一、红树科6属cpDNA和nrDNA序列相对速率检验及分歧时间估计（论文文献综述）
杨通文,苏春桃,韩维栋,高秀梅[1]（2021）在《竹节树研究进展及其应用前景》文中研究表明竹节树是红树科竹节树属常绿乔木,属于热带树种,其抗性强,观赏价值高,在华南地区被广泛应用于城市园林绿化。从育苗繁殖、生理生化、生物抗性、分子遗传学、林分改造与生态修复等方面对竹节树研究进展进行概述,并对其经济价值和应用前景进行展望,以期为竹节树资源保护与开发利用提供一定的参考与建议。
赵志浩[2]（2016）在《山茱萸种质资源多样性评价》文中研究表明山茱萸（Cornus officinalis Sieb.et Zucc.）为山茱萸科（Cornaceae）山茱萸属（Cornus）植物,别名山萸肉、萸肉、枣皮等,为名贵中药材,在我国的栽培历史悠久,《神农本草经》、《本草经集注》、《吴普本草》、《范子计然》、《千金翼方》、《图经本草》等典籍中均有记载。其性味酸、涩,微温,入肝肾两经,具有补益肝肾,涩精固脱的功效。近年来还引用到园林绿化之中,因其花、果、叶、树姿具有独特的观赏特性而倍受人们的喜爱。山茱萸主要分布于我国的河南、浙江、陕西等省,四川、安徽、山东亦有分布。长期以来山茱萸大多处于半野生状态,而且由于异花授粉和生长环境条件的差异,导致种内变异大,品种良莠不齐,产量高低不一,品质差异较大。本研究以不同产区的63份山茱萸叶片样本为材料,通过对形态指标的统计分析,比较了不同产区叶片的形态差异;以西峡、内乡48份山茱萸果实为材料,通过硫酸苯酚法测定山茱萸多糖含量,分析了不同优株的多糖含量,为山茱萸新品种的选育提供参考。本研究以不同产区的100个山茱萸样本为材料,进行直接PCR测序获得ITS和叶绿体基因序列,利用生物信息学软件进行ITS和叶绿体基因序列分析,从分子水平比较了不同产区山茱萸群体间的差异,探讨了群体间的亲缘关系及ITS序列对不同群体的鉴别问题,以期从DNA水平上了解不同产区的山茱萸亲缘关系及种质资源遗传背景,为中国山茱萸资源的分类、保护和利用提供理论依据。主要研究结果如下:（1）本研究对63份山茱萸叶片的统计分析表明:山茱萸叶片变异系数较大,多样性丰富;不同主产区之间有较为明显的差异,河南（伏牛山区）的山茱萸叶片较小,平均叶长7.91cm,小于西北地区的8.48和中南地区的8.86,西北地区的叶片变幅较小,变异系数小,为11.05。叶片宽河南地区的平均值为4.35cm,也小于西北地区（4.60cm）和中南地区（4.72cm）,叶片看的变幅也是西北地区的样本最小。（2）本研究通过硫酸苯酚法对48份山茱萸果实多糖含量的测定分析表明:不同山茱萸优株之间,多糖含量变异系数较大,差异显着。（3）本研究通过对山茱萸ITS、trn C-F、trn Q-rps16和trn L-trn F序列的克隆,扩增,纯化、测序,改良了针对山茱萸的DNA提取方法,确立了最优的P CR的扩增体系及程序。（4）山茱萸ITS序列长度变化范围为658-668bp（不考虑Gap）,其中ITS1序列长度为238-247bp,ITS2序列长度为263-267bp。5.8S r DNA的长度非常保守,经比对,参试样本的5.8S r DNA长度为153-155bp,起始于第263个碱基,终止于第424个碱基。不同山茱萸样本ITS1和ITS2碱基含量呈现差别,其中ITS 1序列中GC含量为62.6%72.5%,ITS2中GC含量为58%67%,5.8S r DNA编码区碱基组成GC含量为51.9%56.1%各区域G+C含量都较高,而且ITSl和ITs2区域的G+C含量明显比5.8S的高。所有100条ITS的675bp中共检测到150个核苷酸变异位点,占总位点的22.2%;简约信息位点80个,占总位点的11.85%。其中ITS1区域检测到87处变异位点,占ITS1序列的34.8%;简约信息位点64个,占总位点的25.6%,而ITS2区域共检测到56处变异位点,占其总长度的20.81%,简约信息位点18个,占总位点6.7%,而5.8S r DNA编码区较为保守,仅有8个变异位点,占其总长的5.1%,无简约性信息位点。（5）对所有13省市地区群体的ITS序列单倍型多样性（h）及核苷酸多样性（π）的检测结果表明:山茱萸种质表现出较高的遗传多样性水平（h=0.735,π=0.01027）,且不同群体间的核苷酸多态性水平表现出较大的差异（h=0.0001.000,π=0.0000.02238）,综合来看山茱萸各个群体中遗传多样性水平最高的应当是浙江（ZJ）群体（h=0.853,π=0.02238）。（6）本试验通过群体内遗传距离及群体间遗传距离的研究表明:候选ITS片段的群体间平均距离大于群体内距离,且群体内和群体间存在的重叠程度较小,因此,ITS具有作为山茱萸不同产区群体间植物条形码的潜力。（7）本试验以ITS序列为基础,通过最大简约法（Maximum parsimony,MP）和邻接法（NJ）构建分子系统进化树分析表明:不同产区山茱萸引种频繁,不同群体间的亲缘关系差异显着,综合鉴定率仅1.4%。（8）本试验研究表明:山茱萸种群间遗传距离的变化范围在0.0000.052之间,平均为0.018。其中浙江种群（ZJ）和重庆（CQ-FJ）种群之间,浙江种群（ZJ）和湖南种群（HN-GY）的遗传距离最远,分化程度最高;而湖南（HN-GY）种群和重庆（CQ-FJ）种群的遗传距离最小,分化程度相对较低;（9）在本次实验的结果显示山茱萸叶绿体trn Q-rps16基因片段长为1512bp,G+C含量为51.8%;叶绿体trn C-F基因长为874bp,G+C含量为48%;叶绿体trn L-F的基因长385bp,G+C含量为52%。各个样本间叶绿体基因序列几乎完全相同,说明山茱萸叶绿体基因相当保守。
阮宇[3]（2014）在《秋茄种群遗传结构特征及亲缘地理关系的研究》文中指出红树科秋茄属共两个种Kcandelia candel和K. obovata。以前将分布于全球的秋茄都认定为同一个种K. candel,以至于到现在,这个学名在一些研究中仍然被误用。实质上这两个种在形态结构、染色体数目及生理适应能力等方面存在非常明显的差异。K. candel主要分布于南中国海南部,K. obovata主要分布于南中国海北部。我国是秋茄（K. obovata）的主要分布区,也是这个种的分布中心。从热带地区至亚热带地区都有分布,是我国分布最广的红树植物。在我国的自然分布格局为研究红树植物地理隔离、繁殖体漂移及海岸线变化对种群遗传结构的影响等问题提供了天然场所。同时红树林生态环境进一步恶化,研究秋茄种群的遗传结构和亲缘关系,将为科学保护红树植物提供更多的理论依据。本研究采用FLP和SSR分子标记相结合,利用核基因与叶绿体基因评估分布于我国各省的秋茄种群的遗传多样性和种群遗传结构。研究结果表明：1)分布于福建宁德种群与其他分布区种群间出现分化程度非常高的现象,显示出了独立于其他种群之外的演化显着单元。福建宁德种群应视为独立的保护经营单元。分布于海南东寨港及福建漳江口的秋茄种群遗传多样性最丰富,也是起源中心,因而是保护重点。分布于大陆东南沿海的南方种群遗传多样性高于北方种群,而分布于台湾北部秋茄种群的遗传多样性高于南部种群。2)ABC模型推测,14万年前约为更新世中期末,大陆东南沿海南、北种群出现分化,4000年前是台湾种群与大陆种群发生分化。大陆东南沿海南方种群的有效种群最大,其次为大陆北方种群,台湾种群最小。秋茄种群自然分布格局形成的原因是：从大陆南方种群起源,由于受到冰期与间冰期气候的影响,冰期时南方成为避难所,间冰期时南方种群沿海岸线北部拓殖,拓殖至长江三角洲及杭州湾。当冰期再次来临时,随着气温下降,秋茄又缩回至福建北部。秋茄种群向北拓殖过程中,由于经历瓶颈效应和奠基者效应,北方种群只残留了南方种群中的一部分基因,再加上北方种群易发生波动,种群的稳定性较南方种群差,因而遗传多样性也较南方种群少。南方种群随黑潮西支流及南中国海洋流向北漂移,漂移至台湾北部定居,尔后又拓殖至台湾南部。3)研究种群间都出现分化,分化的可能由于海岸线变化、地理隔离及生境的不同引起。但种群间存在基因流,由于种群间基因流的大小不同,种群间的遗传结构差异大小也不同。北方种群与南方种群基因交流小,如福建宁德与其他种群间基因交流较少,福建宁德与其他种群的差异最大。南方种群福建漳江口、深圳福田、广西钦州湾、海南东寨港间基因交流频繁,种群间差异小。对于琉球群岛与日本秋茄种群是否与台湾和大陆东南沿海北部种群间发生基因流或是否存在分化,将有待研究。4)人为将秋茄北移,建立的人工林,其遗传多样性与原生林差异不大。但遗传组成偏离原生林,主要是人工选种的原因引起,因而要避免人为选择苗木,人为选择苗木引起的抽样误差会引起遗传多样性降低,有效种群大小减少,而且人工林的基因频率出现偏差,再与自然种群之间进行基因交流时,会引起自然种群的基因频率发生改变。
