一、蚕豆萎蔫病毒2中国分离物全基因组结构及可能的基因表达方式（论文文献综述）
闫雨婷[1]（2021）在《内蒙古自治区葡萄病毒鉴定和葡萄灰比诺病毒内蒙古分离物全基因组序列分析》文中指出葡萄（Vitis vinifera）是世界上最古老的栽培果树之一,与苹果、柑桔和香蕉并列为世界四大水果,但同时也是最易遭受病毒侵害的果树之一,病毒会严重影响葡萄产量与品质,近年来内蒙古自治区设施葡萄和露地葡萄种植面积呈不断扩大的趋势,为了解内蒙古自治区葡萄病毒种类及其分离物株系归类,本研究使用常规RT-PCR法对采自区内7个市区的69份葡萄样品进行14种葡萄病毒检测,结果显示共检测到9种葡萄病毒,检出率分别是GFab V为8.7%（6/69）、GFk V为68.1%（47/69）、GINV为7.2%（5/69）、GLRa V-2为2.9%（2/69）、GLRa V-3为39.1%（27/69）、GPGV为23.2%（16/69）、GRSPa V为63.8%（44/69）、GVB为2.9%（2/69）和GVE为5.8%（4/69）,这些病毒均可与其他病毒复合侵染植株。序列分析表明:各病毒内蒙古分离物有效序列在进化树分布分为以下两种规律,第一种是GFab V、GLRa V-2、GVB和GVE的内蒙古分离物有效序列均处于同一进化分支上,属于同一群组;第二种是GFk V、GINV、GLRa V-3、GPGV和GRSPa V的内蒙古分离物有效序列处于两个或以上进化分支上,属于多个群组,同时第二种葡萄病毒都存在同一分离物的不同有效序列分布于不同进化分支的情况;并且9种病毒内蒙古分离物有效序列都没有表现地理来源特异性。核苷酸一致性分析显示,各病毒内蒙古分离物有效序列与对应参考序列核苷酸一致性范围差异较大。葡萄灰比诺病毒（Grapevine Pinot gris virus,GPGV）2012年首次在意大利特伦蒂诺地区发现,目前在除南极洲以外的六大洲均有报道,GPGV是发生最普遍、危害最严重的葡萄病毒之一,Michel等人通过系统发育和遗传多样性分析认为中国可能是GPGV起源国,我国目前仅报道了一个GPGV全基因组,本研究为丰富中国葡萄GPGV全基因组种群信息并明确其分类地位,从上述鉴定GPGV为阳性的葡萄样品中进行GPGV内蒙古分离物全基因组克隆,得到两个GPGV内蒙古分离物全基因组序列分别命名为GPGV1 Inner Mongolia和GPGV3Inner Mongolia,基因组结构与其他已知GPGV分离物相似,序列分析表明:这两个GPGV内蒙古分离物全基因组均未发生重组事件;与其他已知GPGV分离物核苷酸一致性较低;以全基因组、Rd Rp和MP构建的进化树来看,两个GPGV内蒙古分离物与中国先前报道的GPGV分离物属于同一独立亚组,具有特殊分类地位,以CP构建的进化树来看,GPGV3 Inner Mongolia与中国先前报道的GPGV分离物和其他绝大部分GPGV分离物属于同一亚组,而GPGV1 Inner Mongolia独立形成一个亚组。
张雅雯[2]（2021）在《基于黄瓜花叶病毒构建双联和三联弱毒疫苗的研究》文中指出病毒病是危害植物的主要病害之一,能够造成巨大的经济损失。随着基因工程和生物技术的发展,病毒交叉保护方面的研究更加深入,为植物病毒病的防治提供了有效途径。黄瓜花叶病毒（cucumber mosaic virus,CMV）是雀麦花叶病毒科（Bromoviridae）黄瓜花叶病毒属（Cucumovirus）的典型成员,是目前已知的寄主种类最多、分布范围最广的植物病毒之一,其三分体基因组特性,为容纳更多的异源病毒片段提供可能,因此利用CMV开发多联弱毒疫苗具有极大的潜力。本研究以实验室构建的CMV RNA2弱毒突变体为基础,插入不同类型的异源病毒片段,筛选出遗传稳定、对靶标病毒具有交叉保护作用的双联和三联弱毒疫苗;以及探索性改造RNA3,为优化疫苗开发载体奠定基础。在CMVFny RNA2的2b蛋白提前终止型突变体p CCFR2-2b PTII基础上,分别插入不同病毒片段的保守序列,构建了3种类型（CMV/TMV、CMV/TCV、CMV/TSWV）的18个双联弱毒突变体以及3种类型（CMV/TMV/PVX、CMV/TMV/PVY、CMV/TMV/TVBMV）的3个三联弱毒突变体。将不同的双联、三联弱毒突变体与CMVFny野生型RNA1和RNA3混合,分别接种本生烟,均不引起病毒病症状,14天后检测系统叶片,突变位点均稳定存在,说明弱毒突变体具备遗传稳定性。在双联弱毒突变体交叉保护实验中,预先接种突变体p CCFR2-2b PTII-TM2079II、p CCFR2-2b PTII-TM2158、p CCFR2-2b PTII-TM4059、p CCFR2-2b PTII-TM5088、p CCFR2-2b PTII-TM5738对TMV均有较好的防治效果;预先接种p CCFR2-2b PTII-TC105、p CCFR2-2b PTII-TC1261、p CCFR2-2b PTII-TC3135对TCV均有明显的防治效果。在三联弱毒突变体交叉保护实验中,预先接种突变体p CCFR2-2b PTII-T100X100I对CMV/TMV/PVX的交叉保护效果明显;预先接种突变体p CCFR2-2b PTII-T100T100I对CMV/TMV/TVBMV交叉保护效果较弱;预先接种突变体p CCFR2-2b PTII-T100Y100I对CMV/TMV/PVY没有交叉保护效果。在CMVFny RNA3的基础上,构建了2种CP蛋白突变体、1种基因间隔区（IGR）部分缺失型突变体以及1种蚜传位点突变体。CP蛋白突变体和IGR部分缺失型突变体接种后出现突变回复成野生型的现象,不符合弱毒疫苗的遗传稳定的基本要求。蚜传位点突变体p CCFR3-YCYF与野生型RNA1和RNA2混合接种植物后,能够正常侵染发病并且蚜传位点的突变稳定存在,具备与RNA2弱毒疫苗混合使用的潜力。本研究基于CMV创制了二联、三联弱毒疫苗,以及蚜传位点突变体,为植物病毒病尤其是烟草病毒病的防治提供了材料和数据支持。
李梁,杨彩霞,侯秋实,王筠竹,于美春[3]（2020）在《蚕豆萎蔫病毒2号辽宁藜分离物的鉴定》文中指出2016年6月在辽宁省沈阳市采集到表现为疑似蚕豆萎蔫病毒2号所致皱缩症状的藜病叶样品。选取明显病症样品送华大基因进行RNA提取和质量检测,得到OD260/280为2.09,OD260/230为1.85,RIN值为7以及28S/18S为1.3的合格样品。利用该RNA样品构建了去除r RNA的转录组库,经BGISEQ-500平台测序得到11.83 Gb数据。数据经过CLC Genomics Workbench （CLC bio v10.0, Aarhus, Denmark）软件过滤和拼接后获得长度为5945和3550的2个contigs,其经BLASTn和BLASTx比对显示与BBWV2的高度同源。基于此contigs序列,设计7对引物对病毒样品进行RT-PCR扩增,得到5891个核苷酸的RNA1序列（GenBank登录号为MN786954）,3549个核苷酸的RNA2序列（GenBank登录号为MN786955）。基于该病毒cp基因的氨基酸序列进行同源性分析,发现该病毒与韩国益母草分离物BBWV2-[SK:Leonurus sibiricus]（KM076649）同源性最高,为96.5%。根据Fabavirus的分类标准,认为该病毒是BBWV2的辽宁分离物。这是国际上首次报道藜科植物感染BBWV2。
