大学、兰州城市学院四所高校组织HIIT训练干预。共220名（男=100,女=120）受试者完成12周HIIT训练计划。干预前后测试其身体形态、体成分、有氧耐力等指标。以训练前后各指标的变化量表示高强度间歇训练效果。应用Illumina CGA芯片对两个基因的四个标签单核苷酸多态性（tagged SNPs）,NNMT rs694539、NNMT rs1941404、FGF2 rs2071699、FGF2 rs11665841进行分型。使用卡方检验计算各基因型分布是否符合Hardy-Weinberg遗传平衡。受试者在耐力训练前后不同生理表型之间的变化采用配对样本t检验,不同基因型之间生理表型的变化量差异采用协方差分析。回归分析阳性关联位点对指标影响的贡献度。研究结果:1)HIIT健康促进效果及个体差异:经过12周HIIT后,身体形态、体成分和有氧运动耐力指标发生显着改善,但呈现出较大个体差异。（1）男生:骨骼肌量显着增加0.355kg（变化范围:-3.0--3.60kg,p<0.01）。体脂肪量显着降低-1.174kg（变化范围为-9.60--2.60kg,p<0.01）。VO2max显着增加0.300L/min（变化范围:-0.45--1.47L/min,p<0.01）。（2）女生:骨骼肌量显着增加0.592kg（变化范围:-1.60--7.30kg,P<0.01）。体脂肪量显着降低-0.228kg（-4.80--5.50kg,P<0.05,是否有显着变化,文中没有提及）。VO2max显着增加0.186L/min（变化范围:-0.380--0.700L/min,p<0.01）。2)基因多态性与HIIT健康促进效果的关联性:（1）男生:体脂肪训练效果与NNMT rs694539显着关联,CT基因型携带者训练效果（-1.518kg）显着高于CC基因型（-0.974kg）和TT基因型（-0.233kg）。CT基因型频率为49%;骨骼肌质量训练效果与NNMT rs1941404显着关联,AG基因型（0.591kg）显着高于AA基因型（0.363kg）和GG基因型（-0.080kg）,AG基因型频率45%。（2）女生:体脂肪训练效果与NNMT rs1941404显着关联,GG基因型训练效果（-0.080kg）显着高于AA基因型（-0.041kg）和AG基因型（0.014kg）,GG基因型频率为25%。逐步回归分析结果发现该位点可解释体脂肪变化值差异的比重为5.1%。未发现FGF21基因多态性与HIIT训练效果存在显着关联性。研究结论:NNMT基因多态性与HIIT健康促进个体差异性效果关联。1)rs694539可预测男生体脂肪的训练效果,CT是优势基因型,携带者具有更好的干预效果;2)rs1941404可预测男生骨骼肌的训练效果,AG是优势基因型,携带者具有更好的干预效果。3)rs1941404可预测女生体脂肪的训练效果,GG是优势基因型,携带者具有更好的干预效果。并且该位点影响体脂肪干预效果个体差异的5.1%。
满君[3]（2021）在《从三焦“膜性四通管道”论治肺结节病的理论及临床研究》文中指出背景与目的肺结节病是以非干酪样坏死性上皮细胞肉芽肿为病理特征的系统性疾病,西医治疗以糖皮质激素为主,但激素治疗停药后极易复发,且副作用明显,中医药治疗肺结节病具有一定优势,通化方是在姜良铎教授三焦“膜性四通管道”理论基础上创立的治疗肺结节病的基本方。本研究第一部分从循证学证据确定糖皮质激素治疗肺结节病的确切疗效和对其预后及复发的影响,第二部分梳理总结姜良铎教授三焦“膜性四通管道”理论和在肺结节病临床诊治中的重要指导价值。第三部分为临床研究观察通化方加减治疗肺结节病的疗效和对其远期预后的影响。第四部分通过网络药理学分析通化方的作用机制和有效性。方法1糖皮质激素治疗肺结节病的Meta分析:通过检索国内外文献数据库,筛选符合纳入标准的糖皮质激素治疗肺结节病的临床随机对照试验（randomized controlled trials,RCTs）,采用Meta分析方法,主要观察指标为治疗有效率、随访有效率、复发率、肺功能及血清血管紧张素转化酶（serum angiotensin converting enzyme,SACE）。2从三焦“膜性四通管道”论治肺结节病的理论研究:结合古文献研究及近现代医家对三焦的论述,系统梳理三焦形质、功能及辨证相关内容。其次重点论述姜良铎教授三焦“膜性四通管道”理论。最后阐述该理论在肺结节病诊治中的重要指导价值,根据此理论创立“通化方”为治疗肺结节病的基本方。3通化方加减治疗肺结节病的临床研究:采用适用于少见病的前瞻性病例系列研究,纳入病情进展或复发的Ⅱ期肺结节病患者,予以通化方加减治疗,疗程6个月,随访期为6个月。治疗前记录患者一般资料和临床资料,根据SACE水平将其分为SACE升高组和正常组,比较两组中胸部HRCT、理化检查指标、中医证候积分的差异,及SACE与上述临床资料的相关性。疗效评价方面,比较患者治疗和随访前后的综合疗效、胸部HRCT、理化检查指标、中医证候积分和中医有效率,同时监测通化方的安全性。4通化方治疗肺结节病的网络药理学研究:提取“通化方”及肺结节病的作用靶点,构建通化方-肺结节病-靶点调控网络并对发挥核心作用的靶基因蛋白进行数据挖掘,最后通过对核心靶点基因蛋白进行基因本体（gene ontology,GO）功能和京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）信号通路富集分析得出通化方作用于肺结节病的疗效机制。与目前公认的肺结节病发病机制进行对比,探讨其有效性。结果1 Meta分析:本研究最终纳入8个RCTs,均以英文形式发表。结果显示:治疗后,糖皮质激素治疗组有效率高于对照组（P<0.05）,随访期间,治疗组有效率及复发率与对照组相比均未见明显差异（P>0.05）;治疗后治疗组患者肺功能FVC、DLCO高于对照组（P<0.05）,FEV1和SACE在两组间未见显着差异（P>0.05）。2理论研究:三焦形质是争论焦点,三焦功能论述主要集中在三焦主气化和主水液方面。三焦辨证在湿热病及其他复杂疾病治疗方面均有深远影响。姜良铎教授从三焦“膜性四通管道”理论认识肺结节病,提出三焦为人体器官的被膜、包膜、淋巴、间质组织等脏腑间联系的四通管道,三焦郁滞不通则气机气化不利、不能化生护卫精微,津液和血液运行障碍,形成痰瘀、痰瘀互结形成结节,并以膜性四通管道为途径流窜全身,治疗当疏利三焦。导师在此理论基础上创立通化方作为治疗肺结节病基本方。3临床研究:3.1一般资料:治疗前共入组31例患者,男性7例,女性24例,31例患者平均年龄56.97±1.07岁,平均病程为1.91±0.06年;肺外系统病变包括皮下结节、眼部侵润、双侧腮腺肿大;肺浸润HRCT评分上肺区和中肺区肺浸润HRCT评分高于下肺区（P<0.05）。3.2临床资料比较:治疗前完成SACE检测的共26人,其中SACE升高者有12例,正常者有14例,SACE升高组与正常组相比肺浸润HRCT评分与胸部HRCT总分升高,理化检查中淋巴细胞减低（P<0.05）。相关性分析发现SACE水平与肺浸润HRCT评分、胸部HRCT总分、淋巴细胞存在相关性（P<0.05）。3.3临床疗效比较:①综合疗效分析:通化方加减治疗6个月综合疗效有效率为66.7%,随访6个月综合疗效有效率为63.6%,随访期间有效率与治疗后有效率比较未见明显降低（P>0.05）。②胸部HRCT 比较:治疗6个月和随访6个月与治疗前比较,肺浸润HRCT评分、淋巴结肿大HRCT评分、胸部HRCT总分均有明显降低（P<0.01）;随访6个月与治疗6个月比较,肺浸润HRCT评分、淋巴结肿大HRCT评分、胸部HRCT总分未见统计学差异（P>0.05）。治疗6个月淋巴结肿大有效率高于肺浸润有效率（P<0.05）。③肺浸润类型及程度分级比较:肺浸润类型包括肺结节影、磨玻璃影与实变影,治疗与随访前后,三种类型所占比例无统计学差异（P>0.05）。治疗6个月与治疗前比较,结节影与磨玻璃影的HRCT评分降低（P<0.05或P<0.01）;随访6个月与治疗前比较,结节影HRCT评分降低（P<0.01）;随访6个月与治疗6个月比较,三者HRCT评分差异均无统计学意义（P>0.05）。治疗与随访前后患者肺浸润HRCT评分均分为轻度组和中度组,两组所占比例在治疗与随访前后无统计学差异（P>0.05）。④理化检查比较:治疗6个月、随访6个月与治疗前比较,SACE、血沉降低,淋巴细胞升高（P<0.05）;随访6个月与治疗6个月比较,淋巴细胞降低、单核细胞升高（P<0.05）;治疗6个月、随访6个月与治疗前三个阶段比较,SACE、血沉、淋巴细胞所占异常比例具有统计学差异（P<0.05）。⑤肺功能比较:治疗前共16例完成肺功能检测,肺功能通气类型以弥散伴小气道功能减低所占比例最高,未进行治疗和随访后疗效比较。⑥中医证候比较:全组与三焦郁滞、痰瘀痹阻、气阴亏虚组患者治疗6个月和随访6个月与治疗前和治疗1个月比较证候总积分显着降低（P<0.01）;三焦郁滞、痰瘀痹阻、湿热蕴肺组治疗6个月和随访6个月与治疗前比较证候总积分降低（P<0.05或P<0.01）;三焦郁滞、痰瘀痹阻、阳气亏虚组随访6个月与治疗前比较证候总积分降低（P<0.05）。⑦中医疗效比较:治疗1个月、治疗6个月与随访6个月3个阶段比较,中医有效率具有显着差异（P<0.01）;治疗6个月和随访6个月与治疗1个月比较有效率升高（P<0.01）;随访6个月与治疗6个月比较有效率未见差异（P>0.05）。⑧中医各症状比较:治疗1个月与治疗前比较,脘腹胀闷症状积分降低（P<0.05）;治疗6个月和随访6个月与治疗前比较胸闷、皮下结节、乏力、咳痰、口干咽燥、畏寒肢冷、潮热盗汗、大便溏泄症状积分均见降低（P<0.05）。⑨不良反应:在治疗和随访过程中,入组患者均未出现严重不良反应。4网络药理学研究:通过构建通化方-肺结节病-靶点调控网络发现白介素-6（interleukin 6,IL-6）、基质金属蛋白酶 9（matrixmetalloproteinase 9,MMP9）、半胱氨酸蛋白酶 3（caspase 3,CASP3）、趋化因子配体2（chemokine ligand 2,CCL2）为关键作用靶点蛋白,通过GO功能和KEGG信号通路富集分析发现通化方主要干预Hepatitis B信号通路、辅助性T细胞17（T helper cell,Th17）细胞分化、肿瘤坏死因子（tumor necrosis factor,TNF）信号通路、白介素-17（interleukin 17,IL-17）信号通路。IL-6、MMP9、CASP3、CCL2 基因,Th17 细胞分化、TNF信号通路、IL-17信号通路是目前公认的肺结节病发病相关靶点蛋白与机制,故证实了通化方治疗肺结节病的有效性。结论糖皮质激素治疗肺结节病有一定的疗效,但对远期预后及复发未见益处,通化方是在姜良铎教授三焦“膜性四通管道”理论基础上创立的治疗肺结节病基本方,临床疗效确切,可改善肺部浸润、淋巴结肿大和皮下结节、降低疾病活动性与严重性相关理化指标、改善中医证候积分,通过随访发现对远期预后较好,降低复发率,进一步采用网络药理学分析同样证实了通化方的有效性。