海棠[4]（2014）在《蒙古野马Cytb基因和D-loop区序列的遗传多态性研究》文中研究说明蒙古野马非常古老且至今为止被保存下来的唯一一个野马种群。多年来,蒙古野马与蒙古家马在进化过程中的关系一直是引起人们争论的焦点,因此,从分子水平上研究两者之间的进化关系具有非常重要的意义,能够为研究蒙古野马对蒙古家马形成过程中的影响提供有效的参考数据。本文采用PCR技术从蒙古野马基因组中扩增出线粒体Cytb基因和D-loop区序列,经过纯化回收,再进行测序分析。鉴于对蒙古野马和蒙古家马间的遗传差异和进化关系未曾见过详细的报道,因此,从Genbank上下载了蒙古家马的Cytb基因和D-loop区序列分别24条,进一步对蒙古野马和蒙古家马的关系进行分析探讨。基于Cytb基因序列的分析结果发现：（1）通过对蒙古野马和蒙古家马的Cytb基因序列进行比对发现,存在90个突变位点,构成了15个单倍型,蒙古野马与蒙古家马有2个共享单倍型,表明两者之间亲缘关系比较近。（2）通过进行中性检验和构建的不配对分布图发现,两者的中性检验值都处于不显着水平（P>O.01）,而且构建的不配对分布图呈现多峰曲线,说明蒙古野马和蒙古家马过去都没有经历过群体扩张,群体大小保持稳定。（3）通过MEGA5软件和Network软件构建了UPGMA系统发育树和Median Joining网络聚类图,发现UPGMA系统发育树中,蒙古野马与乌审马和巴尔虎马聚到了一起,而且网络聚类图中两者的主体单倍型分布到了共同的单倍型群中,说明两者的关系比较近,推测出蒙古野马是部分蒙古家马的野祖。基于D-loop区序列的分析结果发现：（1）共检测到74个突变位点,构成了24个单倍型,蒙古野马和蒙古家马共享了2个单倍型,也说明两者关系较近。（2）通过MEGA5软件构建的ML和MP系统发育树发现,蒙古野马与部分蒙古家马聚到了一起,说明两者的关系比较近,也可以推测出蒙古野马是部分蒙古家马的野祖,这与Cytb基因序列构建的系统发育树的结果一致。（3）计算了蒙古野马和蒙古家马之间的遗传距离,再根据分子钟理论推测出,两者分歧时间大概发生在0.34-0.67百万年前。而且两者间的平均遗传距离为0.0247,根据马科动物的不同种间的遗传距离为O.115-0.133,说明蒙古野马和蒙古家马的距离并没有达到种的区别,两者属于同一个种。
侯新东[5]（2014）在《我国华南地区大熊猫系统演化与遗传多样性的古DNA研究》文中研究表明生命的起源与演化问题在自然科学领域一直备受关注,古生物学家、进化生物学家依据发现的动植物化石或亚化石遗体或遗迹,来探寻它们的演化与灭绝的原因。但是,由于化石记录的不完整,建立在比较解剖学和形态分类学基础上的传统化石分析方法在研究中越来越难以解决生物演化方面的问题。通过现代分子生物学技术对古生物遗体或遗迹中古DNA的研究,为揭示古生物演化提供了有力的分子生物学证据,同时在研究对象和研究方法方面也拓宽了传统古生物学研究的领域。大熊猫是我国特有的珍稀濒危物种,地质历史时期中大熊猫在我国分布广泛,更新世中晚期大熊猫的分布达到全盛期,广泛分布于我国长江流域、珠江流域以及华北部分地区,最北界达40°N（周口店第一化石点）,向南则延伸至越南、老挝、缅甸部分地区,向东抵达东南沿海地区,第四纪末次冰期大熊猫的分布范围也开始缩小。目前由于气候的变化和人类活动的影响,大熊猫分布目前仅限于陕西西南的秦岭南麓,四川盆地西北缘的岷山和邛莱山、西缘的大、小相岭及凉山。大熊猫的分类问题一直以来都是人们争论的热点,80年代以前其争论形成三派学说——熊科、浣熊科、大熊猫科（独立一科）。Mivart通过研究大熊猫的颅骨结构、四肢骨、牙齿、足型、肾、毛的触感、内脏以及一些化石,还有对进化有重要意义的第四上前臼齿,凭借大熊猫与浣熊类动物在颅骨结构、牙齿、内脏等方面具有的相似性,尤其是裂齿（P4）的齿冠冠型,他认为大熊猫应该属于浣熊科。1964年Davis发表了《大熊猫形态学与进化机理研究》的专着,他根据大熊猫50个器官系统比较研究的结果,断言“大熊猫每一个形态特征都表明它们仅仅是一种高度特化的熊,故可把它放在熊科,或对它的差异给予足够的承认,也可独立一科”。从这开始对大熊猫的分类地位逐渐形成两派——熊科、大熊猫科。林峰等采用PCR和Southern杂交等方法对大熊猫、小熊猫、马来熊、浣熊等共有的1条113kb的RAPD产物片段进行初步分析,发现马来熊产物则无相应的杂交带,认为这种结果暗示了大熊猫与熊科马来熊的亲缘关系要近于小熊猫和浣熊,主张将大熊猫划为熊科。用线粒体Cyt b、12S rRNA基因全序列和全基因组构建的系统发育树中可看出,大熊猫与熊类均在同一分枝上。对于分子生物学上本认为支持归属为熊科的证据,张亚平等重新解读为大熊猫与熊类在DNA序列上的相似性并不能作为大熊猫应归入熊科的有力证据,而且如果将细胞色素b的部分序列翻译成氨基酸序列,结果显示大熊猫与小熊猫更接近,因此正如黑猩猩与人类DNA序列有98%的相似性却不能归入人科一样,大熊猫也应该单独成为一科。近年来,随着大熊猫祖先化石的不断发现,学者们得出在中新世晚期大熊猫类与熊的祖先就已经出现平行发展,相互间有亲缘关系,但形态特征与熊科物种存在一定的差异,主张将大熊猫单独分为一科即大熊猫科。早期的研究认为,大熊猫的遗传多样性下降得较为明显。潘文石通过分析秦岭大熊猫种群,研究其遗传压力,得出该种群每代将以0.5456%近交率丧失遗传多样性。李杨文等、宿兵等用蛋白质电泳技术,分别对不同地区大熊猫进行血液同工酶及血浆蛋白比较研究,得出大熊猫种群的物种多样性贫乏的结论。张亚平等测定大熊猫线粒体tRNA基因和D环区序列,在21个实验样品中共检测出9种单倍型,分析得出大熊猫的遗传分化程度很低。方盛国等利用DNA指纹技术研究大熊猫种群的遗传多样性,认为5大山系的群体遗传多样性严重贫乏,山系之间存在明显的遗传分化。近期的研究表明,现生大熊猫的遗传多样性仍然保持中等或者更高的水平。Lu等研究岷山、邛崃及秦岭大熊猫种群的线粒体DNA控制区基因序列,从36个大熊猫个体中检测出17种单倍型,这些单倍型与大熊猫的地理分布并没有明显的相关性,通过限制性内切酶和微卫星序列探针进行分析,认为大熊猫的遗传多样性处于中等水平。Zhang等利用线粒体控制区序列和10个微卫星位点,分析了5个山系大熊猫种群的遗传多样性,通过与其他熊类进行比较,得出现存的大熊猫种群有高水平的控制区及微卫星位点多样性,大熊猫并没有处于进化的尽头。Li等通过大熊猫全基因组的测序,发现大熊猫种群仍然存在较高的遗传多态性。Hu等通过研究线粒体控制区序列,探讨了凉山地区大熊猫种群的遗传多样性,得出该地区的大熊猫遗传多样性处于中等水平。本研究采用硅粒-GuSCN法对采集于云南腾冲、广西田东、湖南桑植和云南镇雄的5个大熊猫样品（编号分别为05001,97001,GXPB,HNSZ,14162）中的古DNA进行提取,通过多重PCR方法进行扩增。