周俊[4]（2020）在《桃及其野生近缘种中病毒组研究》文中指出桃（Prunus persica L.）是具有重要经济价值的核果类果树,我国是世界最大的桃生产国和消费国。然而,桃树在其生长发育过程中易受多种病毒的侵染,从而影响桃树的生长、发育和生产,进而制约桃产业的健康、可持续发展。目前对于我国桃树病毒的种类、不同桃种质中病毒发生情况及其遗传多样性和演化等问题仍缺少全面的认识。本研究利用高通量测序对桃及其野生近缘的4个植物学种的118份桃种质样品进行病毒鉴定,分析不同桃种质中的病毒组成差异,分析病毒的遗传多样性和遗传演化,鉴定了5种桃病毒新种。首先,明确桃及其野生近缘的4个植物学种的118份桃种质样品中的病毒种类和组成情况。RNA-seq（RNA sequencing）和sRNA测序比较发现,RNA-seq可以拼接获得比sRNA测序更完整的病毒基因组序列和检出更多的病毒种类。因此选用RNA-seq对桃及其野生近缘的4个植物学种的118份桃种质样品进行病毒鉴定,经RT-PCR验证,共鉴定出15种已知植物病毒、2种类病毒及新病毒5种。其中,发生最为普遍的病毒和类病毒有桃相关黄症病毒属病毒、李属坏死环斑病毒、桃病毒D、李树皮坏死茎痘相关病毒、油桃茎痘相关病毒和桃潜隐花叶类病毒。进一步对桃及其野生近缘种中病毒种类和组成进行分析,发现光核桃、山桃、甘肃桃、普通桃中检出病毒种类分别为19种、4种、5种和4种,其中15种病毒仅在普通桃中检出,说明桃及其野生近缘种中的病毒种类和组成均差异较大。另外,分析发现4类普通桃（观赏桃、地方品种群、栽培品种和砧木）检出的病毒种类数和组成较为相似。其次,利用高通量测序数据对检出的几种主要病毒进行种群多样性和遗传演化分析。单核苷酸多样性（SNP）分析发现李属病毒2 SNP频率最高,李属坏死环斑病毒SNP频率最低,SNP位点在各病毒基因组无明显的热点区域。序列比对和遗传演化分析显示,桃相关黄症病毒属病毒分离物在遗传演化树上聚类在3个分支中,油桃茎痘相关病毒分离物在遗传演化树上聚类在2个分支中,而桃叶痘相关病毒分离物在遗传演化树上未形成明显的聚集。最后,鉴定了5个桃病毒新种,明确其基因组结构、序列特征、分类地位和部分生物学特性。扩增获得RP19-1与RP19-2基因组序列,其均编码三个重叠的开放阅读框,序列多样性和遗传演化分析显示RP19-1、RP19-2与Ta Tao 5归属于纤毛病毒属的新病毒种:桃褪绿叶斑病毒。明确桃病毒1基因组全长为13,949 nt,编码6个ORF,为甲型细胞核弹状病毒属的新病毒种,可嫁接传播;桃病毒1是首个基因组为-ssRNA的桃病毒。明确桃病毒2基因组全长为4,978 nt,编码2个ORF,为整体病毒属的新病毒种,其病毒颗粒呈二十面体对称结构（平均直径约30 nm）,是首个基因组为dsRNA的桃病毒。桃病毒3和桃病毒4仅扩增获得两个长片段序列,序列多样性和遗传演化分析显示两者归属于斑点病毒属。本研究利用高通量测序技术从桃及其野生近缘的4个植物学种的118份桃种质样品中共鉴定15种已知植物病毒、2种类病毒及5种新病毒,并明确其病毒的组成情况和主要桃病毒的序列多样性和遗传演化情况。这些信息加深了关于桃病毒及其多样性和演化的认知,为制定更有效的桃病毒防控措施提供了重要的理论依据。
张梦妍[5]（2020）在《葡萄蚕豆萎蔫病毒荧光定量PCR检测及对寄主的影响研究》文中认为我国葡萄面积达1 080余万亩,居世界第二位。葡萄病毒病发生普遍,严重影响葡萄产量和品质。葡萄蚕豆萎蔫病毒（grapevine fabavirus,GFabV）是2016年新报道的葡萄病毒,普遍发生于各个葡萄产区。本研究针对GFabV分子检测方法欠缺、危害性不清等问题,扩增获得了我国首个GFabV全基因组序列,在此基础上,建立了高灵敏的荧光定量PCR检测技术,并初步明确了GFab V对葡萄的危害性,主要结果如下:采用小RNA测序方法从‘香妃’葡萄中鉴定出GFabV,并通过PCR和RACE方法扩增获得GFabV XF分离株基因组RNA1和RNA2的完整核苷酸序列。XF分离株基因组RNA1和RNA2的大小分别为5 822和3 134个核苷酸（nt）,与其他GFabV分离物同源性进行比对,结果表明,RNA1的核苷酸（nt）和氨基酸（aa）同源性分别为81.7?82.8%和92.0?94.2%,RNA2分别为76.4?82.8%和89.2?96.1%。对国内外GFabV分离物序列进行系统进化分析,显示XF形成一个独立的进化分支。此外,分析了来源于GFabV小干扰RNA（vsiRNA）的长度及在基因组的分布情况,结果显示,大多数vsiRNA的长度为16-23 nt,并沿基因组对称分布,在RNA1和RNA2中均存在多个vsiRNA产生热点。本研究为关于GFabV完整基因组的首次报道。根据GFabV分离物基因组序列的保守区域设计引物,建立了GFabV的实时荧光定量RT-PCR（RT-qPCR）检测技术。该技术标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系（扩增效率103.8%,相关系数0.998）,灵敏度是常规RT-PCR的1 000倍,并具有特异性。采用RT-q PCR和常规RT-PCR方法对葡萄不同发育时期及不同部位的316个样品进行检测,结果表明RT-qPCR方法的检出率（96.8%）明显高于RT-PCR（70.8%）。RT-qPCR对休眠枝条的检出率达100%,对其他部位样品的检出率均在92%以上,明显高于RT-PCR（42%97%）。各个发育时期内的RT-qPCR检出率（85%95%）也普遍高于RT-PCR（70%90%）。该技术对于田间样品的检测适用范围广,明显优越于常规RT-PCR方法。本研究以感染和未感染GFabV的‘夏黑’、‘巨峰’和‘品丽珠’葡萄品种为试材,对其农艺性状、果实品质以及植株叶片的光合作用率（Pn）、蒸腾速率（E）、气孔导度（Gs）及气孔CO2浓度（Ci）变化情况进行测定和分析。结果表明,GFabV的侵染减小了果实的单果重量、浆果尺寸和可溶性固形物含量,增加了可滴定酸的含量。受GFabV感染的‘夏黑’、‘巨峰’和‘品丽珠’葡萄植株中的光合作用率、气孔导度、胞间CO2浓度、蒸腾速率均显着降低,其中,‘夏黑’和‘品丽珠’两个品种的光合作用率下降最为显着。在农艺性状测定上,‘巨峰’葡萄枝条的粗度、枝条的长度和枝条的重量与对照相比,显着下降。此外,对感染和未感染GFabV的‘夏黑’葡萄进行转录组分析,结果表明在植物病原体互作、类黄酮生物合成等途径的基因明显上调。
彭谦泽[6]（2020）在《香草硫缩病醚防治茄科作物病毒病的应用及机理探究》文中研究指明病毒病目前已经发展成危害茄科蔬菜生产的第一大病害,严重危害其品质和产量,生产上缺乏有效防治药剂。香草硫缩病醚（Xiangcaoliusuobingmi,以下简称XCLSBM）是贵州大学宋宝安院士团队研发的一种具有抗病毒活性的新型化合物,前人研究表明其能提高辣椒防御酶活性,激活辣椒ABA信号通路。但目前关于XCLSBM在植物中的内吸传导特性和残留消解动态缺乏研究,对其防治植物病毒病的机理也不清楚。本文围绕以上问题开展了研究,以期为其生产应用提供科学依据。主要研究内容如下:1.XCLSBM以不同处理方式处理辣椒后,分析其在辣椒上的内吸传导特性和残留消解动态。XCLSBM内吸传导试验发现,其在辣椒植株中具有双向传导能力,并且向顶传导的效率大于向基传导的效率;XCLSBM残留消解动态试验结果表明,其在温室栽培的辣椒植株、大田辣椒植株和果实中的消解半衰期分别为4.2、1.0、2.0 d,为易降解农药。2.XCLSBM处理感染CMV的番茄后,分析其对CMV的抑制作用以及对番茄的免疫激活作用。治疗和保护试验均表明XCLSBM抑制番茄CMV病毒量的积累。转录组学和代谢组学分析发现差异表达基因KEGG富集在玉米素合成、植物激素信号转导、油菜素内酯合成等信号通路;差异代谢物KEGG富集在莽草酸途径生物碱的生物合成、植物激素生物合成、玉米素合成等激素相关代谢通路,结果表明XCLSBM能激活植物激素通路相关基因。进一步的试验验证了XCLSBM诱导番茄JA、SA、ABA、Eth、Auxin等途径的关键基因上调表达,其上调表达最大值在药剂作用后的第3～5 d;XCLSBM间隔6 d施药2次时,JA、SA通路的标志基因在施药后均上调表达,CMV病毒积累量在施药后均受到抑制,而且施药后带毒番茄叶片叶绿素含量提高。3.XCLSBM田间防治植物病毒病。XCLSBM田间防治番茄CMV的相对防效为57.72%,防治番茄TMV相对防效为29.16%,其相对防效与对照药剂差异不显着;防治辣椒主要病毒病的相对防效为63.65%,其相对防效显着好于对照药剂。综上所述,XCLSBM属于易降解农药,半衰期时间短,对环境安全造成的危害风险较小;XCLSBM调控番茄多种重要激素基因,特别是防御相关激素通路标志基因,推测其通过激活植物免疫进而有效抑制植物病毒;XCLSBM田间防治番茄CMV和辣椒病毒病均有较好的防效。这些结果可以为该药剂的科学合理施用提供有效的科学依据和理论基础。