程华[4]（2021）在《长链非编码RNA LINC01235通过调控PI3K/AKT/mTOR信号通路影响胃癌进展的机制》文中认为背景及目的:胃癌常年在全球占据着所有恶性肿瘤病死率的第三位,发病率的第五位,在目前来看堪称最常见且棘手的恶性消化道肿瘤之一。在我国,因来医院就诊的患者大都是进展期胃癌,此类患者的预后往往不佳。因此,目前对肿瘤患者更推荐肿瘤的一级及二级预防,早期发现及时治疗显得尤为重要。几十年来,对于胃癌患者,既往已有的血清分子标志物例如CEA等愈来愈难以满足医生及患者对于疾病更高程度的要求。近十几年来,随着高通量测序的发展,非编码RNA（non-coding RNA,nc RNA）因其在肿瘤中扮演着不可替代的角色引起人类的重视。长链非编码RNA（Lnc RNA）是一类碱基长度超过200bp的nc RNA。虽然Lnc RNA在多种癌症中的作用已经证实,但发现LINC01235在胃癌中的研究相对较少,因此本研究目的是探讨长链非编码RNA LINC01235在胃癌中的表达及相关分子作用机制。方法:（1）通过TCGA数据库检测LINC01235在胃癌及癌旁组织中的表达水平;分析LINC01235对胃癌患者预后的价值;收集胃癌及癌旁组织验证生物信息学结果。（2）调控胃癌细胞株MGC-803、SGC-7901中LINC01235的表达,检测细胞增殖、侵袭和转移能力的变化;Western blot检测调控LINC01235的表达对PI3K/AKT/mTOR信号通路的影响。（3）建立裸鼠皮下移植瘤模型,验证调控LINC01235的表达对SGC-7901细胞株体内成瘤的影响。结果:（1）TCGA数据分析发现与癌旁组织相比,LINC01235在胃癌组织中高表达（P<0.05）,LINC01235高表达组的预后较差（P<0.05）。临床新鲜标本验证了这一结果。Western blot结果显示,胃癌组织中p-AKT、p-mTOR的表达水平高于癌旁正常组织（P<0.05）。（2）在LINC01235低表达的MGC-803细胞中上调LINC01235后细胞的增殖、侵袭和转移能力显着比对照组增强（P<0.05）;在LINC01235高表达的SGC-7901细胞中抑制LINC01235的表达后细胞的增殖、侵袭和转移能力显着比对照组降低（P<0.05）。在MGC-803细胞中上调LINC01235表达后p-AKT、p-mTOR、Cyclin E1表达比对照组增强,而PTEN表达则比对照组减弱（P<0.05）;在SGC7901细胞中下调LINC01235表达后p-AKT、p-mTOR、Cyclin E1表达比对照组减弱,而PTEN表达则比对照组增强（P<0.05）。（3）动物实验结果显示,抑制LINC01235表达的LINC01235-siRNA组肿瘤体积及重量均低于NS-siRNA组（P<0.05）。结论:LINC01235在胃癌组织中表达增强且与患者预后有关,LINC01235可能通过调控PI3K/AKT/mTOR信号通路的活性参与了胃癌的进展。
黄一帆[5]（2021）在《人类衍生细胞综合糖基化谱图 ——以HEK293为模式细胞的糖链预测研究》文中进行了进一步梳理糖类与核酸、蛋白质、脂质并称为四大生物大分子。人体内糖基化修饰广泛参与包括信号传导在内的各项生理活动。糖类物质的代谢与受精过程、细胞分化、组织发育、免疫作用、神经系统的形成和细胞癌变等生命现象息息相关。细胞糖链结构的探索研究对理解糖链相关的生物代谢过程具有重要意义。与蛋白质和核酸相比,糖链结构复杂多变,这为糖链结构的鉴定增加难度。虽然此前预测糖链结构的相关研究降低了糖链鉴定的难度。然而这些研究仍然存在一些局限性,例如目前对于糖链结构预测的研究只停留于评估特定的糖基化修饰通路,如N-糖基化,缺乏对于整个细胞内错综复杂的糖基化修饰的全局预测。此外这类研究并未应用于人体细胞的糖基化水平分析。因此亟需开发一种更简便的分析工具,用于人体细胞糖链结构系统性的预测研究。近年来高通量测序（RNA-seq）技术逐渐成熟,利用基因转录数据进行代谢水平的预测成为可能。为了解决糖链分析研究领域的难题,本研究以HEK293为模式细胞,整合转录信息到糖基化代谢通路,将糖基化过程可视化,并探索利用转录信息预测糖链结构的新方法。本研究的目的是开发一种简单易懂的糖基化代谢通路可视化工具,构建鸟瞰式的评估体系,综合预测人类衍生细胞中糖基化基因转录水平差异对糖链结构的影响。主要研究结论如下:（1）本研究基于最新的文献报道收录951个糖基化相关基因,根据糖基化基因涉及的生物学功能分为30类,并绘制19类糖基化代谢谱图。进一步开发并构建了自动化绘图网络工具。该工具整合糖基化基因表达谱到代谢通路图中,使用箭头样式表示相关基因参与糖基化反应的详细信息,实现对糖链代谢过程的可视化,直观描述具体糖链结构的合成潜力。利用该分析工具发现HEK293细胞糖基化代谢通路图中的糖链结构与已报道的细胞糖基化能力基本一致。（2）在HEK293细胞的质谱和凝集素染色鉴定中,证实HEK293细胞能够完成多种糖基化修饰。在末端修饰糖链表位的研究中,证实代谢通路上转录丰度过低的糖基转移酶基因对糖链结构起到决定性作用。在O-糖合成途径相关的研究中发现预测结果高度拟合质谱鉴定的糖链结构种类,能够准确预测糖链合成的潜力。对人类衍生型细胞的糖基化基因表达数据库和已报道的糖链鉴定结果进一步分析,发现当预测阈值TPM为1时,本研究的预测工具能够广泛应用于人类衍生型细胞的糖链预测工作。（3）本研究使用凝集素染色技术对40株N-糖链合成缺陷的敲除细胞系组成的细胞库进行检测,证实凝集素染色分析能够捕捉到敲除细胞表面糖链结构的变化。研究发现表达高甘露糖型N-糖链的敲除细胞系表面的糖链表现出高度聚类,而且末端修饰结构中只有聚乳糖胺修饰异常上调。对其中7种具有代表性的N-糖合成相关基因缺陷型细胞系的质谱分析发现,生产高甘露糖型N-糖链的细胞系T-KO和MGAT1-KO的糖脂组分发生显着改变。通过对转录组数据的分析,发现T-KO中多个糖基化基因受到转录调控,并找到了T-KO细胞中表型发生改变的潜在原因:神经酰胺合成酶基因（CERS1）、透明质酸合成酶2基因（HAS2）、N-乙酰葡糖胺差向异构酶基因（RENBP）等转录水平显着上调。基于上述发现,本研究使用瞬时荧光定量PCR（RT-q PCR）验证了T-KO细胞中上述基因的转录上调。在随后的深入研究中发现,CERS1基因转录水平的上调增加了对应脂质底物的合成;HAS2的转录水平上调增强了细胞向胞外释放透明质酸的能力;RENBP转录水平的上调促进了Glc NAc转化为Man NAc的异构作用。结合T-KO细胞中N-糖链末端不能被修饰这一特征,本研究发现由于糖核苷酸底物UDP-Glc NAc不能被N-糖链利用而积累导致细胞压力。细胞通过适应性转录调控机制,上调HAS2、CERS1和RENBP等基因的转录水平,从而改变糖核苷酸底物的消耗途径,降低细胞内UDPGlc NAc或Glc NAc含量。（4）本研究将人类蛋白质图谱（Human Protein Atlas,HPA）数据库中肝脏和小肠的转录组信息输入到糖基化代谢通路可视化工具中,证实了由于大量关键的糖基转移酶转录量低,糖基化过程受到限制。因此,肝脏细胞内O-糖种类较单一,以核心1结构及唾液酸修饰的结构为主。然而,在粘蛋白表达能力强的消化功能相关的器官小肠内,绝大多数糖基转移酶的高度表达是O-糖链结构种类丰富多样的主要原因。在37种人类组织器官O-糖相关基因的表达谱分析发现,在功能类似的器官中,如消化器官的转录模式趋近而聚类,揭示了O-糖链合成中关键糖基化酶蛋白的高度表达对消化道相关器官中O-糖链结构丰富度和复杂度的贡献。在癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas Program,TCGA）数据库和基因型组织表达数据库（The Genotype-Tissue Expression project,GTEx）中人类结肠样本的转录组测序数据的分析中,成功地预测出癌变过程中糖基化修饰水平的改变。本研究工作收录了涉及糖基化的基因,通过代谢谱图描绘人类细胞糖基化过程中的详细信息,证明了转录组信息能够用于糖链结构的预测。同时转录分析能够敏锐地捕捉到细胞内受到转录调控的糖基化基因,对细胞内糖链组分发生的改变作出解释。此外本研究的网络工具可用于人类衍生型细胞的糖基化水平的预测,一方面揭示细胞分化过程中糖基化基因表达谱的改变,从而形成与器官功能相适应的糖基化差异;另一方面能够预测如癌变等病理过程前后的糖链结构变化。这一研究有望在未来为疾病的治疗和生物标记物的发现提供新思路。
钟卓珩[6]（2021）在《UVB诱导长春花及白桑次生代谢激活及调控的系统生物学研究》文中指出药用植物次生代谢产物是创新药物的重要来源。长春花中的吲哚生物碱与白桑中的异戊烯基化合物均具良好的生物活性,吲哚生物碱及其衍生物广泛用于肿瘤的临床治疗领域;但这些化合物在天然植株中的含量偏低,化学合成难度大,严重阻碍了大规模开发应用。前期研究表明,紫外线B（Ultraviolet B,UVB）辐射作为一种诱导因子,与暗培养手段结合,能引起长春花和白桑体内次生代谢物合成关键酶的响应并相应提升吲哚生物碱与Diels-Alder型加合物及其前体的含量,增加其药用价值,但UVB辐射下涉及的次生代谢激活及调控机制,如在信号转导、能量产生等方面,仍不清楚。本论文基于系统生物学研究思路,整合蛋白质组学、代谢组学、分子生物学等手段,对长春花及白桑响应UVB辐射的分子机理进行了探究,为阐明药用植物中活性成分生物合成机制奠定了基础,主要内容和结果如下:（1）UVB辐射下长春花磷酸化信号通路及初生代谢变化研究为探究UVB辐射下长春花叶片的响应,开展了ATP含量测定、磷酸化蛋白质组学分析、GC-MS代谢组学分析及Western-Blotting实验。结果表明,在UVB辐射下,叶片中ATP含量显着上升;磷酸化蛋白质组学分析鉴定了242个变化的磷酸化蛋白,这些磷酸化蛋白主要与蛋白质合成、修饰、降解及信号传递、转导相关,其中钙调蛋白、钙离子依赖型蛋白激酶、热激蛋白含量显着增加;GCMS代谢组学分析鉴定了110个变化的代谢物,主要属于糖类、有机酸类、氨基酸类、醇类,其中戊糖类、芳香族氨基酸类、苯丙素类代谢物显着增加;整合组学数据与Western-Blotting结果发现,糖酵解与活性氧清除系统相关途径显着变化。这些结果说明,UVB辐射对植物造成了氧化胁迫,并激活了钙离子依赖型的蛋白磷酸化/去磷酸化修饰。一方面,糖酵解途径蛋白精准调控,三羧酸循环上调,促进了ATP生成,为次生代谢中的合成反应提供能量;另一方面,氧化还原反应相关的蛋白上调,并参与催化部分次生代谢中的反应,进一步促进次生代谢物积累。（2）UVB辐射下长春花能量调控及次生代谢物积累研究为进一步探究UVB辐射下长春花叶片中线粒体对能量调控的作用及与次生代谢的联系,开展了线粒体酶活抑制实验、亚细胞器蛋白质组学分析、LC-MS靶向/非靶向代谢组学分析及q RT-PCR实验。线粒体酶活抑制实验表明,线粒体ATP合酶的抑制阻止了UVB辐射下ATP含量的上升。亚细胞器蛋白质组学分析鉴定了1051个线粒体相关蛋白质,其中线粒体呼吸链复合体I蛋白含量减少,复合体II、复合体IV蛋白含量增加;甲基赤藓糖磷酸（MEP）途径蛋白含量增加,香叶基焦磷酸（GPP）合酶含量增加,GPP还原酶含量降低;q RT-PCR实验证实这些蛋白对应基因的m RNA水平变化与蛋白变化趋势一致。LC-MS代谢组学分析鉴定了126个变化代谢物,主要包括生物碱类、有机酸类、糖类、苯丙素类、脂肪酸类,其中8个吲哚类生物碱含量显着增加。整合多组学数据分析发现,部分氨基酸代谢水平下降,色氨酸合成水平上升。这些结果说明,线粒体参与了UVB辐射反应的调控,一方面,不同复合体的响应保持了高ATP供应,MEP途径激活,GPP合酶含量增加,推动了GPP到单萜类骨架的转化,促进了吲哚生物碱单萜类前体的积累。