最终GXPB,HNSZ,14162这3个样品未获得可靠的古DNA序列,采自云南腾冲的97001和05001的两个样品扩增获得了古DNA序列。用分子生物学方法研究了97001和05001样品线粒体中的Cyt b.12s rRNA、16s rRNA、ND1和D-Loop基因,结合GenBank中的同源序列,构建了熊科物种与大熊猫的系统发育树,利用D-loop的序列探讨了大熊猫的遗传多样性。主要得到以下几点结论：1.获得距今8740±45年的97001样品和距今5025±35年的05001样品中的古DNA。97001获得的线粒体DNA序列长度为5025bp,05001获得的DNA序列长度为5142bp。证明了硅粒-GuSCN-蛋白酶K法提取和多重PCR扩增等方法用于华南地区近万年样品古DNA实验是可行的,也说明了在高温潮湿的华南地区保存的近万年的化石样品中能够得到古DNA。2.经14对引物扩增得到Cyt b基因1140bp全序列。两条序列的碱基A、T、G、C平均含量分别为：29.3%,31.3%,14.2%,25.2%,其中A+T的含量为60.7%,G+C的含量为39.3%。通过分析大熊猫、棕熊、北极熊、太阳熊、懒熊、亚洲黑熊、美洲黑熊、眼镜熊、小熊猫和浣熊序列,得出Cytb序列的转换/颠换为4.2,进行饱和度分析后,得出序列的碱基的转换和颠换没有达到饱和。计算了两两序列间的遗传距离,得出大熊猫和熊科物种的遗传距离最小,与小熊猫和浣熊的遗传距离较大。经15对引物扩增得到12s rRNA基因966bp全序列。两个序列碱基的平均含量为：A,35.4%；T,24.6%；G,18.4%；C,21.6%。其中A+T含量为60.0%高于C+G含量40%。分析了大熊猫与现生的7种熊科动物、大熊猫、小熊猫及浣熊的碱基序列差异,转换/颠换为3.6,进行饱和度分析后,得出序列没有达到饱和。计算了两两序列间的遗传距离,得出大熊猫和熊科物种的序列差异和遗传距离最小。经13对引物扩增得到D-Loop基因部分序列（932bp）,其中683bp为连续片段,碱基A、T、G、C平均含量分别为：28.8%,30.2%,15.7%,25.3%,A+T平均含量（59.1%）显着高于G+C的平均含量（40.9%）。分析了序列间的差异,碱基转换/颠换为0.9,饱和度分析显示,得出序列即将达到饱和,计算了两两序列间的遗传距离,结果显示大熊猫和熊科物种的平均遗传距离要小于与小熊猫。经15对引物扩增,97001得到16s rRNA基因部分序列（1064bp）,05001得到16s rRNA基因部分序列（1181bp）,从序列差异和遗传距离结果来看,转换/颠换为3.0,大熊猫与熊科动物的差异较小,遗传距离较近。经10对引物扩增得到ND1基因序列的长为923bp,其中830bp为连续片段,碱基A+T含量（61.5%）明显高于G+C含量（38.5%）。将其与同源序列进行比对分析,显示碱基转换/颠换为4.4,进行饱和度分析后,得出序列没有达到饱和。计算了两两序列间的遗传距离,得出大熊猫和熊科中眼镜熊的遗传距离最小。5个基因得出的序列差异和遗传距离有差别,可能是跟基因的保守程度有关。3.得到的古DNA序列是可靠的。古DNA提取,PCR混合液的配制以及克隆均在独立的实验室进行。在实验过程中,严格按照古DNA的实验要求进行操作,从提取、PCR扩增和分子克隆都设立了相应的对照实验以监控污染情况。对每一个样品的每一对引物基本上都经过了两次以上的扩增、克隆和测序以确定序列的原生性。对所得的序列进行GenBank的Blast搜索,得出序列与现生大熊猫的相似性最高。本研究中古DNA序列进行了多次重复性实验的验证,在本实验室由不同的研究者进行操作,并在澳大利亚阿德莱德大学古DNA研究中心进行了重复性实验,所得到的序列与在中国地质大学（武汉）实验所得的序列是一致的。综上所述,本研究所得的古DNA数据是可靠的。4.基于Cyt b基因全序列、12s rRNA基因全序列、16s rRNA基因部分、ND1部分序列和D-Loop基因部分序列用MEGA软件与同源序列进行比对,同时也选择了Cyt b+12s rRNA、Cyt b+D-loop、Cyt b+12s rRNA+D-Loop、Cyt b+12s rRNA+16s rRNA+ND1和Cytb+12s rRNA+16s rRNA+ND1+D-loop组合序列分别用邻位法（NJ）、最大简约法（MP）和最小进化法（ME）构建系统发育树,其中由Cyt b、16s rRNA、ND1和Cyt b+12s rRNA+16s rRNA+ND1序列构建的系统发育树拓扑结构是完全一致的,只是分支上的自展支持率的数值略有差别。由12s rRNA、D-Loop单序列和组合序列所构建的系统发育树在拓扑结构上不完全一致,但有相同之处,棕熊、北极熊、大熊猫、小熊猫及浣熊所处的位置在所构建的所有系统发育树上都是一样的,只是自展值略有差别。从所有构树的结果来看,D-loop基因序列参与构建的系统树在拓扑结构上与其它序列所构建的系统树有较为明显的差别,因此,本研究认为D-loop序列不适合用来构建系统分析探讨大熊猫的系统演化关系。利用物种的双个体的同源序列构建系统发育树,结果表明,物种单个体用来构建系统发育树是可行的,排除了系统进化树上的物种单个体效应。在系统发育分析中,加入本研究所得的古DNA序列,提高了系统发育树的精度,使得熊科物种、大熊猫、小熊猫和浣熊之间的亲缘关系得到了进一步明确：浣熊最先分离,其次是小熊猫,大熊猫较晚分离,大熊猫和熊科物种有较近的亲缘关系。5.用PAML软件的mcmctree程序基于Cyt b+12s rRNA+16s rRNA+ND1序列的组合数据构建的系统发育树,计算了物种间的分歧时间。小熊猫和大熊猫的分歧时间为17.12Ma,大熊猫和熊科其他物种的分歧时间为12.68Ma。据化石记录得出的大熊猫和熊科物种的分歧时间为12Ma,与本研究算出的分歧时间相近。通过对构建的系统发育树和物种分歧时间进行分析,本研究认为大熊猫很早就与熊科动物中分化出来,进行了独立的进化与演化,支持把大熊猫划为独立的一科即大熊猫科。6.基于所获得的两个古代大熊猫655bp线粒体D-loop序列,与从GenBank获得的40个现生大熊猫的同源序列,用MEGA软件对42个序列进行Clustal W比对后,将数据导入DnaSP5.0进行分析,结果表明,42个序列组成上都不一样,分别属于42个大熊猫单倍型。根据655bp同源序列的碱基变化以及单倍型在不同地区的分布情况,利用Network4610软件构建了42种大熊猫单倍型的简约网络图,通过DNASTAR软件构建了42种大熊猫单倍型的系统发育树。结果表明,大熊猫的单倍型的多样性还是非常丰富的,并且在不同地区存在多种共享基因单倍型,说明在不同地区分布的大熊猫之间存在广泛的基因交流,使这个物种在遗传上始终保持着多样性。在5000年以前云南所分布的大熊猫古老的单倍型已经通过基因交流得以扩散到秦岭,邛崃山,凉山和岷山等地区。利用BEAST1.7.4程序进行Bayesian skyline plot（BSP）评估了过去8700多年来大熊猫的有效群体变化,结果显示,大熊猫的种群数量是在距今5000多年前开始下降的,现在其种群数量趋于稳定,现阶段可以通过加大建造各大熊猫栖息地之间的“绿色走廊”,增加种群之间的互相沟通,提高种群杂合率,来丰富其遗传多样性。