李梁[7]（2020）在《卫矛与藜上病毒的检测与鉴定》文中指出本研究使用了转录组测序技术、RT-PCR扩增技术以及透射电镜观察等实验技术,对辽宁沈阳地区采集到的桃叶卫矛黄斑驳叶片样品和藜皱缩叶片样品进行分析。通过鉴定得出结论:桃叶卫矛黄斑驳病症伴随的是这一症状的病毒是一种新病毒,该病毒属于甲型线性病毒科（Alphaflexiviridae）马铃薯X病毒属（Potexvirus）;藜叶片皱缩病症伴随的是豇豆花叶病毒科（Comovirinae）蚕豆病毒属（Fabavirus）中的蚕豆萎蔫病毒2号（Broad Bean Wilt Virus 2,BBWV2）。本研究不仅发现了一种新的可以感染木本植物的病毒资源,扩充了植物病毒资源库,还进一步丰富了已知病毒可侵染宿主的范围,同时也部分奠定了植物病毒病防治的理论基础。2018年7月,在辽宁沈阳地区采集到了表象症状为黄色斑驳的桃叶卫矛疑似染病叶片。使用电子透镜技术观察到了大小约为500×13nm的线型病毒粒子。在后续实验中使用转录组测序技术与RT-PCR分子克隆技术在该样品分离物中扩增并得到一种Potexvirus属病毒。完整的病毒基因组长度为6,784个核苷酸（不包括poly（A）尾巴）,其中包含5个开放阅读框（MK572000）。经分析得出结论,其与卫矛黄脉伴随病毒（EuYVAV,MF078061）同源性最高（41.0%）;基于外壳蛋白（Coat protein,CP）基因的核苷酸和氨基酸序列,该病毒与兰属花叶病毒（Cymbidum mosaic virus,CyMV,EF125179）具有最高的序列相似性,分别为43.9%和38.8%。系统发育分析表明该病毒与Potexvirus属中的卫矛黄脉伴随病毒（EuYVAV）的同源性最高,属于系统发育的同一分支。通过对上述实验结果,认为该病毒是一个新病毒,隶属于甲型线性病毒科（Alphaflexiviridae）马铃薯X病毒属（Potexvirus）,并且根据其染病后的外在表现性状将其命名为桃叶卫矛黄斑驳伴随病毒（Euonymus yellow mottle associated virus,EuYMaV）。这是继EuYVAV后又一例Potexvirus病毒感染桃叶卫矛植物。2016年6月,在辽宁省沈阳市采集到表现为皱缩症状的藜植物样本。使用转录组测序技术和RT-PCR分子克隆技术从病叶中扩增到一种豇豆花叶病毒科（Comovirinae）蚕豆病毒属（Fabavirus）病毒。该病毒的基因组由2条单链RNA分子组成,该病毒的RNA1全长基因组具有5,891个核苷酸,RNA2全长基因组具有3,549个核苷酸。为明确其属种分类,将辽宁沈阳的染病藜的分离物与其他已报道的病毒BBWV2进行了同源性和系统进化分析。同源性分析显示,基于该病毒CP基因的氨基酸序列进行同源性分析,发现该病毒与韩国益母草分离物BBWV2-[SK:Leonurus sibiricus]（KM076649）同源性最高,为96.5%。根据Fabavirus的分类标准,认为该病毒是BBWV2的辽宁分离物。这是国际上首次报道藜科植物感染BBWV2。
彭斌[8]（2019）在《中国葫芦科作物病毒的分布、多样性及进化研究》文中研究指明葫芦科作物是我国重要的经济作物。在中国28种以上病毒侵染为害葫芦科作物,每年可造成高达300亿元人民币的损失。随着全球气候变暖,国际贸易交流频繁,种植地域的扩张以及种植模式的多样化,侵染葫芦科作物的病毒病种类发生报道也逐年增加。本研究调查全国西瓜和甜瓜的主要产区的病毒病的发生情况并采集疑似病毒样本应用二代测序技术（next-generation sequencing,NGS）结合常规检测方法鉴定和检测病毒种类;鉴定了2种葫芦科作物上新发生的马铃薯Y病毒属（Potyvirus）病毒;鉴定了1种侵染西葫芦的马铃薯卷叶病毒属（Polerovirus）新病毒;对4种常见的病毒进行系统进化和单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）分析,本文取得如下主要结果:（1）明确了中国葫芦科作物病毒种类与分布。调查了华南沿海冬季产区,长江以南丘陵产区,华中平原优势产区,西南坡地和山区种植区以及西北旱地优势产区为代表的9个省份,31个区县,52块种植地块的以西瓜和甜瓜为主的葫芦科作物上病毒病发生情况。共采集了288份疑似病毒样本,其中西瓜109份,甜瓜95份,南瓜57份,其他葫芦作物共27份。初步比较了小RNA测序（Small RNA sequencing,sRNA-seq）和去核糖体RNA测序（Ribo-minus RNA sequencing,rmRNA-seq）技术应用于鉴定和检测病毒的差异。应用NGS测序技术和常规检测技术检测到12个属22种病毒,其中已知病毒种21个,新病毒种1种。以病毒核酸类型分类比较,正单链RNA病毒（Positive-sense single-stranded RNA virus,+ssRNA virus）占优;以病毒属分类比较:马铃薯Y病毒属占优;以病毒种分类比较:小西葫芦黄花叶病毒（zucchini yellow mosaic virus）占优;以田间传播类型分类比较:以蚜虫传播方式占优;以侵染单个样本的病毒数量分类;单个病毒侵染样本数量占优。比较分析了不同葫芦科作物中检出病毒的种类与分布差异。比较分析了不同种植地区病毒发生与分布情况,其中明显差异是华南地区以蓟马传播病毒种类占优,而其他地区均是以蚜虫传播方式占优。（2）明确了小西葫芦虎纹花叶病毒和番木瓜畸形花叶病毒的生物学特性和基因组信息。在NGS和RT-PCR鉴定的基础上,测定了小西葫芦虎纹花叶病毒（zucchini tigre mosaic virus）和番木瓜畸形花叶病毒（papaya leaf distortion mosaic virus）的全基因组序列,分析了其基因组特性。ZTMV是一种重组病毒;PLDMV与目前报道的番木瓜株系基因组水平差异较大。通过重组融合方法成功构建了ZTMV和PLDMV侵染性克隆,从多种病毒复合侵染样本中获得2种病毒3个分离物纯化病毒材料并验证了其侵染性和传毒能力。测定了2种病毒4个分离物的寄主范围以及在不同葫芦科作物上的症状表现。（3）发现和鉴定一株马铃薯卷叶病毒属新病毒。我们鉴定了新疆维吾尔自治区阜康市西葫芦上的一株马铃薯卷叶病毒属新病毒命名为小西葫芦蚜传黄化病毒（zucchini aphid-borne yellows virus）。测定该病毒的全长基因组序列5792nt并分析其基因组符合马铃薯卷叶病毒属病毒基因组特性。通过多重比对,系统进化和重组分析明确该病毒由同属的鹰嘴豆褪绿丛矮病毒（chickpea chlorotic stunt virus）与芜菁黄化病毒（turnip yellow virus）,芸苔黄化病毒（brassica yellows virus）进化关系较近的未知病毒重组而来的新病毒。（4）明确了4种常见葫芦科作物病毒的进化特征,发现了一些新类群。基于NGS测序数据获得病毒的近似全长基因组序列用于4种主要病毒系统进化分析。来自本研究的黄瓜花叶病毒（cucumber mosaic virus）全基因组序列遗传多样性不高都属于ⅠB亚组,检测到可能的重配现象;ZYMV的遗传多样性丰富,发现一个区别已报道所有ZYMV分离物的新组,提出ZYMV系统进化可能与地理位置相关性的假设;基于西瓜花叶病毒（watermelon mosaic virus）全基因组序列系统进化关系重新规划了病毒群体的系统进化关系;基于番木瓜花叶病毒（papaya ring spot virus）全基因组序列系统进化分析,定义1个PRSV新组,讨论了PRSV系统进化与寄主和地理位置的相关性。基于NGS数据结合生物信息学方法对4种主要病毒基因组的SNP分析。本论文研究通过大量采集以西瓜甜瓜为主的葫芦科病毒病害样本,通过NGS,结合常规检测方法,明确了中国葫芦科作物病毒发生的种类与分布,建立了中国葫芦科病毒组;鉴定了2种新发生病毒、1种病毒新种;分析了4种常见病毒的进化特征,发现了一些类群。这些研究结果,丰富了对中国乃至世界葫芦科病毒发生与分布的认识,有利于病毒病害的防控。