另一方面,线粒体中部分氨基酸代谢水平下降,调控氮流参与色氨酸合成,促进吲哚生物碱另一前体积累。（3）UVB辐射结合不同时长暗培养下白桑调控机制研究为探究药用植物UVB辐射下调控机制存在的共性与特点,以白桑为例,开展了UVB辐射下白桑蛋白质组学分析、代谢物指纹图谱差异分析、体外抗氧化活力测定、化合物含量测定及q RT-PCR实验,分析了UVB辐射后暗培养不同阶段下及未处理植株不同组织部位间的差异。在未处理的白桑中,根部Diels-Alder型加合物及其前体含量显着高于其他部位,桑黄酮H、桑根皮素、chalcomoracin在根部的含量是其他部位的10倍以上。在UVB辐射处理后暗培养阶段,叶片中chalcomoracin等5个Diels-Alder型加合物及其前体含量显着增加;在暗培养30h下蛋白变化最为显着,有253个蛋白发生了变化,涉及黄酮类合成的查尔酮合酶、二氢黄酮醇-4-还原酶、柚皮素-2-酮戊二酸双加氧酶、苯香豆素苄基醚还原酶都有所增加。与长春花类似,UVB辐射下白桑内MEP途径激活,该途径中3个负责催化终产物异戊烯基单体合成的蛋白增加,使异戊烯基单体大量合成,促进了MEP途径下游以之为底物的反应,导致异戊烯基类化合物积累。由于白桑次生代谢途径仍未阐明,推测芳香类异戊烯基转移酶（Aromatic PT）催化的异戊烯基转移参与了Diels-Alder型加合物及其前体合成的调控。（4）白桑叶片UVB辐射下异戊烯基转移酶的功能研究为进一步研究白桑体内异戊烯基的转移机制,对白桑新型Aromatic PT展开研究。经过BLAST比对筛选、基因克隆、载体构建、体外酵母/烟草表达及功能验证实验,发现一条编码新型Aromatic PT的转录本,在UVB辐射后暗培养阶段RPKM值增加,能够催化GPP到氧化白藜芦醇的转移,命名为Ma OGT。通过生化性质测定及亚细胞定位实验,证实Ma OGT具有Aromatic PT的典型特征,拥有富含天冬氨酸的保守功能域,且定位于细胞质体。Ma OGT是首个接受GPP为异戊烯基供体的芪类PT,它的发现丰富了桑科Aromatic PT的信息,并为桑科更多未知Aromatic PT的深入挖掘提供参考。本论文通过对两种药用植物在UVB辐射下调控机制的共性与特点展开研究,阐明其在UVB辐射下分子响应及调控机制,揭示了MEP途径异戊烯基骨架合成及转移对下游物种特异性次生代谢途径激活的重要意义,对调控MEP途径活性成分的生物合成奠定了基础。
张晓婷[7]（2021）在《基于区块链技术的基因数据安全共享系统的研究与设计》文中研究表明随着基因检测技术的迅猛提升和其服务的大众化,基因数据隐私的安全性问题越来越突出。传统的基因检测流程使得用户在不知情的情况下被共享且泄露了极具私密、极具价值的个人基因数据。用户的基因数据所有权难归属于个人。有些科研机构获得的基因实验样本来源不可靠不真实,严重影响了生物医药的研究。针对基因检测行业及基因共享领域存在的基因数据归属性和基因数据安全性问题,本文将区块链技术和SGX技术应用于基因数据安全共享领域,构建了基因数据安全共享模型和角色信誉评估模型,设计并实现了基因数据安全共享系统。论文的研究与设计内容如下:（1）构建了基因数据安全共享模型。通过对基因数据共享过程的研究,设计了数据提供者、测序机构、计算服务方和数据使用者4类角色,利用智能合约对共享过程上链,实现过程的不可篡改性和透明化。（2）利用了 SGX技术对基因数据进行安全处理。计算服务方获得到处理的基因数据会调入安全区内进行数据的分析训练,隔绝了外部非安全区,任何程序无法进行篡改或者干扰计算过程,保障数据的准确性和安全性。（3）设计了基因数据共享模型中各角色的信誉评估方案。根据角色参与者的共享行为和仲裁机制中的仲裁结果对其进行评估获得共享成功、共享失败、申诉成功、申诉失败和行为不端评价指标。综合各评价指标获得各角色参与者的个人信誉值,信誉值作为共享过程中的选择考量。（4）实现了基于区块链的基因数据安全共享系统。完成了用户操作页面的开发,普通用户可以进行基因的检测和基因数据的发布,科研机构可以申请基因数据的共享,计算服务方可以进行算力的发布及完成数据的处理。综上所述,本文将区块链技术和SGX技术赋能于基因数据共享领域,透明化基因数据共享流程,具有防篡改性高、安全性高、可追溯等优点。利用信誉模型,作为用户选择考量的同时,也为用户发现恶意行为提供申诉举报的渠道。通过基于区块链技术的基因数据安全共享系统,在不泄露用户个人基因隐私的情况下,科研单位或是研究机构可以获取到真实可靠的基因数据训练结果进行科学研究,有助于生物医药的进一步发展。
刘硕[8]（2021）在《基因组中关键基因的理论识别研究》文中认为关键基因指的是对生物的生命活动至关重要的基因,其包括影响某种生命活动的重要基因,这部分基因可以决定生物体的特定表型或者对于特定环境的适应性。关键基因也涵盖直接影响细胞或个体生长发育的必需基因,本文涉及的必需基因都是指细胞优化条件下生长所必需的基因。本论文围绕原核生物和真核生物的两类关键基因,进行了一系列创新性研究。本论文首先对原核生物中好氧微生物和厌氧微生物进行比较基因组学研究。通过基因组、转录组、系统发育等多个层次的研究,对比分析了147个好氧细菌和147个厌氧细菌中的同源蛋白簇（COG）,并结合KEGG中酶注释后的相关信息,以及采用文献挖掘的方法,进一步定位到了27个可能影响氧气偏好性的同源蛋白簇（COG）,蛋白质互作和代谢网络步长比较分析均支持它们可能与氧气偏好性相关的结论。最后结合进化树和物种之间的分化时间,验证了地球上氧气及生物体氧气利用基因的出现时间。其次是对于必需基因识别方面的研究。必需基因是关键基因的一个类别,它得名于其对生物体维持生命活动的重要性和必需性,缺失就会导致个体的死亡或细胞生长的停滞。本部分工作对本课题组开发过的一个原核生物通用必需基因预测软件Geptop进行了升级,增加了参考物种的数目,改进了原有的计算公式,并引入了多线程以提升该预测软件的运行速度,改进之后的Geptop对不同物种的预测的AUC均有了显着的提升,特别对大肠杆菌预测时AUC（Area Under Curve）达到了0.956,并且新版本对基因组之间的进化距离表现出了一定的稳定性。再次是对于多个物种必需基因团簇数据库的研究。必需基因一般都是以单个基因的方式来分析,而具有同源性的必需基因可以被归入到相同的团簇中,这些团簇是基于功能和进化保守性进行划分的。本论文升级了必需基因团簇数据库CEG（database of cluster of essential gene）。新版本补充了13种原核生物,尤其是添加了原核生物“必需基因--药靶”互作相关信息。对于新增的真核生物的必需基因进行了团簇归类,特别针对人类的对应多个细胞系的必需基因进行了团簇归类。CEG升级版还增加了预测真核生物必需基因的工具CEG＿Match 2.0,可以实现通过输入序列和基因名称两种方式预测必需性的功能。最后一部分是关于人类癌细胞系的必需基因的理论预测和实验验证,本部分研究采用特征集成的方法进行理论预测,一共采用958个特征,AUC达到了0.96。并且通过CRISPR-Cas9技术对新增预测得的181个必需基因进行了实验验证,选用的细胞系为包含Hela细胞系的7个细胞系。Hela细胞系的实验结果证实了预测结果的可靠性。综上所述,本论文对多种生物细胞的关键基因进行了研究分析。识别了微生物氧环境适应的关键基因,升级更新了必需基因识别软件Geoptop和必需基因团簇数据库CEG,并针对人类癌细胞进行了必需基因的理论识别。我们的一系列研究有可能促进对于生物体遗传构成、环境适应性的理解和药物靶标基因的筛选。
李玲[9]（2021）在《基于PD-L1、HER2联合靶点研究归芪白术方对胃癌细胞增殖和T细胞活性的影响》文中认为研究目的:前期研究证实归芪白术方辅助治疗胃癌（Gastric Cancer,GC）有效改善机体不良反应,提高患者的生存质量,但发挥作用的物质基础和分子机制尚不清楚。本研究运用化学信息学-分子对接-分子动力学结合蛋白检测方法及细胞生物学方法,揭示归芪白术方通过健脾扶正促进免疫活性（靶向免疫检查点PD-L1（程序性死亡受体配体1,Programmed cell death ligand 1）调节免疫细胞功能）同时兼备化瘀祛邪抑制肿瘤增殖（靶向HER2（人表皮生长因子受体2,Human epidermal growth factor receptor 2）抑制肿瘤细胞增殖）的药效物质基础,以及探讨该复方“多点显效,协同增效”的功效特点。研究方法:1.结合临床治疗靶向及数据库筛选归芪白术方治疗GC的作用靶点。使用化学信息学方法构建归芪白术方小分子成分结构库,筛选促进肿瘤细胞增殖的HER2和抑制淋巴细胞活性的PD-L1作为研究靶蛋白;确定靶蛋白（HER2/PD-L1）晶体结构及活性位点,应用分子对接技术,筛选能够与靶蛋白有效结合的代表性靶向成分,并进行分子动力学模拟、结合自由能计算和微量热泳动实验（Microscale thermophoresis,MST）,验证其与靶蛋白结合的亲和力,酶活实验检测中药（Traditional Chinese Medicine,TCM）小分子对HER2的作用。2.检测靶向HER2的中药小分子在不同GC细胞株的抗肿瘤效果;使用靶向HER2的中药小分子干预EGF（表皮细胞生长因子,Epidermal growth factor）刺激的胃癌MKN-45细胞,检测其对GC细胞增殖、克隆形成能力以及对PI3K/AKT（磷脂酰肌醇3激酶（Phosphatidylinositol 3 kinase,PI3K）/蛋白激酶B（Protein kinase B,AKT））通路相关蛋白及基因表达的影响;使用抑制PD-L1的中药小分子干预可溶性PD-L1刺激的人外周血T淋巴细胞,检测其对T细胞增殖、细胞因子IFN-γ/IL-2（干扰素γ（Interferon-gamma,IFN-γ）/白介素2（Interleukin-2,IL-2））表达量、PD-1+（程序性死亡受体1,Programmed cell death protein 1）T细胞数量及T细胞功能相关蛋白、基因表达的影响。3.构建人胃癌MKN-45细胞和人外周血T淋巴细胞共培养体系;使用抑制PD-L1的中药小分子formononetin,靶向HER2的中药小分子quercetin,以及quercetin和formononetin配伍干预共培养体系,检测中药小分子干预对T细胞增殖、细胞因子（IFN-γ/IL-2）表达量、T细胞凋亡的影响,观察中药小分子对共培养体系中T细胞功能抑制的干预作用;同时检测中药小分子对GC细胞增殖、凋亡的影响,研究其对GC细胞增殖的抑制作用。研究结果:1.筛选得到HER2和PD-L1作为研究归芪白术方治疗GC物质基础及作用机制的有效靶点。2.归芪白术方中有385个中药小分子与HER2蛋白对接得分值≤-4,189个中药小分子与PD-L1蛋白对接得分值≤-4。选择对接得分较高的中药小分子进行MST,黄芪中的daidzein（大豆苷元）、黄芪/甘草中的quercetin（槲皮素）与HER2具有较高结合亲和力,Kd值分别为3.7μM/490 n M;黄芪/甘草中的isorhamnetin（异鼠李素）/formononetin（刺芒柄花素）与PD-L1具有较高结合亲和力,Kd值分别为667 n M/355 n M。50 ns分子动力学模拟结果显示quercetin与HER2结合模式较稳定,结合自由能为-26.55 Kcal/mol,formononetin与PD-L1结合模式较稳定,结合自由能为-19.41 Kcal/mol。