闵运江[6]（2013）在《中国广义蓼属植物及其近缘类群的分子系统学研究》文中指出广义蓼属（Polygonum L. s. lat.）是1753年由瑞典分类学家林奈建立的,是一个存在持续争论与挑战的、松散的、但并不完全成功的属级分类单位。许多学者试图将该属分成更多的如亚属、组或属等不同等级的自然单元,而这些等级单元是否应该被应用,还有许多争论,一直没有获得令人信服的结论。《中国植物志》25卷第1分册及《Flora of China》第5卷记载我国蓼科植物有13属,235（/238）种37变种,主要依据形态特征将蓼科分为两个亚科：即蓼亚科Subfam. Polygonoideae和酸模亚科Subfam. Rumicoideae,将蓼亚科分为2个族：蓼族Trib. Polygoneae和木蓼族Trib. Atrophaxideae。其中蓼族分为7属：即冰岛蓼属（Koenigia L.）、蓼属（Polygonum L.）、何首乌属（Fallopia Adans.）、虎杖属（Reynoutria Houtt.）、金线草属（Antenoron Rafin.）、荞麦属（Fagopyrum Mill.）和翼蓼属（Pteroxygonum Damm. et Diels）（该论文涉及的研究范围主要是上述的蓼族各个属）。然而,其分类系统中存在许多争议性的问题有待解决。植物分子系统学,是采用分子生物学的各种实验手段,以获取各类分子性状,从而,探讨植物分类、类群之间的系统发育关系及其进化过程和机制。它仅仅用了20多年,就对过去花费200多年依据植物形态性状而建立起来的系统分类关系作出了令人信服的评价。论文选取了被广泛用于植物分子系统学研究的nrDNA ITS和叶绿体基因组的trnL-trnF及atpB-rbcL3个基因间区的DNA片段序列,从广义蓼属每个组,及蓼族（《中国植物志》定义的蓼族范畴）的各个属共选77个代表种,以酸模亚科的山蓼属、酸模属和大黄属中共选7个代表种作外类群,总计84种（含变种）,分别进行了3个片段的DNA提取、扩增、序列测定,测序数据用PAUP及MrBayes分析软件,分别对单个基因和2个叶绿体基因以及3个基因的联合数据矩阵进行了MP、NJ和B1分子系统树构建。再以文献报道的蓼属及酸模属的最早的地层花粉年代为标尺,用BEAST软件包中的系列程序,计算3个片段联合数据分子树的各个节点的分歧时间。从而探讨了广义蓼属在系统分类上长期存在的争论性问题。另外,为了进一步讨论广义冰岛蓼属的系统地位,及其属内的种间关系问题,将已计算出的分子树上与广义冰岛蓼属亲缘关系较近的属：金线草属（Antenoron）、刺蓼属（Truellum）、春蓼属（Persicaria）、头状蓼属（Cephalophilon）、神血宁属（Aconogonon）、拳参属（Bistorta）每个属选定种类同前计算广义蓼属的分子系统树的选样种类,且广义冰岛蓼属（Koenigia s. lat.）每种选1-8个居群样品（共计82个样）。同样进行单基因和多基因的MP、NJ和B1分子树的构建,以及各关键结点的歧化时间估算。得出了以下主要结论：原广义蓼属并非单系群,且其内的分组应分别成立为属级单位,部分种类在各属中的位置应当适当调整。具体建议如下：（1）西伯利亚蓼应该从神血宁属（分叉蓼组）独立出来,支持将西伯利亚蓼升为西伯利亚蓼属Knorringia Tzvel.,西伯利亚蓼也应更名为Knorringia sibirica Tzvel.。（2）虎杖属与首乌属亲缘关系较近,推测二者来自于同一祖先,而其在进化中较早的一支向直立的虎杖属方向演化；另一支向蔓生或缠绕藤本的方向演化进而分化出了首乌属。支持将二者分别独立为属的处理,即虎杖属Reynoutria Houtt.和首乌属Fallopia Adans.。（3）支持翼蓼属的属级地位的处理,即红药子属Pteroxygonum Damm. et Diels,但红药子属（翼蓼属）并非单种属的概念,至少应包含翼蓼和酱头（齿叶蓼）两个种,建议将酱头从首乌属移到红药子属,更名为齿叶翼蓼Pteroxygonum denticulata。（4）支持将翅果蓼从原木蓼族移出,撤销其属级地位,并入荞麦属（Fagopyrum Mill.）,为一木本荞麦类型,更名为翅果荞麦Fagopyrum tibeticum。（5）原蓼属神血宁组升为神血宁属Aconogonon Reichb.,且原位于该属的西伯利亚蓼应独立成西伯利亚蓼属；铜钱叶蓼和大铜钱叶蓼应移出,并入到广义冰岛蓼属；得到了周忠泽教授按花粉神血宁属暂且划分成3个组：多穗蓼组Aconogonon Sect. Polystachyum、分叉蓼组Aconogonon Sect. Aconogonon和钟华蓼组Aconogonon Sect. Campanulatum的支持。（6）原位于头状蓼组（属）的小叶蓼Polygonum delicatula,从分子树上看,显然既远离头状蓼属,也与广义冰岛蓼属明显间隔开来,似乎与神血宁属更近；但小叶蓼、神血宁属与冰岛蓼属始终位于同一个大支上,可以推测为三者来自同一祖先,首先进化为小叶蓼,再分化出神血宁属,进而其中某一类又进而分化出了冰岛蓼属,而小叶蓼始终保持了冰岛蓼属的一些最重要特征,如刺状花粉等,分布区也与冰岛蓼属一致。因此,支持将其归入广义冰岛蓼属,为细冰岛蓼Koenigia delicatula （Meisn.）Hara.。（7）支持春蓼组和刺蓼组独立为属,即春蓼属Persicaria Mill和剌蓼属Truellum Houtt.;但原位于刺蓼组的柳叶刺蓼Polygonum bungeanum应从刺蓼属移出,并入春蓼属,采用名：Persicaria bungeana （Turcz.） Nakai。（8）金线草属与春蓼属、刺蓼属亲缘关系紧密,但与刺蓼属、春蓼属为平行的属级关系。因此,金线草属不应放在春蓼属,而应为独立的属级地位,即金线草属Antenoron Rafin.。（9）除将原属于头状蓼组的小叶蓼移入广义冰岛蓼属外,将细茎蓼、柔毛蓼、腺点柔毛蓼（陕甘蓼）、蓝药蓼和青藏蓼移入广义冰岛蓼属,头状蓼组其余种类构成头状蓼属Cephlophilon Spach。（10）拳参组为单系群,支持将拳参组升级为拳参属Bistorta Adans.。（11）广义冰岛蓼属（Koenigia L. emend Hedberg）除小叶蓼（Koenigia delicatula）外所有选定种,包括拟发表的两个新种,全部聚为一支。表明广义冰岛蓼属（除小叶蓼外）为一单系群,因此,承认广义冰岛蓼属（Koenigia s.lat.）的概念,该属是在青藏高原隆升后由于高原特殊环境（生境内陆岛屿化）而由神血宁属的某些祖先特化而来,并逐渐分化出属内各个种的较年轻的属；广义冰岛蓼属应包含约8-10种。其属下暂可划分为3个组：细冰岛蓼组Koenigia sect. Delicatula、大连线茎冰岛蓼组Koenigia sect. Forrestii和冰岛蓼组Koenigia sect. Koenigia o（12）最后,以分子系统树的计算结果为依据,对中国产蓼科植物的分类系统作出了重新划定。
任颖[7]（2012）在《南非长角羚（Oryx gazela）和白长角羚（Oryx dammah）线粒体基因组研究及系统发育分析》文中进行了进一步梳理线粒体基因组蕴含着巨大的分子遗传信息，可以为种群遗传结构分析及系统发育进化等研究提供重要的分子标记，对于线粒体基因组的研究还对濒危野生动物的保育和引入策略提供了有力的分子遗传学支持。本文对南非长角羚和白长角羚的线粒体基因组进行了测序，与牛科其他动物线粒体基因组进行了比较研究，对牛科的10种动物进行了系统发育分析，并估算了这10种牛科动物种间的进化分歧时间。得到以下结果：1．南非长角羚和白长角羚的线粒体基因组全序列长度分别为16661bp和16756bp，包含22个tRNA基因、12S rRNA、16S rRNA基因、13个蛋白质编码基因和非编码控制区序列，线粒体基因组体现出碱基使用的A-T偏好性。蛋白质编码基因中，除ND2、ND3、ND5基因的起始密码子为ATA外，其余蛋白质编码基因均以ATG作为起始密码子。在终止密码子使用方面，大部分蛋白质编码基因以TAA作为终止密码子，ND2基因的终止密码子为TAG，Cytb基因为AGA，COXIII、ND3、ND4基因则为不完整的T或TA。tRNA基因中，除tRNA-Ser（AGY）缺少二氢尿嘧啶环外，其余tRNA均能折叠成典型的三叶草型二级结构。