王宝霞,齐永红,辛敏,崔丽艳,王德富,牛颜冰[9]（2019）在《蚕豆萎蔫病毒2号板蓝根分离株全基因组序列测定与分析》文中研究指明板蓝根（Isatidis Radix）病毒病害的发生已对其产量和品质造成了严重影响。因此,建立一套灵敏、快速、有效的板蓝根病毒病害检测手段十分重要。本研究利用双链RNA（double-stranded RNA,dsRNA）和非序列依赖PCR扩增（sequence-independent amplification,SIA）等技术对感病板蓝根进行鉴定,确定其被蚕豆萎蔫病毒2号（Broad bean wilt virus 2, BBWV2）所侵染。为明确BBWV2板蓝根分离物（BBWV2-IR）的进化关系,对其全基因组进行序列扩增与分析,获得其RNA1序列全长为5 955 bp,RNA2序列全长为3 602 bp,分别编码由1 870和1 064个氨基酸组成的多聚蛋白质。序列比对发现,BBWV2-IR RNA1与BBWV2-Am分离物的同源性最高,RNA2与BBWV2-SN分离物的同源性最高。全基因组变异情况分析表明,BBWV2-IR RNA1和RNA2分别与其同源性最高的株系存在多个氨基酸变异位点。系统进化分析表明,BBWV2-IR RNA1与BBWV2-Am RNA1聚为一簇,RNA2与BBWV2-SN RNA2聚为一簇,亲缘性最近。本研究获得了BBWV2板蓝根分离株的全基因组序列,并明确其在进化过程中的地位和区域变化情况,为进一步研究BBWV2-IR致病性变异提供一定的理论基础。
庞小静[10]（2018）在《利用小RNA深度测序鉴定白术、半夏和地黄病毒病病原》文中研究说明山西省是我国中药材资源大省,但是近年来随着中药材规模化种植,其病毒病危害逐年加重,严重影响着中药材的产量和品质,因此明确其致病病毒病原种类及生物学特征是病毒病防治的基础和关键。由于前人对于中药材病毒病的研究基础薄弱,可供参考的资料相对较少,因此使用传统方法检测中药材病毒非常困难,而小RNA深度测序技术突破了传统病毒检测方法的局限,为植物病毒病检测开辟了新的发展机遇。该技术不依赖于病毒的已知序列信息,且不受病毒含量多少的限制,可以同时检测植物病样中已知和未知的、含量高和含量低的全部病毒,包括DNA病毒、RNA病毒和类病毒,甚至还有极大可能发掘一些新的病毒资源。本研究利用小RNA深度测序技术对山西省中药材主产区的白术、半夏和地黄病毒病病原进行了鉴定,得到实验结果如下:（1）表现典型花叶、黄化和矮化症状的白术被蚕豆萎蔫病毒2号（Broad bean wilt virus 2,BBWV 2）、黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）及山核桃花叶相关病毒（Pecan mosaic-associated virus,PMaV）所侵染,其中PMaV侵染白术为首次报道。对PMaV白术分离物（PMaV-Am）进行全基因组扩增,得到PMaV-Am基因组全长为9310 nt,具有典型的马铃薯Y病毒属成员的基因组特征,包含一个大的开放阅读框（open reading frame,ORF）,编码一个由2976个氨基酸构成的多聚蛋白。进一步将PMaV-Am与马铃薯Y病毒科（Potyviridae）代表性成员构建氨基酸序列系统进化树,结果显示PMaV-Am与Potyvirus属病毒聚为一个大分支,其中与PMaV-LA分离物单独聚为一簇,亲缘关系最近。（2）表现典型花叶、卷曲症状的半夏被大豆花叶病毒（Soybean mosaic virus,SMV）、黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）、芋花叶病毒（Dasheen mosaic virus,DsMV）及魔芋花叶病毒（Konjac mosaic virus,KoMV）所侵染。对SMV山西半夏分离物（SMV-SXBX）的全基因组进行克隆,得到SMV-SXBX的基因组全长为9735 nt。进一步对SMV-SXBX与其他不同来源的SMV进行序列相似性分析,结果显示SMV-SXBX与来自半夏的SMV分离物同源性较高,而与来自大豆的SMV分离物相似性较低。氨基酸序列系统进化树分析也显示SMV-SXBX与SMV半夏分离物聚为一簇,而与SMV大豆分离物亲缘关系较远。（3）表现典型花叶、卷曲症状的地黄被地黄花叶病毒（Rehmannia mosaic virus,ReMV）和油菜花叶病毒（Youcai mosaic virus,YoMV）所侵染。进一步扩增ReMV和YoMV的CP基因,分别将其与pMal-c2X载体连接,构建原核表达载体pMal-c2X-ReMV CP和pMal-c2X-YoMV CP,将重组载体转化大肠杆菌BL21,经IPTG诱导后得到分子量约60 kDa的重组CP蛋白。该重组蛋白经纯化后可用作病毒抗血清的制备。利用小RNA深度测序结果对检测到的病毒进行了病毒来源小RNA（virus-derived small interfering RNAs,vsiRNAs）长度分布、5’端碱基偏好性、极性分布及小RNA热点区分析,分析结果有助于进一步了解vsiRNAs的产生及在抗病毒防御中的作用,并为病毒和宿主的互作研究及利用宿主RNA沉默设计抗病毒策略提供了理论依据。
二、蚕豆萎蔫病毒2中国分离物全基因组结构及可能的基因表达方式（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、蚕豆萎蔫病毒2中国分离物全基因组结构及可能的基因表达方式（论文提纲范文）
（1）内蒙古自治区葡萄病毒鉴定和葡萄灰比诺病毒内蒙古分离物全基因组序列分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 葡萄病毒种类 |
| 1.2 葡萄病毒危害 |
| 1.3 植物病毒分子变异研究 |
| 1.4 中国现行葡萄病毒检测行业标准 |
| 1.5 葡萄灰比诺病毒 |
| 1.6 本研究目的与意义 |
| 2 内蒙古自治区14种葡萄病毒鉴定 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 采集植物样品 |
| 2.1.2 设计引物 |
| 2.1.3 常规RT-PCR法鉴定14种葡萄病毒 |
| 2.1.4 序列分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 葡萄病毒检出率及田间症状 |
| 2.2.2 GFabV的序列分析 |
| 2.2.3 GINV的序列分析 |
| 2.2.4 GLRaV-2的序列分析 |
| 2.2.5 GPGV的序列分析 |
| 2.2.6 GLRaV-3的序列分析 |
| 2.2.7 GVB的序列分析 |
| 2.2.8 GRSPaV的序列分析 |
| 2.2.9 GVE的序列分析 |
| 2.2.10 GFkV的序列分析 |
| 2.3 讨论 |
| 3 葡萄灰比诺病毒内蒙古分离物全基因组序列分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 植物样品 |
| 3.1.2 引物设计 |
| 3.1.3 扩增GPGV全基因组中间序列 |
| 3.1.4 扩增GPGV序列5’、3’末端 |
| 3.1.5 序列分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 GPGV全基因组序列扩增 |
| 3.2.2 GPGV全基因组的重组分析 |
| 3.2.3 GPGV全基因组的一致性分析 |
| 3.2.4 GPGV全基因组的系统发育分析 |
| 3.3 讨论 |
| 4 全文结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（2）基于黄瓜花叶病毒构建双联和三联弱毒疫苗的研究（论文提纲范文）
| 符号说明 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 我国常见的烟草病毒病种类 |
| 1.1.1 黄瓜花叶病毒 |
| 1.1.1.1 生物学特性 |
| 1.1.1.2 基因组结构 |
| 1.1.1.3 株系划分 |
| 1.1.1.4 危害症状 |
| 1.1.2 烟草花叶病毒 |