酶活性检测结果显示quercetin能够明显抑制HER2激酶活性,IC50为570.7 n M,daidzein对HER2没有明显的抑制作用。3.通过单独干预EGF刺激的胃癌MKN-45细胞和PD-L1刺激的人外周血T淋巴细胞,发现quercetin能够抑制EGF诱导的GC细胞增殖和克隆形成（P<0.05）,同时抑制HER2、PI3K、AKT蛋白及基因的表达（P<0.05）。Quercetin可通过阻断PI3K/AKT信号通路抑制GC细胞增殖;formononetin能够一定程度降低PD-1在T淋巴细胞的表达,提高细胞上清液中细胞因子（IFN-γ/IL-2）的表达量,提高PI3K、AKT、p-zap70（T细胞受体相关蛋白激酶70,Zeta chain of T cell receptor associated protein kinase 70）等蛋白的表达（P<0.05）,解除PD-L1导致的T淋巴细胞功能抑制,是通过阻断PD-1/PD-L1信号通路及活化下游PI3K/AKT信号通路实现的。4.靶向HER2和PD-L1的中药小分子配伍干预GC细胞与T淋巴细胞共培养体系,结果显示formononetin、quercetin以及formononetin和quercetin配伍干预能够解除T淋巴细胞增殖抑制、减少T淋巴细胞凋亡、提高细胞因子（IFN-γ/IL-2）表达量、降低PD-1在T淋巴细胞的表达（P<0.05）,并抑制GC细胞增殖（P<0.05）、促进GC细胞凋亡、降低靶蛋白（HER2/PD-L1）在GC细胞的表达,且中药小分子配伍干预效果更好,表明中药小分子配伍干预可以提高共培养体系中的T淋巴细胞活性并且抑制胃癌MKN-45细胞增殖。研究结论:1.分子对接结果从大数据角度初步表明归芪白术方的药效物质基础中既具有可以与促进肿瘤细胞增殖靶蛋白HER2结合的小分子成分,也具有与抑制淋巴细胞活性靶蛋白PD-L1结合的小分子成分,通过“多点显效,协同增效”的功效特点,在阻断HER2抑制肿瘤细胞增殖的同时干预PD-L1通路促进免疫细胞活性;2.细胞生物学研究揭示了归芪白术方“多点显效,协同增效”促进免疫活性并抑制肿瘤的物质基础及健脾化瘀法治疗GC的作用机制;3.揭示中药归芪白术方通过健脾化瘀法治疗胃癌的科学内涵,为归芪白术方的有效性提供更具体的化学、生物信息学支撑,为归芪白术方的开发与转化提供依据,同时为中药复方的现代化研究提供方法学参考。
蒋梦婉[10]（2020）在《基因组测序分析揭示青海田鼠和棕色田鼠低氧适应性进化》文中进行了进一步梳理高原低氧（High altitude hypoxia）和地下低氧（Subterranean hypoxia）是陆栖哺乳动物的两种典型低氧环境的类型,生物在长期进化过程中对各种低氧环境产生了适应与进化,在细胞,形态及分子水平上形成了一系列稳定的低氧适应机制,系统地研究哺乳动物对低氧环境的适应性进化可为低氧调控机制的研究提供基础。青海田鼠（Neodon fuscus）分布于青藏高原海拔3,700 m-4,800 m的高寒草甸,是一种典型的高原地面鼠;棕色田鼠（Lasiopodomysmandarinus）主要分布于我国华北农田,是一种典型的地下鼠;布氏田鼠（L.brandtii）是棕色田鼠的近缘物种,主要生活在海拔约1,000 m的蒙古高原,营地面活动。3种田鼠均属于田鼠亚科（Arvicolinae）,亲缘关系较近,是研究高原低氧和地下低氧的良好动物模型。本研究以青海田鼠、棕色田鼠和布氏田鼠为对象,分别对3种田鼠进行不同文库策略的全基因组高通量二代测序,后对测序片段进行组装得到3种田鼠的全基因组序列;通过鉴定全基因组的重复序列,非编码RNA基因,编码基因的结构和功能,全面地注释3种田鼠的基因组序列;通过全基因组序列对3种田鼠进行系统历史进化分析,估计分化时间、进化速率和种群历史;比较青海田鼠和布氏田鼠的基因组序列,研究青海田鼠对高原低氧环境的适应性进化机制,再通过4组高原哺乳动物的基因组序列研究高原哺乳动物的低氧适应性进化;比较棕色田鼠和布氏田鼠的基因组序列,研究棕色田鼠对地下低氧环境的适应性进化机制,再通过4组地下哺乳动物的基因组序列分析地下哺乳动物的低氧适应性进化。主要研究结果分述如下:1.全基因组测序和组装测得青海田鼠385.90 Gb基因组数据,17K-mer预测基因组大小为2.32 Gbp,数据测序深度166.34 ×;组装得到基因组全长为2.24 Gbp,contig N50和scaffold N50分别为45.59 kb、9.52 Mbp;BUSCO和CEGMA评估基因组的完整性分别为 95.60%和 97.18%。测得棕色田鼠324.9 Gb基因组数据,17K-mer预测基因组大小为2.25 Gbp,数据测序深度172.85 ×;组装得到基因组全长为2.15 Gbp,contigN50和scaffold N50分别为51.15 kb、6.15 Mbp;BUSCO和CEGMA评估基因组的完整性分别为 94.70%和 95.97%。测得布氏田鼠470.39 Gb基因组数据,17K-mer预测基因组大小为2.32 Gbp,数据测序深度202.75 ×;组装得到基因组全长为2.23 Gbp,contigN50和scaffold N50分别为50.79 kb、0.68 Mbp;BUSCO和CEGMA评估基因组的完整性分别为 94.50%和 95.16%。2.全基因组注释青海田鼠、棕色田鼠和布氏田鼠注释得到的重复序列占基因组的比例分别为34.99%、33.93%和36.82%;非编码RNA注释结果中3种田鼠的miRNA、tRNA、和snRNA的拷贝数相当,布氏田鼠的rRNA拷贝数较高;3种田鼠编码基因的结构注释结果相对一致,青海田鼠、棕色田鼠和布氏田鼠的编码基因功能注释比例分别为 97.98%（20,319/20,738）、93.27%（19,801/21,229）和 97.66%（20,049/20,530）。3.三种田鼠的系统进化历史在由12个物种单拷贝直系同源基因家族构建的系统进化树中,三种田鼠聚于一支,青海田鼠属于松田鼠属（Neodon）,约7.4MYA分化出来,棕色田鼠和布氏田鼠属于毛足田鼠属（Lasiopodomys）,约为5.8MYA分开独立成种;12个物种的进化速率整体有显着性差异,其中3种田鼠的进化速率比其他物种快且差异显着,棕色田鼠最快,布氏田鼠次之,青海田鼠第三;青藏高原隆升运动和冰期对3种田鼠的种群历史影响不同,青海田鼠受高原隆升和冰期的双重影响;布氏田鼠受冰期影响大、高原隆升影响小;棕色田鼠受冰期和高原隆升的影响均较小。4.青海田鼠及高原哺乳动物对高原低氧环境的适应性进化分析1)青海田鼠和布氏田鼠发生扩张的基因家族分别为175个和138个,特有的分别为74个和23个,这些基因主要与蛋白质合成相关,且通过HIF-1信号通路的EGF基因促进血管生成;收缩的基因家族分别为981个和705个,丢失的分别为558和457,主要与嗅觉、视觉等感官及代谢有关。青海田鼠和布氏田鼠中普遍发生正选择进化的基因包括MAPK信号通路相关基因和蛋白激酶B,能够调节HIF-1信号通路,富集结果主要与线粒体等与氧调节的能量代谢相关;青海田鼠的正选择基因主要与白介素、辅酶及维生素相关。布氏田鼠的正选择基因主要与免疫功能相关。2)青海田鼠主要通过FGF7基因等调节MAPK信号通路、蛋白激酶B信号,促进HIF-1α的表达,间接调控HIF-1信号通路。青海田鼠还通过CYCS基因与EGF共同调节心血管系统;SERPINE1和多个EIF2家族应答细胞外部刺激;CYCS、CDK1和HSPA9提高有氧呼吸和糖代谢的能力;并且通过关键基因RIPK1、CYCS和IL12B调节多个通路:免疫及神经性疾病、抗癌通路、胞质DNA感受通路、核苷酸切除修复、NF-kB信号通路、RIG-Ⅰ样受体信号通路和色氨酸代谢。3)青海田鼠、北美鼠兔、滇金丝猴和牦牛4种不同的高原物种没有共同发生扩张的基因家族,仅有4个共同的正选择基因,其功能包括促进血管生成和重塑厌氧途径。高原物种对高原低氧适应性进化方式并非完全相同,青海田鼠主要通过调控机体的能量代谢,牦牛通过调控糖代谢,北美鼠兔通过DNA修复途径,滇金丝猴通过神经突触相关基因发生正选择进化的方式。5.棕色田鼠及地下哺乳动物对地下低氧环境的适应性进化分析1)棕色田鼠和布氏田鼠发生扩张的基因家族分别为178个和138个,特有的分别为69个和23个,基因主要与蛋白质合成相关,且通过HIF-1信号通路的GAPDH基因提高厌氧代谢降低氧的消耗。收缩的基因家族分别为724个和705个,丢失的则分别为596和457,基因主要与嗅觉、犁鼻器和代谢有关。棕色田鼠和布氏田鼠中普遍发生正选择进化的基因包括CDKN1B、EPO和VHL基因调控HIF-1信号通路中细胞增殖和氧运输能力,富集的功能类别较多,包括线粒体、DNA修复等与低氧适应相关的条目;棕色田鼠的正选择基因包括调节HIF-1信号通路的IL6R和IFNGR2基因,富集结果主要与能量代谢和DNA修复相关。布氏田鼠的正选择基因主要与免疫功能相关。2)棕色田鼠主要通过GAPDH、PRKAG3和PDGFB调节PI3K-Akt和AMPK信号通路,FOXP3,IL7R和CD7调节心血管系统;MDM2和NUP85应答细胞外部的刺激;GAPDH和PEX10提高糖代谢、氧化还原反应和线粒体功能;并且通过关键基因MDM2、CDK2和IL7R调节多个通路:造血细胞谱系,PI3K-Akt信号通路,黑色素瘤,细胞周期,过氧化物酶体和能量代谢相关的通路。3)金毛鼹、星鼻鼹、盲鼹形鼠和滨鼠科的2个物种（达马拉鼹鼠和裸鼹鼠）没有共同发生扩张和正选择进化的基因。但4种地下哺乳动物比近缘物种有更多扩张的基因与免疫功能相关,且均在视觉方面发生正选择进化。在低氧适应方面,金毛鼹、盲鼹形鼠和滨鼠科有更多的基因发生了扩张,金毛鼹、星鼻鼹和盲鼹形鼠均通过能量代谢和DNA修复相关的基因发生了正选择进化,还有其他物种特异性的方式可能与土壤环境、气候及生活习性的差异有关:星鼻鼹调节其呼吸系统,盲鼹形鼠调节其氧化应激反应,滨鼠科2个物种调节其HIF-1信号通路。主要结论如下:1)经二代基因组测序、denovo组装的青海田鼠、棕色田鼠和布氏田鼠基因组序列长度分别是2.24 Gbp、2.15 Gbp和2.23 Gbp,其中分别有34.99%、33.93%和36.82%的重复序列,4类非编码RNA,编码基因个数分别为20,738、21,229和 20,530。2)青藏高原隆升运动与冰期对3种田鼠的种群历史影响不同,青海田鼠受高原隆升和冰期的双重影响;布氏田鼠受冰期影响大、高原隆升影响小;棕色田鼠受冰期和高原隆升的影响均较小。3)青海田鼠与棕色田鼠对各自不同的低氧环境进化形成了特定响应机制。①在调控HIF-1信号通路方面,青海田鼠主要通过FGF7等基因调节MAPK信号通路、蛋白激酶B信号,间接促进ZHIF-1α的表达,且经通路中EGF基因的扩张促进血管生成;棕色田鼠通过基因VLH、IL6R和IFNGR2直接调控HIF-1α的表达,且经通路中CDKN1B基因调节细胞增殖,EPO基因调节氧运输能力,GAPDH基因扩张提高了厌氧代谢降低氧消耗。②在其他通路调节方面,青海田鼠主要通过RIPK1、CYCS和IL12B基因调节免疫及神经性疾病、抗癌通路、胞质DNA感受通路、核苷酸切除修复和色氨酸代谢通路;棕色田鼠主要通过MDM2、CDK2和IL7R基因调节造血细胞谱系,黑色素瘤,细胞周期,过氧化物酶体和与能量代谢相关的通路。③在其他调控系统方面,青海田鼠主要通过CYCS与EGF、棕色田鼠主要通过FOXP3、IL7R和CD7,共同调节心血管系统;青海田鼠通过SERPINE1和多个EIF2家族、棕色田鼠通过MDM2和NUP85应答细胞外部的刺激;青海田鼠主要通过CYCS、CDK1和HSPA9提高有氧呼吸和糖代谢的能力;棕色田鼠通过GAPDH和PEX10提高糖代谢、氧化还原反应和线粒体功能。4)高原物种对高原低氧适应性进化方式具有物种特异性;地下哺乳动物是通过功能相同或相近的正选择基因对地下低氧环境发生适应性进化,而非基因结构本身。总之,我们的研究发现,青海田鼠和棕色田鼠分别通过间接和直接的方式调控HIF-1信号通路,进而调控心血管系统、应激反应和能量代谢对各自低氧环境发生适应性进化,这表明亲缘关系较近的物种对于低氧环境适应性进化的一致性。