控制区分为延长中止相关序列（ETAS）、中央保守序列（CD）和保守序列区（CSB），在ETAS区中的RS2region中检测到了6个短重复序列GYRCAT（Y=C/T, R=A/G）。中央保守序列（CD）的F box、E box、Dbox、C box、B box被识别出。在保守序列区（CSB）区，识别出了H链复制起始点（OH）、LSP、HSP、CSB1区域、CSB1-like区域、混合的CSB2+3区域，在CSB1和CSB2区域之间没有检测到重复序列。以上特点均与牛科中近缘物种的线粒体基因组特点一致。2．基于12S rRNA基因、16S rRNA基因和12个蛋白质编码基因的联合基因，分别使用邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法构建了牛科10种动物的系统进化树，探讨了系统发育关系。南非长角羚与白长角羚与狷羚亚科的白纹牛羚亲缘关系最近，其次是羊亚科的3种动物，与牛亚科的4种动物亲缘关系最远。对于羊亚科3种动物的系统进化关系，四种构树方法产生了分歧，本文做了比较研究。另外，对牛亚科的4种动物的系统进化关系的研究结果与其他学者的结果一致。3．计算了牛科10种动物间的tRNA基因和rRNA基因的核苷酸替代率，并与蛋白质编码基因的碱基同义替代率和非同义替代率进行了比较，然后以已公布的哺乳动物线粒体基因组各功能基因的平均碱基替代率为分子钟，基于tRNA基因和rRNA基因的核苷酸替代率估算了10种牛科动物间的进化分歧时间。南非长角羚与白长角羚的进化分歧时间大约在3.35-6.03百万年以前（MYBP），与白纹牛羚的进化分歧时间大约在9.49-12.12MYBP，与山羊的进化分歧时间大约在8.96-12.65MYBP，与绵羊的进化分歧时间大约在8.50-13.93MYBP，与家牛的进化分歧时间大约在10.65-17.77MYBP，与水牛的进化分歧时间大约在11.95-15.12MYBP，这与由系统进化树推测出的系统发育关系基本一致。另外，对牛亚科4种动物的进化分歧时间估计以及牛亚科和羊亚科间的分化时间估计，都与前人通过化石数据或者分子遗传数据得到的结果相吻合。
孙玉江[8]（2008）在《中国西南马遗传资源特征研究》文中研究指明中国西南马是我国马种主要生态类型之一,经历了遗传变异和自然选择的长期进化过程,在西南地区逐渐分化形成了百色马、贵州马、文山马、乌蒙马、大理马、建昌马、腾冲马、中甸马等优良类群。受其特殊历史、自然、社会诸多条件的影响,西南马形成体形矮小、结构紧凑、抗逆性强、善走山路等特点,可以广泛用于科学研究、观光旅游、艺术表演、骑乘培训、驮负运输等,是中国乃至世界原始矮马资源的宝贵基因库。可见,中国西南马在遗传资源保护利用和现代马业发展中具有重要地位。但国内外关于西南马遗传多样性、起源进化、亲缘关系、资源分布、矮小机理等方面的研究还相对缺乏。本课题在对西南地区马进行初步调查的基础上,运用SAS、SPSS统计分析软件对西南马资源特征进行分析;通过PCR-SSCP技术、PCR产物纯化直接测序等方法,对七个类群的西南马及引入品种Shetland马共150个样品的mtDNA D-Loop区、ND3、ND4、ND4L基因和核内SHOX基因的多态性进行了检测,并进行了多态性与体尺指标相关分析,了解了西南马群体资源表型、分子特征。本文得出以下基本结论:（1）中国西南马在数量上已经成为我国五大类型马的第一大类群,影响其数量分布的主要因子是人均农机、人口密度、辖区比重等。非密度制约因子如年无霜期、降水量、日照时数和平均气温等自然因素均与中国西南马体高呈强相关,对不同类群马的形成可能起重要作用。（2）对中国西南马mtDNA D-Loop位点进行了研究,结果表明:中国西南马种内遗传多样性相对丰富,在类型间和类型内遗传分化不显着（P>0.05）;中国西南马具有多个母系起源,且与蒙古国蒙古马亲缘关系较近,部分西南马起源于普氏野马或蒙古野马。（3）在ND4L、ND4基因上游和下游检测到多态:ND4L和ND4上游片段出现两种单倍型（定义为A和B）,而且B单倍型出现频率均略高于A单倍型;ND4下游片段中,出现四种单倍型,其中一个为共享单倍型,三个为稀有单倍型。（4）西南马线粒体ND4基因和ND4L基因核苷酸组成的偏倚不严重,但在密码子第二和第三位点上,C的含量远远大于G含量,而且密码子的使用存在偏倚。（5）所研究的西南马（不包括建昌马）各类群内核苷酸多样性（Pi）较高,在0.00467至0.00737之间,其中大理马最低,乌蒙马最高。各类群间的遗传距离很小,而乌蒙马与其它西南马的遗传距离最大（0.006）;类群间的核苷酸分化系数（Nst）在-0.35665至0.01694之间,乌蒙马与其它马种的核苷酸分化系数均较大,且同处云南地区的乌蒙马与大理马之间的Nst值最大,可见乌蒙马与大理马存在遗传分化。（6）本文对ND4下游片段的多态性与体尺性状进行了关联分析,结果表明基因型对体长影响显着（P<0.05）:D基因型的体长较其余基因型大;对体高和管围的影响接近显着水平（P =0.0809和0.0753）,对胸围影响不显着。（7）西南马种内遗传多样性低,类群间的遗传距离小,遗传相似度高。乌蒙马独立性最高（Pi=0.00737）,可作为独立的管理单元;大理马核苷酸多样度最低（Pi=0.00467）,分化最小（k=3.167）,保持着类群特有的遗传特质,应该得到良好的保护。（8）本研究还首次克隆了西南马矮小性状基因SHOX的部分序列。其长度为520bp,与其他物种已知的SHOX基因序列比对,发现克隆所得的序列是马SHOX基因编码区的部分序列,包含了完整的第二外显子。（9）通过对马SHOX基因第二外显子序列与其它物种相应区域序列进行比较发现:不同物种间的第二外显子较保守,未出现不同片段的插入、缺失及短串联重复序列多态现象,且马的SHOX基因富含GC（7个类群马平均为67.85%）。（10）通过PCR-SSCP分析,检测到在SHOX基因P2位点268处有一个G→A的突变, 431处有一个T→G的突变,导致了等位基因B变为等位基因A。（11）不同类群马SHOX基因P2位点纯合度（Ho）、杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）及多态信息含量（PIC）分析表明:多态信息含量（PIC）以文山马最高,为0.513,处于高度多态;以设特兰马为最低,仅为0.222。
张敏[9]（2008）在《蛱蝶科遗传多样性及分子系统发育研究》文中研究表明蛱蝶科Nymphalidae隶属鳞翅目Lepidoptera凤蝶总科Papilionoidea,为蝶类中较大的科,具有很高的观赏价值和经济价值,但其幼虫绝大多数专以植物体为食料,虫口密度大,是粮食作物、果树、蔬菜、纤维作物、林木、竹类、药用植物以及绿肥牧草等的主要害虫。对蛱蝶科物种的分类研究由来已久,早期主要以形态特征为依据进行分类,近来,有学者采用分子生物学的方法来重建蛱蝶科部分物种的系统发育关系。然而,由于蛱蝶科物种形态多变且生活史各不相同,该科物种的系统发育关系一直比较混乱,成为昆虫分类学家争论的焦点。此外,由于蛱蝶科内各亚科、族及属间的系统发育关系并未澄清,以致无法阐明诸多研究结果的进化意义。研究该科物种的遗传多样性和系统分类学关系不仅具有理论意义,也对其生物多样性保护和农业植保实践中的防治具有较为重要的应用价值。RAPD（随机扩增多态性DNA）技术是1990年由Willianms和Welsh同时提出的一项DNA分子水平的多态性检测技术,因其简捷、成本低且信息含量丰富,被广泛用于生物类群种属分类鉴定、遗传图谱构建、物种亲缘关系和种群遗传学等领域的研究。该方法很快被昆虫学家所认可,广泛用于种群遗传学和系统发育研究。线粒体DNA基因和核基因的序列分析是重建物种系统发育关系及进化研究的有效分子标记,早已被广泛用于研究种群结构、基因缺失、杂交后代、生物地理学和系统发生关系。