| 1.1.2.1 生物学特性 |
| 1.1.2.2 基因组结构 |
| 1.1.2.3 株系划分 |
| 1.1.2.4 危害症状 |
| 1.1.3 马铃薯Y病毒 |
| 1.1.3.1 生物学特性 |
| 1.1.3.2 基因组结构 |
| 1.1.3.3 株系划分 |
| 1.1.3.4 危害症状 |
| 1.1.4 马铃薯X病毒 |
| 1.1.4.1 生物学特性 |
| 1.1.4.2 基因组结构 |
| 1.1.4.3 株系划分 |
| 1.1.4.4 危害症状 |
| 1.1.5 烟草脉带花叶病毒 |
| 1.1.5.1 生物学特性 |
| 1.1.5.2 基因组结构 |
| 1.1.5.3 危害症状 |
| 1.2 烟草病毒病的防治措施 |
| 1.2.1 传统防治措施 |
| 1.2.2 利用抗病毒基因工程防治 |
| 1.2.2.1 RNAi技术 |
| 1.2.2.2 卫星RNA介导的病毒抗性 |
| 1.2.2.3 植物细胞工程技术 |
| 1.2.3 利用弱毒疫苗的交叉保护防治 |
| 1.3 交叉保护 |
| 1.3.1 交叉保护机制 |
| 1.3.2 弱毒株系的分离方式 |
| 1.3.2.1 自然分离 |
| 1.3.2.2 高温处理 |
| 1.3.2.3 亚硝酸处理 |
| 1.3.2.4 紫外线照射处理 |
| 1.3.2.5 利用卫星RNA组建弱毒株系 |
| 1.3.2.6 利用现代分子生物学技术构建 |
| 1.3.3 交叉保护的应用 |
| 1.3.4 影响交叉保护效果的因素 |
| 1.4 本研究的目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 质粒、菌株及毒源 |
| 2.1.2 供试植物、蚜虫 |
| 2.1.3 分子生物学试剂 |
| 2.1.4 主要实验仪器 |
| 2.1.5 引物及测序 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 植物总RNA提取——TransZol试剂提取法 |
| 2.2.2 反转录聚合酶链式反应(RT-PCR) |
| 2.2.3 重叠PCR |
| 2.2.4 菌落PCR |
| 2.2.5 酶切反应 |
| 2.2.6 核酸的沉淀和浓缩 |
| 2.2.7 DNA片段的纯化 |
| 2.2.8 同源重组 |
| 2.2.9 连接反应 |
| 2.2.10 大肠杆菌感受态细胞的制备(DH5α) |
| 2.2.11 大肠杆菌感受态细胞的转化(DH5α) |
| 2.2.12 质粒提取(碱裂解法) |
| 2.2.13 农杆菌感受态细胞的制备(GV3101) |
| 2.2.14 农杆菌感受态细胞的转化(GV3101) |
| 2.2.15 病毒接种 |
| 2.2.15.1 农杆菌注射接种法 |
| 2.2.15.2 机械摩擦接种法 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 基于CMV_(Fny)RNA2的双联弱毒疫苗的构建与评价 |
| 3.1.1 兼抗CMV/TMV的双联弱毒疫苗的构建与评价 |
| 3.1.1.1 TMV片段插入型CMV RNA2弱毒突变体的构建 |
| 3.1.1.2 TMV片段插入型CMV RNA2弱毒突变体的稳定性分析 |
| 3.1.1.3 TMV片段插入型CMV RNA2弱毒突变体的交叉保护作用评价 |
| 3.1.2 兼抗CMV/TCV的双联弱毒疫苗的构建与评价 |
| 3.1.2.1 TCV片段插入型CMV RNA2弱毒突变体的构建 |
| 3.1.2.2 TCV片段插入型CMV RNA2弱毒突变体的稳定性分析 |
| 3.1.2.3 TCV片段插入型CMV RNA2弱毒突变体的交叉保护作用评价 |
| 3.1.3 兼抗CMV/TSWV的双联弱毒疫苗的构建与评价 |
| 3.1.3.1 TSWV片段插入型CMV RNA2弱毒突变体的构建 |
| 3.1.3.2 TSWV片段插入型CMV RNA2弱毒突变体的稳定性分析 |
| 3.1.3.3 TSWV片段插入型CMV RNA2弱毒突变体交叉保护作用评价 |
| 3.1.4 兼抗CMV/TMV的100 bp双联弱毒疫苗的构建与评价 |
| 3.1.4.1 TMV100 bp片段插入型CMV RNA2弱毒突变体的构建 |
| 3.1.4.2 TMV100 bp片段插入型CMV RNA2弱毒突变体的稳定性分析 |
| 3.1.4.3 TMV100bp片段插入型CMV RNA2弱毒突变体的交叉保护作用评价 |
| 3.2 基于CMV_(Fny)RNA2 的三联弱毒疫苗的构建与评价 |
| 3.2.1 兼抗CMV/TMV/PVX的三联弱毒疫苗的构建与评价 |
| 3.2.1.1 TMV/PVX片段插入型CMV RNA2弱毒突变体的构建 |
| 3.2.1.2 TMV/PVX片段插入型CMN RNA2弱毒突变体的稳定性及交叉保护效果分析 |
| 3.2.2 兼抗CMV/TMV/PVY的三联弱毒疫苗的构建与评价 |
| 3.2.2.1 TMV/PVY片段插入型CMV RNA2弱毒突变体的构建 |
| 3.2.2.2 TMV/PVY片段插入型CMV RNA2弱毒突变体的稳定性及交叉保护效果分析 |
| 3.2.3 兼抗CMV/TMV/TVBMV的三联弱毒疫苗的构建与评价 |
| 3.2.3.1 TMV/TVBMV片段插入型CMV RNA2弱毒突变体的构建 |
| 3.2.3.2 TMV/TVBMV片段插入型CMN RNA2弱毒突变体稳定性及交叉保护效果分析 |
| 3.3 基于CMV_(Fny)RNA3的CP蛋白和蚜传位点突变体构建及作用评价 |
| 3.3.1 基于CMV_(Fny)RNA3 CP的缺失型突变体构建与评价 |
| 3.3.1.1 CP蛋白全部缺失型突变体的构建 |
| 3.3.1.2 CP蛋白全部缺失型突变体稳定性评价 |
| 3.3.1.3 CP蛋白部分序列缺失型突变体的构建 |
| 3.3.1.4 CP蛋白部分序列缺失型突变体稳定性评价 |
| 3.3.2 基于CMV_(Fny)RNA3 CP的提前终止型突变体构建与评价 |
| 3.3.2.1 CP蛋白提前终止型突变体的构建 |
| 3.3.2.2 CP蛋白提前终止型突变体稳定性评价 |
| 3.3.3 基于CMV_(Fny)RNA3基因间隔区的突变体构建与评价 |
| 3.3.3.1 IGR部分缺失型突变体的构建 |
| 3.3.3.2 IGR部分缺失型突变体稳定性评价 |
| 3.3.4 基于CMV_(Fny)RNA3的蚜传关键位点突变与稳定性分析 |
| 3.3.4.1 蚜传关键位点突变体的构建 |
| 3.3.4.2 蚜传关键位点突变体稳定性评价 |
| 4 讨论 |
| 4.1 弱毒疫苗在本生烟上的接种时间和交叉保护效果比较 |
| 4.2 三联弱毒疫苗交叉保护效果不明显 |
| 4.3 RNA3 突变体存在完全恢复现象 |
| 4.4 影响CMV_(Fny)蚜传效率的原因 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1 引物列表 |
| 附录2 质粒列表 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
（3）蚕豆萎蔫病毒2号辽宁藜分离物的鉴定（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 RNA提取和质量检测 |
| 1.2.2 转录组文库的构建 |
| 1.2.3 转录组测序原始数据处理与分析 |
| 1.2.4 基于转录组数据设计引物 |
| 1.2.5 病毒的RT-PCR检测 |
| 1.2.6 序列分析 |
| 1.2.7 BBWV-2特异性检测 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 RNA质量检测 |
| 2.2 转录组数据及分析 |
| 2.3 RT-PCR检测结果 |
| 2.4 基因结构分析 |
| 2.5 同源性分析和进化树构建 |
| 2.6 BBWV与藜病害伴随检测 |
| 3 讨论与结论 |