二、MHC-Ⅰ链相关基因最新研究进展（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、MHC-Ⅰ链相关基因最新研究进展（论文提纲范文）
（1）基于代谢/蛋白组学及网络药理学研究补阴补阳剂的抗衰老作用（论文提纲范文）
| 缩略语表 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一部分 文献综述 |
| 一、代谢组学、蛋白质组学和网络药理学技术及应用 |
| 二、衰老的研究进展 |
| 三、六味地黄丸、金匮肾气丸调节衰老的研究进展 |
| 第二部分 基于UPLC-Q-TOF/MS技术的代谢组学研究 |
| 一、血浆代谢组学 |
| 1 实验方案 |
| 2 小鼠血浆代谢物质分析 |
| 3 补阴(六味地黄丸)、补阳(金匮肾气丸)方剂对衰老小鼠血浆代谢物的调节 |
| 二、脾组织代谢组学 |
| 1 实验方案 |
| 2 小鼠脾组织代谢物质分析 |
| 3 补阴、补阳方剂对衰老小鼠脾组织代谢物的调节 |
| 三、肾组织代谢组学 |
| 1 实验方案 |
| 2 小鼠肾组织代谢物质分析 |
| 3 补阴(六味地黄丸)、补阳(金匮肾气丸)剂对衰老小鼠肾组织代谢物的调节 |
| 第三部分 基于iTRAQ的定量蛋白质组学技术探究补阴补阳方剂对自然衰老小鼠的调节作用 |
| 一、实验方案 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 LC-MS/MS分析条件 |
| 4 蛋白定性和定量分析 |
| 二、实验结果 |
| 1 蛋白定量结果 |
| 2 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果 |
| 3 质谱分析结果 |
| 4 数据分析结果 |
| 5 六味地黄丸对衰老相关差异蛋白的调节分析 |
| 6 金匮肾气丸对衰老相关差异蛋白的调节分析 |
| 三、小结 |
| 第四部分 基于网络药理学方法结合分子对接技术探究补阴补阳方剂抗衰老的作用机制 |
| 第一节 六味地黄丸抗衰老作用机制的网络药理学研究 |
| 第二节 金匮肾气丸抗衰老作用机制的网络药理学研究 |
| 第三节 采用分子对接技术分析补阴、补阳方剂抗衰老作用机制 |
| 第五部分 讨论 |
| 一、衰老进程中代谢物质和蛋白变化 |
| 1 不同组织样本中衰老代谢标志物及通路的差异比较 |
| 2 不同性别衰老小鼠肝组织中蛋白的变化比较 |
| 二、比较六味地黄丸、金匮肾气丸对衰老相关代谢标志物和差异蛋白的调节 |
| 1 六味地黄丸、金匮肾气丸对衰老相关代谢标志物的调节 |
| 2 六味地黄丸、金匮肾气丸调节衰老相关蛋白及通路的比较分析 |
| 3 六味地黄丸、金匮肾气丸调节衰老相关代谢标志物及蛋白的联合分析 |
| 第六部分 结论 |
| 参考文献 |
| 创新点说明 |
| 致谢 |
| 博士在读期间发表的论文 |
| 个人简历 |
（2）NNMT和FGF21基因多态性与HIIT健康促进效果个体差异的关联性研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 选题依据 |
| 1.2 研究目的 |
| 1.3 研究意义 |
| 2 文献综述 |
| 2.1 运动能力的遗传学研究 |
| 2.1.1 理论基础 |
| 2.1.2 与训练敏感性相关的基因标记研究 |
| 2.1.3 遗传学研究的实验设计 |
| 2.2 高强度间歇训练研究进展 |
| 2.3 NNMT基因研究进展 |
| 2.3.1 烟酰胺N-甲基转移酶(NNMT)在肝脏代谢中的研究进展 |
| 2.3.2 烟酰胺N-甲基转移酶(NNMT)在糖代谢中的研究进展 |
| 2.3.3 烟酰胺N-甲基转移酶(NNMT)在脂肪代谢中的研究进展 |
| 2.3.4 烟酰胺N-甲基转移酶(NNMT)基因多态性与运动能力 |
| 2.4 FGF21 基因研究进展 |
| 2.4.1 FGF21 在糖代谢中的作用 |
| 2.4.2 FGF21 在脂代谢中的作用 |
| 2.4.3 FGF21 基因多态性与运动能力 |
| 2.5 NNMT和 FGF21 基因在脂代谢上的联系 |
| 3 研究内容和方法 |
| 3.1 实验总体设计 |
| 3.2 研究对象 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 高强度间歇训练方案 |
| 3.3.2 实验仪器和设备 |
| 3.3.3 测试指标与方法 |
| 3.3.4 DNA提取与多态性分型 |
| 3.4 统计方法 |
| 4 研究结果 |
| 4.1 基因多态性分型 |
| 4.1.1 NNMT基因rs694539 多态性分析 |
| 4.1.2 NNMT基因rs1941404 多态性分析 |
| 4.1.3 FGF21 基因rs2071699 多态性分析 |
| 4.1.4 FGF21 基因rs11665841 多态性分析 |
| 4.2 基因多态性与HIIT训练效果的关联分析 |
| 4.2.1 rs694539与HIIT训练效果的关联研究 |
| 4.2.2 rs1941404与HIIT训练效果的关联研究 |
| 4.2.3 rs2071699与HIIT训练效果的关联研究 |
| 4.2.4 rs11665841与HIIT训练效果的关联研究 |
| 4.3 HIIT训练效果逐步回归结果与分析 |
| 4.3.1 体成分训练效果逐步回归结果 |
| 4.3.2 有氧运动耐力训练效果逐步回归结果 |
| 4.3.3 逐步回归分析 |
| 5 讨论与分析 |
| 5.1 HIIT改善大学生身体素质分析 |
| 5.2 NNMT基因多态性与HIIT训练效果的关联性分析 |
| 5.2.1 rs694539 位点基因多态性与HIIT训练效果的关联性分析 |
| 5.2.2 rs1941404 位点基因多态性与HIIT训练效果的关联性分析 |
| 5.3 FGF21 基因多态性与HIIT训练效果的关联性分析 |
| 5.3.1 rs2071699 位点基因多态性与HIIT训练效果的关联性分析 |
| 5.3.2 rs11665841 位点基因多态性与HIIT训练效果的关联性分析 |
| 6 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
（3）从三焦“膜性四通管道”论治肺结节病的理论及临床研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 文献综述 |
| 综述一 肺结节病的中医药研究进展 |
| 1 病名探讨 |
| 2 病因 |
| 3 病机 |
| 4 中医药治疗 |
| 5 结语 |
| 参考文献 |
| 综述二 肺结节病的西医学研究进展 |
| 1 病因 |
| 2 发病机制 |
| 3 临床表现和辅助检查 |
| 4 诊断 |
| 5 治疗 |
| 6 动物模型 |
| 参考文献 |
| 第一部分 糖皮质激素治疗肺结节病的Meta分析 |
| 前言 |
| 1 资料和方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 研究意义及不足 |
| 参考文献 |
| 第二部分 从三焦“膜性四通管道”论治肺结节病的理论研究 |
| 前言 |
| 研究一 三焦理论演变 |
| 1 三焦形质的演变 |
| 2 三焦功能的演变 |
| 3 三焦辨证 |
| 4 小结 |
| 研究二 姜良铎教授三焦“膜性四通管道”理论 |
| 1 三焦“膜性四通管道”的形质 |
| 2 三焦“膜性四通管道”的生理功能 |
| 3 三焦“膜性四通管道”的病因病机 |
| 4 治疗原则 |
| 5 小结 |
| 研究三 从三焦“膜性四通管道”论治肺结节病 |
| 1 从三焦理论认识肺结节病基本病机 |
| 2 姜良铎教授论治肺结节病 |
| 3 通化方的由来 |
| 4 小结 |
| 参考文献 |
| 第三部分 通化方治疗肺结节病的临床研究 |
| 前言 |
| 1 临床资料 |
| 2 研究方法 |
| 3 研究结果 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 参考文献 |
| 第四部分 “通化方”治疗肺结节病作用机制的网络药理学研究 |
| 前言 |
| 研究一 肺结节病相关基因 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 小结 |
| 研究二 通化方有效活性成分和基因靶点 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 小结 |
| 研究三 通化方-肺结节病-靶点调控网络及PPI网络 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 小结 |
| 研究四 靶点基因生物功能注释分析 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 小结 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 结语 |
| 1 结论 |
| 2 创新性 |
| 3 不足与展望 |
| 致谢 |
| 附录 纳入研究资料提取表 |
| 病例报告表 |
| 在学期间主要研究成果 |
| 个人简历 |
（4）长链非编码RNA LINC01235通过调控PI3K/AKT/mTOR信号通路影响胃癌进展的机制（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验细胞 |
| 2.1.2 临床组织 |
| 2.1.3 实验动物 |
| 2.1.4 GEPIA、DAVID、c Bio Portal数据库 |
| 2.1.5 主要试剂及耗材 |
| 2.1.6 主要仪器设备 |
| 2.2 实验方法及步骤 |
| 2.2.1 胃癌细胞株 SGC-7901、MGC-803 培养 |
| 2.2.2 实时定量聚合酶链反应(QPCR) |
| 2.2.3 细胞转染 |
| 2.2.4 MTT 检测细胞增值能力 |
| 2.2.5 Transwell 检测细胞迁移能力 |
| 2.2.6 Transwell 检测细胞侵袭能力 |
| 2.2.7 免疫印迹法(WB) |
| 2.2.8 裸鼠皮下成瘤 |
| 2.2.9 TCGA、GEPIA、DAVID、cBio Portal 分析 |
| 2.3 统计学分析 |
| 第三章 实验结果 |
| 3.1 LINC01235 在胃癌中的表达及与预后关系的生物信息学 |