本文采用RAPD技术探讨了蛱蝶科闪蛱蝶亚科大紫蛱蝶和粉蝶科菜粉蝶不同地理种群之间的遗传多样性;采用线粒体DNA细胞色素b（Cyt b）、细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ（COI）和核延长因子（EF-1α）基因作为分子标记,对我国闪蛱蝶亚科、蛱蝶亚科、线蛱蝶亚科和蛱蝶科部分物种的系统发育关系进行初步的探讨;结合GenBank下载序列和自测序列（DataⅠ）,采用NJ、ML和Bayesian方法分别构建蛱蝶科部分物种系统发育树,并将后翅臀角斑、眼状斑和后翅外缘突起这3个形态性状标记在ML系统发育树上,对这3个形态性状进行进化分析,为更好地开展蛱蝶科系统分类学研究、生物多样性保护和防治提供了分子生物学的实验依据。此外,基于自行测定的和GenBank收录的线粒体COI基因和核EF-1α基因序列（DataⅡ）蛱蝶科亚科间的系统发育关系,结合眼蝶亚科、蛱蝶亚科和Dynamine alexaen物种的化石资料,进一步计算出蛱蝶科所有12个亚科间的首次分歧时间。本文的研究内容主要包括以下几个方面:1.主要采用实验室保存的干标本,比较了酚-氯仿法和饱和NaCl法提取蝶类干标本胸部、腹部和中后足肌肉基因组DNA的效果及对RAPD-PCR和线粒体Cyt b、COI基因及核EF-1α基因部分序列扩增结果的影响。研究结果表明:两种DNA提取方法从干制标本中后足肌肉提取的基因组DNA带型整齐,无拖尾;两种方法得到的基因组DNA均适用于RAPD-PCR扩增,而酚-氯仿法得到的基因组DNA在随后的线粒体Cyt b、COI基因及核EF-1α基因部分序列扩增中效果更好。2.采用RAPD技术分析了大紫蛱蝶三个地理种群的遗传多样性,并以同属的黑紫蛱蝶指名亚种及近缘属种黑脉蛱蝶指名亚种为外群,探讨了它们之间的亲缘关系及RAPD技术在蛱蝶属种间的适用性。经筛选的10个随机引物对供试的58只蝶类标本共产生200条扩增谱带,这些谱带具有明显的属、种间多态性。根据Nei’s遗传距离,分别用UPGMA和NJ法对其进行聚类,构建了分子系统树。聚类结果表明:大紫蛱蝶三个地理种群亲缘关系的远近与地理距离存在一定的相关趋势,湖北种群与山西种群间存在一定的基因交流。聚类结果与Nei’s遗传距离均表明:大紫蛱蝶与黑紫蛱蝶的亲缘关系较近,而黑脉蛱蝶与上述两物种的亲缘关系较远。聚类图所显示物种间亲缘关系与传统的形态分类结果基本一致。3.采用12条10 bp的随机引物,对菜粉蝶不同种群共75个个体的基因组DNA进行扩增,共产生143条清晰、稳定的谱带。Nei’s遗传距离表明菜粉蝶5个种群间的遗传距离差异较小。用UPGMA和NJ两种聚类方法对菜粉蝶5个种群所有个体构建聚类图,除长治种群和太原种群的位置有所不同外,聚类结果基本一致。UPGMA结果显示:代县种群和夏县种群最先相聚,随后这两个种群与大同种群聚为一支,太原种群再与上述三个种群相聚,长治种群与其余四个种群亲缘关系最远。菜粉蝶种群间遗传距离与其地理距离之间不存在相关性。4.测定了重要林业害虫闪蛱蝶亚科11属16种蝶类的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ基因的部分序列,并结合由GenBank下载的该亚科4种蝶类的相应序列进行分析,探讨了闪蛱蝶亚科各属间的系统发育关系。以玉杵带蛱蝶,白斑眼蝶,忘忧尾蛱蝶和白带螯蛱蝶作为外群,采用PAUP* v 4.0b4a软件构建了闪蛱蝶亚科的MP和NJ分子系统树。在所构建的系统树中,由分子数据得到的蛱蝶亚科系统发育关系与传统分类学的基本一致,其中迷蛱蝶属为单系群;累积蛱蝶为明窗蛱蝶的姐妹群且支持两物种亲缘关系近的自展置信度很高;支持将白斑迷蛱蝶,迷蛱蝶,夜迷蛱蝶,栗铠蛱蝶,黄带铠蛱蝶,铂铠蛱蝶以及银白蛱蝶等物种由闪蛱蝶属中移出的修订。5.参照周尧《中国蝶类志》中蛱蝶亚科的分类系统,通过测定蛱蝶亚科15属24种蝶类的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ基因部分序列,并结合由GenBank下载的该亚科8种蝶类的相应序列,首次基于分子数据研究了国内蛱蝶亚科部分物种的系统发育关系。采用NJ,ML和Bayesian三种方法分别构建了蛱蝶亚科的分子系统树,所产生的拓扑结构完全一致且置信度高。在所构建的分子系统树中,由分子数据得到的蛱蝶亚科系统发育关系与传统分类学观点存在一些分歧,其中发现蛱蝶族和斑蛱蝶族非单系类群;支持将眼蛱蝶属由蛱蝶族移置斑蛱蝶族（=眼蛱蝶族）中;盛蛱蝶属和蜘蛱蝶属与蛱蝶族内其余属的关系较远;而蛱蝶族中各属间的关系为（（（（蛱蝶属+琉璃蛱蝶属）+钩蛱蝶属）+麻蛱蝶属）+红蛱蝶属）+（盛蛱蝶属+蜘蛱蝶属）,为我国蝶类分子系统发育研究提供了新的资料。6.为了探讨线蛱蝶亚科（参照Harvey的分类系统,1991）的分类地位,根据自行测定的和GenBank收录的线粒体COI基因和核EF-1α基因序列构建了线蛱蝶亚科、闪蛱蝶亚科、蛱蝶亚科、眼蝶亚科、斑蝶亚科、绢蛱蝶亚科、秀蛱蝶亚科、螯蛱蝶亚科、摩尔福蝶亚科和喙蝶亚科（参照Harvey的分类系统,1991）部分物种的NJ、ML和Bayesian系统树。系统树显示曾被Harvey归为苾蛱蝶族、线蛱蝶族、丝蛱蝶族和秀蛱蝶族的物种各自聚为相应的聚类簇,且线蛱蝶族的物种与其余3个族的亲缘关系很远,支持将苾蛱蝶族、线蛱蝶族、丝蛱蝶族和秀蛱蝶族分别变更为相应亚科的分类学观点。此外,根据重新界定的线蛱蝶亚科分类群,测定了该亚科9属21种蝶类的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ基因的部分序列,并结合由GenBank下载的该亚科17种蝶类的相应序列进行分析,首次探讨了线蛱蝶亚科各属的系统发育关系。结果与传统分类学的观点基本一致,支持线蛱蝶亚科的单系性,并对线蛱蝶亚科中各族间的系统学关系给出了合理的假设。7.实验测定蛱蝶科（参照周尧的《中国蝶类志》）9亚科51种蝶类的线粒体细胞色素b基因的部分序列,以凤蝶科金凤蝶作为外群,采用PAUP* v 4.0b4a软件构建了蛱蝶科的NJ系统树。系统树显示各亚科均为非单系类群,各属种间的系统发育关系较为混乱,多数分支的自展支持率很低。可能由于本实验所测定线粒体DNA Cyt b基因的片段较短,加上线粒体基因进化速率相对较快,密码子第三位点可能存在碱基替换饱和的现象,导致信息含量偏低而不能正确反应所研究类群的系统发育关系。因此,我们基于线粒体DNA COI基因和核EF-1α基因部分序列的联合数据构建蛱蝶科部分物种的系统发育树,以期揭示蛱蝶科各亚科间更为真实可靠的系统发育关系。采用DataⅠ和DataⅡ数据集构建的系统发育树均表明蛱蝶科部分亚科关系为:（（（（蛱蝶亚科+闪蛱蝶亚科）+（丝蛱蝶亚科+苾蛱蝶亚科））+秀蛱蝶亚科）+（袖蛱蝶亚科+线蛱蝶亚科））。比较采用DataⅠ和DataⅡ数据集构建的系统发育树,结果显示应将摩尔福蝶亚科归入眼蝶亚科中,而闪蛱蝶亚科中的各物种科分为两个族:闪蛱蝶族和铠蛱蝶族。8.基于自行测定的和GenBank收录的线粒体COI基因和核EF-1α基因部分序列（DataⅠ数据集）构建系统发育树,并将后翅臀角斑、眼状斑和外缘突起这3种形态性状标记在基于DataⅠ数据集构建的分子系统发育树上。结果表明这3个性状在蛱蝶科内可能是多次起源的。9.基于自行测定的和GenBank收录的线粒体COI基因和核EF-1α基因部分序列（DataⅡ数据集）,应用最大似然法、贝叶斯推断法及马尔可夫链蒙特卡罗方法构建世界蝶类最大科——蛱蝶科亚科间的系统发育树,并对该科分子系统发育树各分支间的进化速率进行了差异显着性检验。结合眼蝶亚科、蛱蝶亚科和Dynamine alexaen物种的化石资料,计算获得了蛱蝶科所有12个亚科间的首次分歧时间的平均估计值为44.2-87.1百万年前（MYA）。结果有助于人们深入了解该科的起源与进化以及估计蝶类和其它复杂类群的分歧时间。