（4）桃及其野生近缘种中病毒组研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 本研究的目的及意义 |
| 1.1.1 本研究的目的 |
| 1.1.2 本研究的背景及意义 |
| 1.2 桃病毒研究进展 |
| 1.2.1 桃病毒种类 |
| 1.2.2 桃病毒发生分布及危害 |
| 1.2.3 主要桃病毒的研究现状 |
| 1.3 植物病毒检测技术研究进展 |
| 1.3.1 常用检测技术 |
| 1.3.2 高通量测序技术简介 |
| 1.3.3 高通量测序检测病毒的方法 |
| 1.3.4 生物信息学分析 |
| 1.4 高通量测序技术在植物病毒学研究中的应用 |
| 1.4.1 果树病害中的病毒鉴定 |
| 1.4.2 植物病毒群体多样性和演化研究 |
| 1.4.3 植物与病毒互作研究 |
| 第二章 桃种质样品中病毒检测 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 桃叶片样品的收集 |
| 2.1.2 主要的试剂及仪器 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 总RNA提取 |
| 2.2.2 总RNA质量检测、文库构建与测序 |
| 2.2.3 生物信息学分析 |
| 2.2.4 病毒验证 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 高通量测序检测桃病毒方法比较 |
| 2.3.2 RNA-seq检测桃种质样品中的病毒 |
| 2.3.3 RT-PCR验证 |
| 2.3.4 桃及其野生近缘种中的病毒种类和组成分析 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 桃病毒序列多样性和遗传演化分析 |
| 3.1 试验数据与方法 |
| 3.1.1 数据 |
| 3.1.2 序列多样性及重组分析 |
| 3.1.3 遗传演化分析 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 桃病毒种群内的序列多样性 |
| 3.2.2 PaLV的遗传演化分析 |
| 3.2.3 NSPaV的遗传演化分析 |
| 3.2.4 PLPaV的遗传演化分析 |
| 3.2.5 APV1、2、3的多样性和遗传演化分析 |
| 3.2.6 PNSRV的多样性和遗传演化分析 |
| 3.2.7 其它桃病毒的多样性和遗传演化分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 新病毒的鉴定 |
| 4.1 试验材料及方法 |
| 4.1.1 植物材料 |
| 4.1.2 病毒基因组扩增及测序 |
| 4.1.3 序列分析 |
| 4.1.4 生物学试验 |
| 4.1.5 电镜观察 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 桃褪绿叶斑病毒(peach chlorotic leaf spot virus,PCLSV) |
| 4.2.2 桃病毒1(peach virus1,Pe V1) |
| 4.2.3 桃病毒2(peach virus2,Pe V2) |
| 4.2.4 两个斑点病毒属新病毒种 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 附录 B |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（5）葡萄蚕豆萎蔫病毒荧光定量PCR检测及对寄主的影响研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 葡萄病毒种类 |
| 1.2 葡萄蚕豆萎蔫病毒 |
| 1.3 葡萄病毒检测方法 |
| 1.3.1 逆转录PCR |
| 1.3.2 多重RT-PCR |
| 1.3.3 荧光定量PCR |
| 1.3.4 基因芯片技术 |
| 1.3.5 高通量测序技术 |
| 1.4 葡萄病毒对植株生理的影响 |
| 1.5 研究目的与意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 植物材料与试剂 |
| 2.1.1 植物材料 |
| 2.1.2 试剂 |
| 2.1.3 引物设计筛选 |
| 2.1.4 所用仪器 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 植物材料的采集 |
| 2.2.2 总RNA提取及反转录 |
| 2.2.3 小RNA测序及数据分析 |
| 2.2.4 GFabV基因组中间片段PCR扩增 |
| 2.2.5 GFabV5'、3'末端RACE扩增 |
| 2.2.6 基因克隆及测序分析 |
| 2.2.7 GFabV基因组序列分析 |
| 2.2.8 实时荧光定量PCR检测方法建立 |
| 2.2.9 生理生态指标及果实品质的测定及分析 |
| 2.2.10 转录组分析 |
| 2.2.11 差异表达基因的RT-qPCR的验证 |
| 第三章 结果 |
| 3.1 GFabV XF分离物基因组全长序列测定及分析 |
| 3.1.1 ‘香妃’葡萄病毒的小RNA测序鉴定 |
| 3.1.2 基因组扩增及序列分析 |
| 3.1.3 末端区域的序列比对与二级结构 |
| 3.1.4 小RNA的分布 |
| 3.1.5 各分离物核苷酸和氨基酸序列同源性分析 |
| 3.1.6 各分离物系统进化树分析 |
| 3.2 GFabV荧光定量PCR检测 |
| 3.2.1 引物筛选与克隆测序 |
| 3.2.2 实时荧光定量RT-PCR体系优化 |
| 3.2.3 灵敏度比较 |
| 3.2.4 特异性检测 |
| 3.2.5 不同时期和不同部位田间葡萄样品检测 |
| 3.3 葡萄植株生理指标的测定与分析 |
| 3.3.1 GFabV对不同品种光合作用等生理指标的影响 |
| 3.3.2 GFabV对不同品种农艺性状、果实品质的影响 |
| 3.4 转录组分析 |
| 3.4.1 转录组数据与参考序列的比对效率和比对结果 |
| 3.4.2 重复相关性评估和差异表达筛选 |
| 3.4.3 差异表达基因GO和COG注释分析 |
| 3.4.4 差异表达基因KEGG富集分析 |
| 3.4.5 GFabV侵染密切相关的DEGs |
| 3.4.6 DEGs的RT-qPCR验证 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 中国GFabV分离株XF序列分析 |
| 4.2 GFabV实时荧光定量PCR检测效果 |
| 4.3 GFabV影响葡萄植株生理指标分析 |
| 4.4 转录组测序和RT-qPCR分析 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录A |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（6）香草硫缩病醚防治茄科作物病毒病的应用及机理探究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 植物病毒病 |
| 1.1.1 黄瓜花叶病毒 |
| 1.1.2 烟草花叶病毒 |
| 1.1.3 辣椒叶脉斑驳病毒 |
| 1.1.4 蚕豆萎蔫病毒2 |
| 1.2 主要的植物抗病毒药剂 |
| 1.2.1 植物激活剂 |
| 1.2.2 病毒抑制剂 |
| 1.3 农药内吸传导及残留消解研究进展 |
| 1.3.1 农药在植物体内的内吸传导 |
| 1.3.2 农药的残留分析 |
| 1.4 植物组学概念及研究进展 |
| 1.4.1 植物转录组学 |
| 1.4.2 植物蛋白组学 |
| 1.4.3 植物代谢组学 |
| 1.5 植物激活剂机理研究进展 |
| 1.5.1 植物免疫系统 |
| 1.5.2 植物激素信号转导 |
| 1.5.3 植物激活剂作用机理 |
| 1.6 植物激活剂剂应用进展 |