| 3.2 LINC01235 相关基因富集分析、突变分析 |
| 3.3 LINC01235 及 PI3K/AKT/mTOR 信号通路相关蛋白在胃癌组织中的表达 |
| 3.4 LINC01235 在胃癌细胞株中的表达 |
| 3.5 过表达LINC01235对MGC-803细胞的增殖、侵袭、迁移的影响 |
| 3.6 抑制LINC01235对SGC-7901 细胞的增殖、侵袭、迁移的影响 |
| 3.7 Western blot 法检测调控胃癌细胞 LINC01235 对 PI3K/AKT/mTOR信号通路成员的影响 |
| 3.8 抑制 LINC01235 的表达对胃癌细胞肿瘤形成的影响 |
| 第四章 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 几种常见 LncRNA 在胃癌中的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间取得的科研成果 |
（5）人类衍生细胞综合糖基化谱图 ——以HEK293为模式细胞的糖链预测研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词索引表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 前言 |
| 1.2 细胞中的糖链 |
| 1.2.1 糖链的生物代谢过程 |
| 1.2.2 糖链的生物学功能 |
| 1.2.3 生物医药糖蛋白 |
| 1.2.4 N-糖基化修饰过程 |
| 1.2.5 O-糖基化修饰过程 |
| 1.2.6 糖脂 |
| 1.2.7 糖链Glc NAc末端修饰 |
| 1.2.8 SLC35C1与GDP-Fuc转运蛋白 |
| 1.2.9 HAS2 与透明质酸 |
| 1.3 鉴定糖链结构的常用方法 |
| 1.3.1 基于质谱技术的糖组学 |
| 1.3.2 基于凝集素染色技术的糖组学 |
| 1.3.3 糖链结构分析常用方法的评估 |
| 1.4 糖链研究相关的数据库工具及其标准 |
| 1.4.1 CAZy数据库 |
| 1.4.2 细胞代谢途径数据库 |
| 1.4.3 糖链符号命名法标准 |
| 1.5 哺乳动物细胞生产糖链结构的预测 |
| 1.6 细胞转录组测序技术 |
| 1.7 人类肾胚细胞HEK293 |
| 1.8 预测系统的统计学评估分析 |
| 1.8.1 二元分类器与混淆矩阵 |
| 1.8.2 ROC曲线 |
| 1.8.3 约登指数 |
| 1.8.4 F1 分数 |
| 1.9 立题依据及研究意义 |
| 1.10 本论文主要的研究内容 |
| 第二章 构建自动化绘制糖基化代谢通路网络工具 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 糖基化基因与涉及的代谢通路的信息来源 |
| 2.2.2 糖基化代谢通路图的绘制和处理 |
| 2.2.3 网络工具的搭建 |
| 2.2.4 转录丰度相关算法规定 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 糖基化相关基因分类和收录 |
| 2.3.2 糖基化代谢通路途径的可视化绘制及转录信息的整合 |
| 2.3.3 网络工具的使用 |
| 2.3.4 HEK293 细胞糖基化代谢途径的可视化 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 对模式细胞HEK293 糖链预测的研究分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 细胞培养的材料与方法 |
| 3.2.2 质谱实验的材料与方法 |
| 3.2.3 凝集素染色的材料与方法 |
| 3.2.4 转录组分析 |
| 3.2.5 糖基化代谢反应数学模型的建立 |
| 3.2.6 大肠杆菌培养基配制 |
| 3.2.7 构建质粒相关的试剂配制 |
| 3.2.8 大肠杆菌XL10-Gold感受态细胞的制备 |
| 3.2.9 敲除质粒构建通用步骤 |
| 3.2.10 CRISPR-Cas9 系统在HEK293 细胞中进行基因敲除 |
| 3.2.11 重组质粒构建的通用步骤 |
| 3.2.12 稳定整合c DNA到 HEK293 细胞 |
| 3.2.13 流式细胞术检测抗体结合的HEK293 细胞 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 质谱技术鉴定HEK293 细胞中糖链组分 |
| 3.3.2 基于凝集素染色糖组学鉴定HEK293 细胞中糖链组分 |
| 3.3.3 基因编辑操纵糖链结构的合成表达 |
| 3.3.4 HEK293 细胞中质谱鉴定的粘蛋白型O-糖链 |
| 3.3.5 粘蛋白型O-糖链生物合成途径预测的评估 |
| 3.3.6 预测系统最佳阈值的确定 |
| 3.3.7 O-糖链代谢通路的分析 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 HEK293 细胞中高甘露糖型N-糖链调控的新发现 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 细胞培养主要试剂、材料、仪器 |
| 4.2.2 质粒的构建 |
| 4.2.3 基因敲除 |
| 4.2.4 基因敲除细胞系及靶位信息 |
| 4.2.5 凝集素染色分析 |
| 4.2.6 质谱分析 |
| 4.2.7 聚类热图分析 |
| 4.2.8 转录水平分析 |
| 4.2.9 抑制剂处理 |
| 4.2.10 实时荧光定量PCR分析(RT-q PCR) |
| 4.2.11 测定HEK293 细胞分泌的透明质酸含量 |
| 4.2.12 液相色谱检测糖核苷酸 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 涉及N-糖链合成途径的基因缺陷的细胞库的分析 |
| 4.3.2 涉及N-糖链合成基因敲除的细胞系质谱组学分析 |
| 4.3.3 T-KO细胞中乳糖胺结构组分相对于野生型细胞上升 |
| 4.3.4 甘露糖苷酶-Ⅰ敲除细胞与野生型HEK293 细胞的转录组水平分析 |
| 4.3.5 敲除B3GNT5 基因验证N-糖链对糖脂组分的影响。 |
| 4.3.6 T-KO调控基因应对Glc NAc底物累积压力 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 GlycoMaple分析人类组织细胞糖基化水平 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 网络自动绘图工具可视化人类衍生细胞糖基化代谢途径 |
| 5.3.2 应用组织细胞的糖基化水平预测 |
| 5.3.3 使用GlycoMaple预测结肠癌变导致的糖链变化 |
| 5.4 本章小结 |
| 主要结论与展望 |
| 主要结论 |
| 展望 |
| 论文主要创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 Ⅰ:作者在攻读博士学位期间发表的论文 |
| 附录 Ⅱ |
| 附录 Ⅲ |
（6）UVB诱导长春花及白桑次生代谢激活及调控的系统生物学研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩写表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 药用植物长春花及白桑在肿瘤治疗的应用现状及前景 |
| 1.1.2 药用植物对紫外UVB辐射的响应 |
| 1.2 蛋白质组学技术发展及其在植物胁迫响应机制方面的研究进展 |
| 1.2.1 蛋白质组各流程技术及进展 |
| 1.2.2 植物单细胞型、亚细胞器及修饰型蛋白质组学研究进展 |
| 1.3 代谢组学及多组学联合分析在研究胁迫响应机制的进展 |
| 1.3.1 植物代谢组学研究技术与进展 |
| 1.3.2 代谢组学及多组学分析植物胁迫响应机制进展 |
| 1.4 植物来源异戊烯基转移酶研究进展 |
| 1.4.1 植物体内异戊烯基化反应及意义 |
| 1.4.2 植物芳香类异戊烯基转移酶功能及特性 |
| 1.4.3 植物芳香类异戊烯基转移酶研究现状及前景 |
| 1.5 本文的研究内容及意义 |
| 第二章 UVB辐射下长春花磷酸化通路及初生代谢研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料与方法 |
| 2.2.1 植物来源及处理 |
| 2.2.2 试剂及仪器 |
| 2.2.3 叶片ATP含量的测定 |
| 2.2.4 磷酸化蛋白的提取与富集 |
| 2.2.5 蛋白质组鉴定 |
| 2.2.6 全叶片代谢组样品制备及代谢组学分析 |
| 2.2.7 Western-Blotting |
| 2.2.8 统计分析 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 长春花叶片UVB辐射下ATP含量变化 |
| 2.3.2 磷酸化蛋白的鉴定及丰度检测 |
| 2.3.3 基于GC-TOF/MS技术检测的长春花UVB辐射下代谢物变化 |
| 2.3.4 关键差异表达蛋白的Western-Blotting鉴定 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 UVB辐射下长春花叶片内钙离子相关通路激活 |
| 2.4.2 UVB辐射下长春花糖酵解相关通路变化导致ATP增加 |
| 2.4.3 UVB辐射对长春花叶片造成氧化胁迫并激活次生代谢途径 |
| 2.5 结论 |
| 第三章 UVB辐射下长春花能量调控及次生代谢研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料与方法 |
| 3.2.1 植物来源及处理 |
| 3.2.2 试剂及仪器 |
| 3.2.3 不同线粒体呼吸复合体抑制剂作用下ATP含量测定 |
| 3.2.4 叶片线粒体的纯化与蛋白富集 |
| 3.2.5 蛋白质组鉴定 |
| 3.2.6 全叶片代谢组学分析 |
| 3.2.7 qRT-PCR |
| 3.2.8 数据处理与分析 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 不同线粒体呼吸链抑制剂处理后长春花叶片在UVB辐射下ATP含量变化 |
| 3.3.2 长春花叶片线粒体蛋白富集与纯化程度检测 |
| 3.3.3 UVB辐射下长春花叶片线粒体差异蛋白的鉴定与功能注释 |
| 3.3.4 基于LC-MS技术检测的长春花UVB辐射下代谢物变化 |
| 3.3.5 差异蛋白质组与代谢组结合分析 |
| 3.3.6 关键差异表达蛋白基因的表达变化情况 |
| 3.4 .讨论 |
| 3.4.1 线粒体参与调控UVB辐射下长春花叶片内ATP含量的变化 |
| 3.4.2 UVB辐射下MEP途径被激活使得单萜类前体物质积累 |
| 3.4.3 氨基酸代谢调控UVB辐射下长春花叶片中吲哚类生物碱的合成 |
| 3.5 结论 |