谈探[10]（2008）在《濒危植物夏蜡梅种群遗传多样性与分子系统地理学研究》文中研究表明夏蜡梅（Sinocalycanthus chinensis）,蜡梅科（Calycanthaceae）夏蜡梅属（Sinocalycanthus）的落叶灌木,国家2级保护的珍稀濒危植物,第3纪孑遗物种,夏蜡梅属的唯一代表,主要分布于我国浙江临安和天台地区。夏蜡梅具有很高的观赏价值和药用价值,分布区狭窄,分类地位独特。但是,由于目前夏蜡梅产地自然生态环境受到严重破坏,威胁到夏蜡梅的生存和繁衍,因此,迫切需要对其濒危过程、现状和机理进行研究,从而更好地保护这一孑遗物种。采用ISSR、cpSSR分子标记技术从种群遗传学角度探讨夏蜡梅的遗传结构,并对夏蜡梅的分子系统地理学进行研究,探讨其濒危机制,为制订科学的保护策略奠定基础。研究结果如下:1、采用ISSR分子标记技术分析大明山的5个夏蜡梅种群的遗传结构。结果显示,夏蜡梅总的遗传多样性较高,种群水平的遗传多样性较低,各种群间出现显着的遗传分化（Gst=0.4107）,表明夏蜡梅种群在小尺度分布范围内就具有显着的遗传分化。2、夏蜡梅在种群内具有显着的空间遗传结构,空间分布类型为聚集分布-随机分布-均匀分布,符合距离隔离效应理论。将夏蜡梅植株大小划分3个年龄级,年龄级Ⅰ未在较小距离等级内呈现显着的聚集分布,而在中等距离等级内呈现显着的空间聚集分布;年龄级Ⅱ、年龄级Ⅲ在较小的距离等级与较大的距离等级内均呈现显着的空间遗传结构,并在较小距离内个体间呈现聚集分布。根据空间遗传结构分布情况,推测夏蜡梅种群内花粉传播距离为36m左右,种子传播距离为24m左右,可见夏蜡梅在种群内基因流严重受限,种群水平的遗传多样性较低。3、8个夏蜡梅自然种群的cpSSR标记分析结果表明,夏蜡梅总的遗传多样性较高,种群内遗传多样性较低,种群间遗传分化显着（如Gst=0.7558）。由Gst计算的基因流仅为0.1616,基因流很低,严重受限。由于叶绿体基因组的不重组性,各位点间进行不重组组合,共组合出4种夏蜡梅单倍型,3种分布于临安地区,1种分布于天台地区,而且两地区的单倍型不共享。4、夏蜡梅分子系统地理格局为2种单倍型广泛并分别分布在天台和临安地区,其余2种单倍型由于基因流的限制而局限分布在大明山和清凉峰自然保护区内。具体表现为三级支系:1)第1级支系是临安大明山和天台大雷山;2)第2级支系是清凉峰自然保护区;3)第3级支系是颊口镇前坑和龙岗镇双石边。临安大明山和天台大雷山均可能是冰期避难所。第四纪冰期后,夏蜡梅可能的迁移路线:1)从大明山迁移到清凉峰自然保护区,然后同时分别向SSB、QK种群进行迁移扩散;2)天台大雷山区域可能由于一些历史事件以及地理环境的作用,未向外扩散。夏蜡梅优先保护单元分别是临安清凉峰自然保护区、大明山以及天台大雷山。5、导致夏蜡梅濒危的因素包括冰川时期的历史原因、生态学因素（如生境的破碎化与微生境异质性、各种群地理条件的差异性等）、夏蜡梅的繁殖生物学特性（如受限的基因流,遗传衰退,以异交为主、自交亲和的混合交配系统等）以及人类干扰。据此,提出夏蜡梅的保护策略。
二、红树科6属cpDNA和nrDNA序列相对速率检验及分歧时间估计（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、红树科6属cpDNA和nrDNA序列相对速率检验及分歧时间估计（论文提纲范文）
（1）竹节树研究进展及其应用前景（论文提纲范文）
| 1 育苗繁殖研究 |
| 1.1 播种育苗 |
| 1.2 扦插育苗 |
| 2 生理生化研究 |
| 2.1 光合生理 |
| 2.2 生物化学 |
| 3 生物抗性研究 |
| 4 分子遗传学研究 |
| 5 林分改造与生态修复研究 |
| 6 展望 |
（2）山茱萸种质资源多样性评价（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 缩略词Abbreviation |
| 摘要 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 山茱萸植物的研究进展 |
| 1.1.1 山茱萸生物学特征及其价值 |
| 1.1.2 山茱萸植物研究现状 |
| 1.1.3 山茱萸植物应用存在的问题 |
| 1.2 遗传多样性中常用于标记的基因序列片段 |
| 1.2.1 nrDNA |
| 1.2.2 cpDNA |
| 1.3 DNA基因序列标记在植物中的应用 |
| 1.4 山茱萸植物的多糖研究概述 |
| 2 引言 |
| 2.1 研究的目的意义 |
| 2.2 主要的研究方法 |
| 3 材料与方法 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 山茱萸内含物测定 |
| 3.1.1.1 试验材料 |
| 3.1.1.2 主要药品试剂 |
| 3.1.1.3 主要仪器设备 |
| 3.1.2 山茱萸基因序列标记 |
| 3.1.2.1 试验材料 |
| 3.1.2.2 主要药品试剂 |
| 3.1.2.3 主要仪器设备 |
| 3.1.2.4 主要试剂的配置 |
| 3.1.2.5 序列引物的设计 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 山茱萸形态指标的测量 |
| 3.2.2 山茱萸内含物——多糖的提取测定 |
| 3.2.2.1 山茱萸多糖的提取 |
| 3.2.2.2 山茱萸多糖的测定 |
| 3.2.3 山茱萸总DNA的提取及检测 |
| 3.2.3.1 山茱萸总DNA的提取 |
| 3.2.3.2 山茱萸总DNA的检测 |
| 3.2.4 制备用于克隆山茱萸基因序列的DNA模板 |
| 3.2.5 山茱萸基因片段的PCR扩增 |
| 3.2.5.1 ITS基因片段的PCR扩增 |
| 3.2.5.2 cp DNA基因片段的PCR扩增 |
| 3.2.6 琼脂糖凝胶电泳及检测 |
| 3.2.6.1 制备琼脂糖电泳所需要的凝胶 |
| 3.2.6.2 基因扩增后的电泳检测及染色观察 |
| 3.2.7 山茱萸PCR扩增产物的纯化及测序 |
| 3.2.8 数据分析 |
| 3.2.8.1 山茱萸形态指标及内含物—多糖含量的数据分析 |
| 3.2.8.2 山茱萸ITS基因序列数据分析 |
| 3.2.8.3 山茱萸cp DNA基因序列数据分析 |
| 4 结果与分析 |
| 4.1 山茱萸种质资源形态学指标分析 |
| 4.2 山茱萸种质资源多糖差异分析 |
| 4.3 山茱萸植物的ITS序列研究 |
| 4.3.1 山茱萸植物的ITS序列的克隆 |
| 4.3.2 山茱萸ITS-PCR纯化产物测序结果 |
| 4.3.3 山茱萸ITS区序列特性 |
| 4.3.4 不同山茱萸单株ITS序列单倍型的分布及遗传多样性分析 |
| 4.3.5 山茱萸ITS在种内、种间的变异 |
| 4.3.6 基于ITS不同山茱萸群体间的遗传距离及系统发生分析 |
| 4.3.6.1 最大似然法（ML）系统发育分析 |
| 4.3.6.2 邻接法（NJ）系统发育分析 |
| 4.3.7 山茱萸种群间的遗传距离 |
| 4.4 山茱萸植物的cp DNA序列分析 |
| 4.4.1 山茱萸植物的cp DNA序列引物的筛选 |
| 4.4.2 山茱萸植物的cp DNA序列的克隆 |
| 4.4.3 山茱萸cp DNA-PCR纯化产物测序结果 |
| 4.4.4 山茱萸植物cp DNA片段序列特性 |
| 5 讨论与结论 |
| 5.1 讨论 |
| 5.1.1 山茱萸的序列及表型特征 |
| 5.1.2 山茱萸种群的遗传多样性 |
| 5.1.3 山茱萸种群的系统发育关系 |
| 5.1.4 ITS序列对不同产区山茱萸的鉴别 |
| 5.1.5 DNA的纯度及完整性 |