| 1.7 本研究的目的与意义 |
| 第2章 香草硫缩病醚内吸传导特性和残留消解动态分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 仪器与试剂 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 建立检测方法的线性、精密度及准确度 |
| 2.2.2 香草硫缩病醚的内吸传导特性 |
| 2.2.3 香草硫缩病醚的降解特性 |
| 2.3 讨论与小结 |
| 第3章 香草硫缩病醚防治番茄CMV作用机制 |
| 3.1 试验材料与仪器 |
| 3.1.1 试剂与引物 |
| 3.1.2 试验仪器 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 植物材料与培养方法 |
| 3.2.2 药剂处理方法 |
| 3.2.3 植物总RNA提取 |
| 3.2.4 CMV-AN发病表型与进化关系分析 |
| 3.2.5 RT-q PCR分析CMV累积量 |
| 3.2.6 转录组分析 |
| 3.2.7 代谢组分析 |
| 3.2.8 RT-q PCR分析相关基因表达量 |
| 3.2.9 叶绿素含量测定 |
| 3.2.10 数据统计与分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 CMV-AN的病症表型及进化关系 |
| 3.3.2 香草硫缩病醚对CMV的防治效果 |
| 3.3.3 香草硫缩病醚对感病番茄基因转录水平及代谢产物的影响 |
| 3.3.4 香草硫缩病醚调控番茄重要激素相关基因的表达 |
| 3.3.5 香草硫缩病醚二次喷施对番茄激素基因表达的调控作用 |
| 3.4 讨论与小结 |
| 第4章 香草硫缩病醚·氨基寡糖素田间防治茄科作物病毒病 |
| 4.1 试验地点 |
| 4.2 试验材料 |
| 4.2.1 供试植物 |
| 4.2.2 试剂和引物 |
| 4.2.3 试验仪器 |
| 4.3 试验方法 |
| 4.3.1 番茄病毒田间接种 |
| 4.3.2 田间药剂喷施 |
| 4.3.3 病毒检测 |
| 4.3.4 调查方法 |
| 4.3.5 统计方法 |
| 4.4 结果与分析 |
| 4.4.1 病毒病的田间检测 |
| 4.4.2 香草硫缩病醚田间防治番茄CMV、TMV相对防效 |
| 4.4.3 香草硫缩病醚田间防治辣椒主要病毒病相对防效 |
| 4.5 讨论与小结 |
| 结论及展望 |
| 参考文献 |
| 附录 A:攻读学位期间发表论文 |
| 附录 B:试验仪器 |
| 附录 C:CMV比对序列信息表 |
| 致谢 |
（7）卫矛与藜上病毒的检测与鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 植物病毒的研究概况 |
| 1.2 植物病毒的鉴定方法 |
| 1.2.1 生物学测定法 |
| 1.2.2 电子显微镜技术 |
| 1.2.3 酶联免疫法 |
| 1.2.4 分子生物学测定法 |
| 1.2.5 第二代测序检测法(NGS) |
| 1.3 桃叶卫矛与藜植物与病毒病害简介 |
| 1.3.1 桃叶卫矛及其毒病 |
| 1.3.2 藜及藜病毒病 |
| 1.4 研究意义 |
| 1.5 实验方案 |
| 第2章 桃叶卫矛病毒病的分子鉴定与分析 |
| 2.1 实验材料及试剂 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 菌株及质粒载体 |
| 2.1.3 实验使用试剂 |
| 2.1.4 主要实验设备 |
| 2.2 测序与设计引物 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 病毒电镜观察 |
| 2.3.2 植物病毒总RNA的提取 |
| 2.3.3 桃叶卫矛上病毒的RT-PCR检测 |
| 2.3.4 PCR产物纯化及回收 |
| 2.3.5 DNA分子克隆 |
| 2.3.6 重组质粒的提取及鉴定 |
| 2.3.7 序列分析 |
| 2.4 实验结果与分析 |
| 2.4.1 桃叶卫矛病叶样品电镜观察结果 |
| 2.4.2 RT-PCR检测结果 |
| 2.4.3 序列分析 |
| 2.5 讨论 |
| 第3章 藜病毒病的分子鉴定与分析 |
| 3.1 实验材料及菌株 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 感受态细胞及载体 |
| 3.1.3 实验试剂 |
| 3.1.4 主要实验设备 |
| 3.2 引物的设计与合成 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 TRIzol法提取植物总RNA |
| 3.3.2 藜上病毒的RT-PCR检测 |
| 3.3.3 PCR产物纯化及回收 |
| 3.3.4 DNA分子克隆 |
| 3.3.5 重组质粒的提取与鉴定 |
| 3.3.6 序列分析 |
| 3.4 实验结果与分析 |
| 3.4.1 RT-PCR检测结果 |
| 3.4.2 序列分析 |
| 3.5 讨论 |
| 第4章 结论 |
| 参考文献 |
| 在学期间研究成果 |
| 致谢 |
（8）中国葫芦科作物病毒的分布、多样性及进化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 侵染葫芦科作物的病毒种类 |
| 1.3 中国葫芦科作物发生现状 |
| 1.3.1 布尼亚病毒目 |
| 1.3.2 小RNA病毒目 |
| 1.3.3 芜菁黄花叶病毒目 |
| 1.3.4 混合病毒科 |
| 1.3.5 雀麦花叶病毒科 |
| 1.3.6 长线型病毒科 |
| 1.3.7 内生病毒科 |
| 1.3.8 双生病毒科 |
| 1.3.9 黄症病毒科 |
| 1.3.10 双分病毒科 |
| 1.3.11 马铃薯Y病毒科 |
| 1.3.12 番茄丛矮病毒科 |
| 1.3.13 植物杆状病毒科 |
| 1.4 主要葫芦科作物病毒的遗传多样性研究 |
| 1.4.1 番茄斑萎病毒属遗传多样性 |
| 1.4.2 黄瓜花叶病毒遗传多样性 |
| 1.4.3 马铃薯卷叶病毒属遗传多样性 |
| 1.4.4 马铃薯Y病毒属遗传多样性 |
| 1.4.5 甜瓜坏死斑点病毒遗传多样性 |
| 1.5 应用高通量测序技术鉴定植物病毒及遗传变异的研究进展 |
| 1.5.1 应用NGS于植物病毒鉴定的测序方法 |
| 1.5.2 植物病毒组数据分析 |
| 1.5.3 NGS测序应用园艺作物病毒检测和鉴定 |
| 1.6 技术路线与研究目的和意义 |
| 第二章 中国葫芦作物病毒种类与地理分布特点 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 病毒样本采集 |
| 2.2.2 研究方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 中国葫芦科作物病毒田间样品采集 |
| 2.3.2 两种不同NGS测序方法的鉴定植物病毒初步比较 |
| 2.3.3 中国葫芦科作物病毒发生种类 |
| 2.3.4 中国主要产区间病毒种类和传毒方式比较 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 小西葫芦虎纹花叶病毒和番木瓜叶畸形花叶病毒侵染性克隆的构建和生物学特性研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 研究材料 |
| 3.2.2 研究方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 ZTMV和 PLDMV田间症状以及VirusDetect组装contig结果 |
| 3.3.2 ZTMV和 PLDMV全基因组特性及系统进化分析 |