| 第四章 UVB辐射结合不同时长暗培养下白桑调控机制研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验材料与方法 |
| 4.2.1 植物来源与取样 |
| 4.2.2 试剂及仪器 |
| 4.2.3 蛋白质提取及蛋白质组鉴定 |
| 4.2.4 抗氧化水平检测 |
| 4.2.5 甲醇提取物指纹图谱建立与代谢物定量分析 |
| 4.2.6 总黄酮含量测定 |
| 4.2.7 qRT-PCR |
| 4.2.8 数据处理与分析 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 桑叶UVB辐射后不同暗培养时间点差异蛋白鉴定 |
| 4.3.2 桑叶UVB辐射后不同暗培养时间点次生代谢相关差异蛋白功能分析 |
| 4.3.3 桑叶、枝、根部代谢物指纹图谱及差异代谢物含量测定 |
| 4.3.4 桑叶、枝、根部蛋白鉴定及功能分析 |
| 4.3.5 桑叶、枝、根部次生代谢相关差异性分析 |
| 4.3.6 不同部位差异表达蛋白基因的表达量分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 白桑UVB辐射后暗培养阶段MEP途径内蛋白的变化及意义 |
| 4.4.2 异戊烯基化合物在白桑根部大量积累 |
| 4.4.3 白桑不同组织部位有效成分及相关蛋白分布存在巨大差异 |
| 4.5 结论 |
| 第五章 白桑叶片UVB辐射下异戊烯基转移酶的功能研究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 实验材料与方法 |
| 5.2.1 生物材料来源 |
| 5.2.2 试剂与仪器 |
| 5.2.3 异戊烯基转移酶基因的筛选 |
| 5.2.4 酵母表达载体构建 |
| 5.2.5 酵母表达体系建立 |
| 5.2.6 最适底物的筛选 |
| 5.2.7 烟草瞬时表达载体及表达体系构建 |
| 5.2.8 基因在植物中的功能及亚细胞定位分析 |
| 5.2.9 最适反应条件摸索及米氏常数测定 |
| 5.2.10 基因系统进化分析 |
| 5.3 实验结果 |
| 5.3.1 白桑中异戊烯基转移酶基因序列及表达信息挖掘 |
| 5.3.2 基因在酿酒酵母细胞内的表达与功能验证 |
| 5.3.3 基因在本氏烟草内的瞬时表达亚细胞定位与功能验证 |
| 5.3.4 异戊烯基转移酶Ma OGT的最适反应条件 |
| 5.3.5 基因系统发育分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 MaOGT的功能及生化性质特点 |
| 5.4.2 MaOGT在白桑次生代谢生物合成途径的意义 |
| 5.4.3 MaOGT在进化发育的位置及意义 |
| 5.5 结论 |
| 第六章 全文总结 |
| 6.1 总结 |
| 6.2 创新点 |
| 6.3 不足之处与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
| 攻读博士学位期间发表学术论文 |
（7）基于区块链技术的基因数据安全共享系统的研究与设计（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 国内外研究与应用现状 |
| 1.2.1 基因数据的研究现状 |
| 1.2.2 区块链的研究现状 |
| 1.2.3 区块链在基因数据共享方面的现状 |
| 1.3 研究内容 |
| 1.4 论文结构安排 |
| 第2章 相关技术和理论知识 |
| 2.1 区块链相关技术概述 |
| 2.1.1 区块链基础知识 |
| 2.1.2 共识算法 |
| 2.1.3 智能合约 |
| 2.1.4 密码学 |
| 2.1.5 IPFS |
| 2.2 SGX技术 |
| 2.3 系统开发技术介绍 |
| 2.4 本章小结 |
| 第3章 区块链基因数据安全共享模型 |
| 3.1 模型框架 |
| 3.2 基因数据上链 |
| 3.2.1 链上存证合约设计 |
| 3.2.2 链上信息查询 |
| 3.3 基因数据共享 |
| 3.3.1 数据共享合约设计 |
| 3.3.2 中转分账合约设计 |
| 3.4 可信安全计算 |
| 3.5 本章小结 |
| 第4章 角色信誉评估模型 |
| 4.1 模型框架 |
| 4.2 角色信誉评估机制 |
| 4.2.1 共享行为评估 |
| 4.2.2 仲裁机制评估 |
| 4.2.3 信誉评估公式 |
| 4.3 信誉评估智能合约设计 |
| 4.4 本章小结 |
| 第5章 基因数据安全共享系统实现与分析 |
| 5.1 系统整体框架 |
| 5.1.1 用户注册与登录 |
| 5.1.2 数据发布 |
| 5.1.3 数据检索 |
| 5.1.4 交易管理 |
| 5.2 系统分析 |
| 5.2.1 链配置与性能分析 |
| 5.2.2 共享安全分析 |
| 5.2.3 模型对比分析 |
| 5.3 系统测试 |
| 5.3.1 测试环境 |
| 5.3.2 系统功能测试 |
| 5.4 本章小结 |
| 第6章 总结与展望 |
| 6.1 论文工作总结 |
| 6.2 论文创新点 |
| 6.3 未来展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 |
（8）基因组中关键基因的理论识别研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 环境适应关键基因概述 |
| 1.1.1 环境适应性概述 |
| 1.1.2 环境适应性相关的基因 |
| 1.2 优化生长关键基因(必需基因)概述 |
| 1.2.1 必需基因的概念及研究进展 |
| 1.2.2 理论识别必需基因的研究进展 |
| 1.3 与本研究相关的在线资源与概念 |
| 1.3.1 NCBI中的注释信息和表达数据信息 |
| 1.3.2 蛋白同源簇数据库 |
| 1.3.3 KEGG数据库 |
| 1.4 论文整体设计及构造 |
| 1.4.1 研究目的及意义 |
| 1.4.2 研究内容 |
| 第二章 原核生物中氧气的环境适应性关键基因的挖掘 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 研究采用的数据 |
| 2.2.2 不同类别微生物COG的比较及阈值的确定 |
| 2.2.3 结合表达数据来精简COG |
| 2.2.4 通过酶注释来进一步筛选COG |
| 2.2.5 进化树的绘制和进化分析 |
| 2.2.6 互作和代谢网络分析及统计分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 氧气利用相关的关键COG初筛 |
| 2.3.2 精简与氧气利用相关的关键COG |
| 2.3.3 通过酶注释来寻找与氧气相关的酶及对应的COG |
| 2.3.4 氧气利用相关的COG之间的互作 |
| 2.3.5 COG之间存在偶联反应且在代谢网络中更紧密地联系 |
| 2.3.6 eggNOG-mapper注释物种并获取门特异的COG |
| 2.3.7 27个好氧COG之间进化树的比较 |
| 2.3.8 地球上氧气出现时间及氧气利用基因出现时间的验证 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 必需基因预测软件Geptop的升级 |
| 3.1 Geptop预测软件及预测原理 |
| 3.2 升级后数据 |
| 3.2.1 新增数据 |
| 3.2.2 新的改进 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 交叉验证证明Geptop2.0的性能要优于Geptop1.0 |
| 3.3.2 Geptop2.0比其余的必需基因预测模型要优越 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 Geptop2.0性能的稳定性评估 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 必需基因团簇数据库(CEG)的升级更新 |
| 4.1 CEG1.0的概况 |
| 4.2 CEG V2的数据及服务 |
| 4.2.1 CEG V2增加的数据 |
| 4.2.2 CEG V2增加的药物相关信息 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 CEG V2收录内容的概况和页面设置 |
| 4.3.2 CEG V2的浏览页面 |
| 4.3.3 CEG V2的搜索页面 |
| 4.3.4 CEG V2的预测、帮助及下载页面 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 CEG V2可以帮助验证新的必需基因 |
| 4.4.2 CEG_Match2.0和其余预测软件的比较 |
| 4.4.3 进化距离可以辅助预测必需基因 |
| 4.5 本章小结 |
| 第五章 人类癌症细胞系必需基因的预测及验证 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 预测选用的数据 |
| 5.2.2 序列组成相关特征的提取 |
| 5.2.3 保守性相关特征的提取 |
| 5.2.4 进化快慢特征的提取 |
| 5.2.5 蛋白质相互作用特征的提取 |
| 5.2.6 GO注释特征的提取 |
| 5.2.7 表达数据特征的提取 |
| 5.2.8 特征整合和建模预测 |
| 5.2.9 细胞系的选择和sgRNA的设计 |
| 5.2.10 CRISPR-Cas9文库的构建以及相应的敲除实验 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 单独特征的预测准确率和预测的必需性得分之间的关联性 |
| 5.3.2 holdout方法对不同比例的数据集预测的准确率和AUC的对比 |
| 5.3.3 使用精简数据集预测三种类型的基因的必需基因分数 |
| 5.3.4 五类基因的保守性和度的分布范围的比例对比 |
| 5.3.5 针对四类基因用t检验对两类特征进行差异显着性分析 |
| 5.3.6 采用CRISPR-Cas9方法对181个基因在7个细胞系中进行验证 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 本章小结 |
| 第六章 全文总结与展望 |
| 6.1 全文总结 |
| 6.2 后续工作展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附表 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间取得的成果 |
（9）基于PD-L1、HER2联合靶点研究归芪白术方对胃癌细胞增殖和T细胞活性的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 缩略词表 |
| 第一章:基于分子对接虚拟筛选归芪白术方中可与胃癌治疗靶点结合的小分子成分 |
| 1.1 材料与方法 |
| 1.1.1 实验软件和数据库 |
| 1.1.2 主要试剂、仪器 |