| 3.3.3 ZTMV和 PLDMV侵染性克隆构建与生物学鉴定 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 1种侵染西葫芦的马铃薯卷叶病毒属病毒的发现鉴定 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 病毒材料来源 |
| 4.2.2 实验方法 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 血清学和RT-PCR检测 |
| 4.3.2 NGS测序结果分析 |
| 4.3.3 ZABYV基因组特性 |
| 4.3.4 ZABYV基因组的系统进化和重组分析 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 中国主要葫芦科作物病毒的系统进化与SNP变异初步分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 NGS数据中获取病毒全基因组序列 |
| 5.2.2 系统进化分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 CMV系统进化分析 |
| 5.3.2 ZYMV的系统进化分析 |
| 5.3.3 WMV的系统进化分析 |
| 5.3.4 PRSV系统进化分析 |
| 5.3.5 CMV,ZYMV,WMV和 PRSV的 SNP分析 |
| 5.4 讨论 |
| 第六章 全文结论及展望 |
| 6.1 全文结论 |
| 6.2 下一步研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录 Ⅰ 葫芦科作物病毒名录 |
| 附录 Ⅱ 本研究用于RT-PCR检测于鉴定的引物 |
| 附录 Ⅲ 采样地理信息表 |
| 附录 Ⅳ 病毒样本信息以及检测结果 |
| 附录 Ⅴ 作者简介 |
| 附录 Ⅵ 研究生期间已发表论文 |
| 致谢 |
（9）蚕豆萎蔫病毒2号板蓝根分离株全基因组序列测定与分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 植物病原dsRNA 的提取 |
| 1.3 酶联免疫检测 |
| 1.4 非序列依赖性PCR和RT-PCR检测 |
| 1.5 BBWV2全基因组的克隆和分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 酶联免疫检测 |
| 2.2 非序列依赖PCR扩增检测 |
| 2.3 BBWV2全基因组序列的扩增与分析 |
| 2.4 BBWV2序列同源性分析 |
| 2.5 BBWV2系统进化分析 |
| 3 讨论 |
（10）利用小RNA深度测序鉴定白术、半夏和地黄病毒病病原（论文提纲范文）
| 摘要 |
| 第一章 绪论 |
| 1. 中药材病毒病研究概况 |
| 1.1 白术研究概况 |
| 1.1.1 白术概述 |
| 1.1.2 白术病毒病研究现状 |
| 1.2 半夏研究概况 |
| 1.2.1 半夏概述 |
| 1.2.2 半夏病毒病研究现状 |
| 1.3 地黄研究概况 |
| 1.3.1 地黄概述 |
| 1.3.2 地黄病毒病研究现状 |
| 2. 植物病毒检测技术概述 |
| 2.1 生物学检测法 |
| 2.2 电子显微镜检测法 |
| 2.3 血清法检测法 |
| 2.4 分子生物学检测法 |
| 2.5 第二代测序检测法 |
| 3. 本试验研究目的、意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 1. 材料 |
| 1.1 植物材料 |
| 1.2 主要试剂及缓冲液 |
| 1.3 主要仪器设备 |
| 2. 常用的分子生物学方法 |
| 2.1 植物总RNA的提取 |
| 2.2 植物病原双链RNA的提取 |
| 2.3 植物病毒基因的反转录 |
| 2.4 植物病毒基因组扩增 |
| 2.5 产物割胶回收 |
| 2.6 连接 |
| 2.7 重组质粒转化 |
| 2.8 菌落PCR鉴定 |
| 2.9 质粒提取 |
| 2.10 植物病毒CP基因的原核表达 |
| 2.10.1 线性化载体制备 |
| 2.10.2 目的基因克隆 |
| 2.10.3 重组表达载体构建 |
| 2.10.4 重组产物转化及验证 |
| 2.10.5 IPTG诱导表达 |
| 2.10.6 SDS-PAGE电泳检测 |
| 3. 小RNA深度测序技术流程 |
| 3.1 样品总RNA的提取 |
| 3.2 小RNA文库构建及上机测序 |
| 3.3 检测数据的生物信息学分析 |
| 第三章 白术病毒病病原的分子鉴定 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2. 结果与分析 |
| 2.1 小RNA深度测序结果 |
| 2.2 白术中PMaV-Am全基因组扩增及序列分析 |
| 2.2.1 PMaV-Am全基因组序列扩增 |
| 2.2.2 PMaV-Am基因组结构分析 |
| 2.2.3 PMaV-Am序列相似性分析 |
| 2.2.4 PMaV-Am的系统进化关系分析 |
| 2.2.5 PMaV-Am来源的小RNA分析 |
| 3. 小结与讨论 |
| 第四章 半夏病毒病病原的分子鉴定 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2. 结果与分析 |
| 2.1 小RNA深度测序结果 |
| 2.2 半夏中SMV-SXBX全基因组扩增及序列分析 |
| 2.2.1 SMV-SXBX全基因组序列扩增及结构分析 |
| 2.2.2 SMV-SXBX序列相似性分析 |
| 2.2.3 SMV-SXBX的系统进化关系分析 |
| 2.2.4 SMV-SXBX来源的小RNA分析 |
| 3. 小结与讨论 |
| 第五章 地黄病毒病病原的分子鉴定及病毒CP基因的原核表达 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2. 结果与分析 |
| 2.1 小RNA深度测序结果 |
| 2.2 ReMV和YoMV的CP基因原核表达结果 |
| 2.2.1 ReMV和YoMV的CP基因扩增 |
| 2.2.2 pMal-c2X-ReMV CP和pMal-c2X-YoMV CP重组载体验证 |
| 2.2.3 ReMV和YoMV的CP基因原核表达 |
| 3. 小结与讨论 |
| 第六章 全文结论 |
| 参考文献 |
| Abstract |
| 附录A:本文所用的化学试剂和分子生物学试剂 |
| 附录B:本文主要试验仪器 |
| 附录C:本文所用的缓冲液及培养基配方 |
| 附录D:本试验所用引物 |
| 硕士期间发表的论文 |
| 致谢 |
四、蚕豆萎蔫病毒2中国分离物全基因组结构及可能的基因表达方式（论文参考文献）
- [1]内蒙古自治区葡萄病毒鉴定和葡萄灰比诺病毒内蒙古分离物全基因组序列分析[D]. 闫雨婷. 内蒙古农业大学, 2021(02)
- [2]基于黄瓜花叶病毒构建双联和三联弱毒疫苗的研究[D]. 张雅雯. 山东农业大学, 2021(01)
- [3]蚕豆萎蔫病毒2号辽宁藜分离物的鉴定[J]. 李梁,杨彩霞,侯秋实,王筠竹,于美春. 沈阳农业大学学报, 2020(04)
- [4]桃及其野生近缘种中病毒组研究[D]. 周俊. 中国农业科学院, 2020
- [5]葡萄蚕豆萎蔫病毒荧光定量PCR检测及对寄主的影响研究[D]. 张梦妍. 中国农业科学院, 2020
- [6]香草硫缩病醚防治茄科作物病毒病的应用及机理探究[D]. 彭谦泽. 湖南大学, 2020(08)
- [7]卫矛与藜上病毒的检测与鉴定[D]. 李梁. 沈阳大学, 2020(08)
- [8]中国葫芦科作物病毒的分布、多样性及进化研究[D]. 彭斌. 华中农业大学, 2019
- [9]蚕豆萎蔫病毒2号板蓝根分离株全基因组序列测定与分析[J]. 王宝霞,齐永红,辛敏,崔丽艳,王德富,牛颜冰. 中国生物化学与分子生物学报, 2019(03)
- [10]利用小RNA深度测序鉴定白术、半夏和地黄病毒病病原[D]. 庞小静. 山西农业大学, 2018(03)