| 1.1.3 胃癌靶向治疗靶点筛选 |
| 1.1.4 归芪白术方中药小分子结构库构建及类药性分析 |
| 1.1.5 靶蛋白活性位点 |
| 1.1.6 分子对接 |
| 1.1.7 微量热泳动实验测定虚拟筛选获得成分与靶蛋白的亲和力 |
| 1.1.8 分子动力学模拟和结合自由能计算 |
| 1.1.9 靶向成分的毒性预测 |
| 1.1.10 靶向HER2的小分子成分对HER2激酶活性的检测 |
| 1.2 结果 |
| 1.2.1 胃癌治疗靶点筛选 |
| 1.2.2 归芪白术方小分子成分类药性分析 |
| 1.2.3 靶蛋白晶体结构确定 |
| 1.2.4 分子对接 |
| 1.2.5 MST测定虚拟筛选获得小分子成分与靶蛋白的亲和力 |
| 1.2.6 分子动力学模拟和结合自由能计算结果 |
| 1.2.7 代表性成分quercetin、daidzein、formononetin和 isorhamnetin毒性预测 |
| 1.2.8 Quercetin和daidzein对HER2激酶活性影响 |
| 1.3 讨论 |
| 1.3.1 HER2与PD-L1在胃癌表达的相关性分析 |
| 1.3.2 归芪白术方治疗胃癌的物质基础分析 |
| 1.3.3 分子对接-MST-分子动力学模拟-HER2激酶活性检测结果分析 |
| 1.4 小结 |
| 第二章:归芪白术方代表性中药小分子成分对胃癌细胞和T淋巴细胞的作用及机制 |
| 2.1 材料和试剂 |
| 2.1.1 实验细胞株 |
| 2.1.2 试剂与耗材 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 靶向HER2的代表性成分quercetin和daidzein抗胃癌细胞增殖实验 |
| 2.2.2 胃癌细胞株的选择 |
| 2.2.3 靶向HER2的代表性成分quercetin和daidzein对胃癌细胞的干预作用 |
| 2.2.4 人外周血T淋巴细胞的分离与活化 |
| 2.2.5 抑制PD-L1的代表性成分formononetin和isorhamnetin对PD-L1干预T细胞的作用 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 靶向HER2的代表性成分quercetin和daidzein对不同胃癌细胞的抗增殖作用 |
| 2.3.2 胃癌细胞株的选择 |
| 2.3.3 靶向HER2的代表性成分quercetin和daidzein对胃癌MKN-45细胞干预作用 |
| 2.3.4 T淋巴细胞的分离与活化 |
| 2.3.5 PD-L1刺激T淋巴细胞及干预实验 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 靶向HER2的代表性成分quercettin、daidzein抑制胃癌细胞增殖结果分析 |
| 2.4.2 代表性成分Formononetin、isorhamnetin对T淋巴细胞活性的恢复作用 |
| 2.4.3 健脾扶正、化瘀祛邪治疗胃癌的中医认识 |
| 2.5 小结 |
| 第三章:归芪白术方体外有效的代表性中药小分子对胃癌细胞和T淋巴细胞共培养体系的调节作用 |
| 3.1 材料和试剂 |
| 3.1.1 细胞株 |
| 3.1.2 试剂与仪器 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 胃癌MKN-45和T淋巴细胞共培养体系构建 |
| 3.2.2 体外有效的代表性成分quercetin和formononetin配伍干预T淋巴细胞与胃癌MKN-45 细胞共培养体系 |
| 3.2.3 体外有效的代表性成分quercetin和formononetin配伍干预共培养体系后细胞形态学观察和T淋巴细胞、胃癌MKN-45 细胞增殖情况 |
| 3.2.4 流式细胞术检测体外有效的代表性成分quercetin和 formononetin配伍干预共培养体系后T淋巴细胞和胃癌MKN-45 细胞凋亡情况 |
| 3.2.5 体外有效的代表性成分quercetin和formononetin配伍干预共培养体系后T淋巴细胞PD-1 表达情况 |
| 3.2.6 体外有效的代表性成分quercetin和formononetin配伍干预共培养体系后细胞上清液中细胞因子表达情况 |
| 3.2.7 体外有效的代表性成分quercetin和formononetin配伍干预共培养体系后T淋巴细胞和胃癌MKN-45 细胞相关蛋白表达情况 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 胃癌MKN-45细胞与T淋巴细胞共培养体系的建立 |
| 3.3.2 体外有效的代表性成分quercetin和formononetin配伍干预共培养体系 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 胃癌MKN-45 细胞与T淋巴细胞共培养体系构建结果分析 |
| 3.4.2 体外有效的代表性成分quercetin和formononetin配伍干预共培养体系结果分析 |
| 3.5 小结 |
| 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 论文综述 HER2、PD-L1生物学特性及在胃癌的相关性和应用研究 |
| 参考文献 |
| 在学期间主要研究成果 |
| 致谢 |
| 附件 |
（10）基因组测序分析揭示青海田鼠和棕色田鼠低氧适应性进化（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 概述 |
| 1.1 选题背景 |
| 1.1.1 动物的低氧适应 |
| 1.1.2 陆地低氧环境的适应与进化 |
| 1.1.3 基于高通量测序技术的适应进化研究 |
| 1.1.4 研究对象的形态与地理分布 |
| 1.2 研究目的和意义 |
| 1.3 研究内容 |
| 2 全基因组测序和组装 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 样本采集 |
| 2.1.2 DNA样本提取和检验的方法 |
| 2.1.3 文库构建和测序的方法 |
| 2.1.4 测序质控的方法 |
| 2.1.5 基因组的组装方法 |
| 2.1.6 基因组的评估方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 三种田鼠的DNA样本提取和检验 |
| 2.2.2 三种田鼠的基因组文库构建及测序 |
| 2.2.3 三种田鼠的测序数据统计和质量评估 |
| 2.2.4 三种田鼠的基因组组装 |
| 2.2.5 三种田鼠的基因组评估 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 本章小结 |
| 3 全基因组注释 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 重复序列的注释方法 |
| 3.1.2 非编码RNA的注释方法 |
| 3.1.3 编码基因结构的注释方法 |
| 3.1.4 编码基因功能的注释方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 三种田鼠的重复序列 |
| 3.2.2 三种田鼠的非编码RNA |
| 3.2.3 三种田鼠的编码基因结构 |
| 3.2.4 三种田鼠的编码基因功能 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 本章小结 |
| 4 物种系统进化历史的研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 近缘物种的选择及其基因组的评估 |
| 4.1.2 基因家族的鉴定方法 |
| 4.1.3 系统发育的分析方法 |
| 4.1.4 全基因组基因进化速率的计算方法 |
| 4.1.5 有效种群大小的分析方法 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 物种基因家族的鉴定 |
| 4.2.2 物种系统发育的分析 |
| 4.2.3 物种进化速率的分析 |
| 4.2.4 三种田鼠种群历史的研究 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 本章小结 |
| 5 青海田鼠对高原低氧环境的适应性进化 |
| 5.1 青海田鼠高原低氧适应 |
| 5.1.1 材料与方法 |
| 5.1.2 结果与分析 |
| 5.2 高原哺乳动物对低氧的适应性进化 |
| 5.2.1 材料与方法 |
| 5.2.2 结果与分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 青海田鼠低氧适应性进化分析 |
| 5.3.2 四组高原哺乳动物对低氧环境的适应性进化 |
| 5.4 本章小结 |
| 6 棕色田鼠对地下低氧环境的适应性进化 |
| 6.1 棕色田鼠地下低氧适应 |
| 6.1.1 材料与方法 |
| 6.1.2 结果与分析 |
| 6.2 地下哺乳动物对低氧的适应性进化 |
| 6.2.1 材料与方法 |
| 6.2.2 结果与分析 |
| 6.3 讨论 |
| 6.3.1 棕色田鼠低氧适应性进化分析 |
| 6.3.2 四组地下哺乳动物对低氧环境的适应性进化 |
| 6.4 本章小结 |
| 7 全文总结 |
| 7.1 全文结论 |
| 7.2 创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 文献综述 低氧适应性进化的基因组学研究 |
| 参考文献 |
| 个人简历、在校期间发表的学术论文和研究成果 |
| 致谢 |
四、MHC-Ⅰ链相关基因最新研究进展（论文参考文献）
- [1]基于代谢/蛋白组学及网络药理学研究补阴补阳剂的抗衰老作用[D]. 王燕. 黑龙江中医药大学, 2021(01)
- [2]NNMT和FGF21基因多态性与HIIT健康促进效果个体差异的关联性研究[D]. 高山. 内蒙古师范大学, 2021(08)
- [3]从三焦“膜性四通管道”论治肺结节病的理论及临床研究[D]. 满君. 北京中医药大学, 2021(01)
- [4]长链非编码RNA LINC01235通过调控PI3K/AKT/mTOR信号通路影响胃癌进展的机制[D]. 程华. 河北大学, 2021(09)
- [5]人类衍生细胞综合糖基化谱图 ——以HEK293为模式细胞的糖链预测研究[D]. 黄一帆. 江南大学, 2021(01)
- [6]UVB诱导长春花及白桑次生代谢激活及调控的系统生物学研究[D]. 钟卓珩. 浙江大学, 2021(01)
- [7]基于区块链技术的基因数据安全共享系统的研究与设计[D]. 张晓婷. 中国科学技术大学, 2021(08)
- [8]基因组中关键基因的理论识别研究[D]. 刘硕. 电子科技大学, 2021(01)
- [9]基于PD-L1、HER2联合靶点研究归芪白术方对胃癌细胞增殖和T细胞活性的影响[D]. 李玲. 甘肃中医药大学, 2021(01)
- [10]基因组测序分析揭示青海田鼠和棕色田鼠低氧适应性进化[D]. 蒋梦婉. 郑州大学, 2020(08)