| 5.1.6 PCR反应 |
| 5.2 结论 |
| 参考文献 |
| ABSTRACT |
（3）秋茄种群遗传结构特征及亲缘地理关系的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1. 引言 |
| 1.1. 研究背景 |
| 1.2. 相关理论简介 |
| 1.2.1. 溯祖理论(coalescent theory) |
| 1.2.2. 有效种群大小(Effective population size) |
| 1.2.3. 自然选择(nature selection) |
| 1.2.4. 随机漂变(genetic drift) |
| 1.2.5. 基因流(gene flow) |
| 1.2.6. 贝叶斯近似计算(Approximate Bayesian Computation,简称ABC) |
| 1.3. 分子标记技术 |
| 1.3.1. 分子标记检测技术 |
| 1.3.2. 分子标记在红树植物研究中的应用 |
| 1.4. 秋茄研究的概况 |
| 1.4.1. 秋茄的基本特征 |
| 1.4.2. 秋茄的研究进展 |
| 1.5. 秋茄研究中存在的问题及本研究的目的与意义 |
| 1.5.1. 存在的问题 |
| 1.5.2. 研究内容 |
| 1.5.3. 研究的目的与意义 |
| 2. 野外材料采集及DNA提取 |
| 2.1. 采集时间与采集方法 |
| 2.2. 采集地概况 |
| 2.3. DNA的提取 |
| 3. 基于AFLP对种群遗传结构及地理分布格局分析 |
| 3.1. 选取DNA样品与AFLP实验方法 |
| 3.1.1. 选取DNA样品 |
| 3.1.2. AFLP实验步骤 |
| 3.2. 数据处理与分析 |
| 3.2.1. 数据分析 |
| 3.3. 结果与分析 |
| 3.3.1. AFLP扩增结果多态性及中性检测 |
| 3.3.2. 遗传多样性参数 |
| 3.3.3. 有效种群大小 |
| 3.3.4. 自然种群遗传结构差异 |
| 3.3.5. 自然种群基因组成同质性及归群 |
| 3.3.6. 自然种群间基因流分析 |
| 3.3.7. 遗传距离与地理距离的相关性 |
| 3.3.8. 自然种群基因频率分布 |
| 3.3.9. 原生林遗传结构与人工林种群间的比较 |
| 3.4. 讨论 |
| 3.4.1. 秋茄种群遗传结构特点及形成原因 |
| 3.4.2. 秋茄种群分化及其地理格局形成的原因 |
| 3.4.3. 造林过程中人为选择种苗引起遗传结构表现 |
| 3.5. 小结与建议 |
| 4. 基于SSR分析种群遗传结构及种群间的亲缘地理关系 |
| 4.1. 选取DNA样品与SSR实验方法 |
| 4.1.1. 选取DNA样品 |
| 4.1.2. SSR分子标记实验步骤 |
| 4.2. 数据分析 |
| 4.2.1. 等位基因类型分析 |
| 4.2.2. 种群遗传多样性分析 |
| 4.2.3. 度量种群遗传的分化 |
| 4.2.4. 种群遗传结构 |
| 4.2.5. 瓶颈效应及基因流估算 |
| 4.2.6. 贝叶斯近似计算(Approximate Bayesian Computation,简称ABC)模型建构及评估 |
| 4.2.7. 叶绿体DNA的SSR数据处理 |
| 4.3. 结果与分析 |
| 4.3.1. 种群内等位基因类型与遗传多样性参数 |
| 4.3.2. 种群遗传分化 |
| 4.3.3. 遗传组成相似性及归群分析 |
| 4.3.4. 瓶颈效应及基因流估算 |
| 4.3.5. 种群起源及迁移路线的推测 |
| 4.3.6. 叶绿体DNA遗传多样性参数分析 |
| 4.3.7. 秋茄种群单倍型分析 |
| 4.3.8. 基于叶绿体DNA遗传结构组成分析 |
| 4.3.9. 叶绿体DNA遗传结构差异 |
| 4.4. 讨论 |
| 4.4.1. 遗传多样性分析 |
| 4.4.2. 种群起源及迁移路线 |
| 4.4.3. 种群分化的原因 |
| 4.4.4. 人工林与原生林之间的比较 |
| 4.5. 小结及建议 |
| 5. 结论、创新与展望 |
| 5.1. 结论 |
| 5.1.1. 秋茄种群遗传结构的多样性 |
| 5.1.2. 秋茄种群地理分布形成的原因 |
| 5.1.3. 秋茄种群形成分化 |
| 5.1.4. 人工林遗传结构的特点 |
| 5.2. 研究创新点 |
| 5.3. 研究展望 |
| 参考文献 |
| 个人简介 |
| 导师简介 |
| 获得成果目录 |
| 致谢 |
| 附表 |
| 附表1 引物物及参考文献 |
| 附表2 Geneclass2软件计算种群间的基因流情况 |
（4）蒙古野马Cytb基因和D-loop区序列的遗传多态性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 蒙古野马的简介 |
| 1.1.1 蒙古野马的分布 |
| 1.1.2 蒙古野马的特征 |
| 1.1.3 蒙古野马的濒危 |
| 1.2 蒙古家马 |
| 1.2.1 乌审马 |
| 1.2.2 乌珠穆沁马 |
| 1.2.3 巴尔虎马 |
| 1.2.4 锡尼河马 |
| 1.3 野马和家马遗传多态性与起源关系的研究现状 |
| 1.4 对于野马和家马的起源关系存在的分歧 |
| 1.5 遗传多态性 |
| 1.5.1 遗传多态性的概念及研究意义 |
| 1.5.1.1 遗传多态性的概念 |
| 1.5.1.2 遗传多态性的研究意义 |
| 1.6 遗传标记的选择 |
| 1.6.1 mtDNA研究 |
| 1.6.1.1 mtDNA的基因组结构 |
| 1.6.2 动物mtDNA的特点 |
| 1.6.3 mtDNA在马遗传多态性的研究 |
| 1.6.4 mtDNA在马品种间起源进化的研究 |
| 1.7 生物进化论 |
| 1.7.1 现代综合进化论 |
| 1.7.2 分子进化中性论 |
| 1.7.2.1 中性理论 |
| 1.7.2.2 分子钟 |
| 1.8 本实验的目的与意义 |
| 1.9 本实验的技术路线 |
| 2 基于Cytb基因的家马与野马的遗传多态性与起源关系 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 DNA样品 |
| 2.1.2 实验试剂药品与主要仪器设备 |
| 2.1.2.1 试剂药品 |
| 2.1.2.2 主要仪器设备 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 DNA提取 |
| 2.2.2 PCR过程 |
| 2.2.3 PCR产物纯化回收 |
| 2.2.4 从GenBank下载的序列信息 |
| 2.2.5 数据分析 |
| 2.3 实验结果与分析 |
| 2.3.1 野马的Cytb基因的PCR扩增结果 |
| 2.3.2 DNA变异分析 |
| 2.3.3 群体扩张 |
| 2.3.4 系统发育树的构建 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 Cytb基因遗传多态性 |
| 2.4.2 群体扩张 |
| 2.4.3 系统进化分析 |
| 3 基于D-loop高变区的蒙古野马与蒙古家马起源关系及分歧时间 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 DNA样品 |
| 3.1.2 实验试剂药品与主要仪器设备 |
| 3.1.2.1 试剂药品 |
| 3.1.2.2 主要仪器设备 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 DNA提取 |
| 3.2.2 PCR过程 |
| 3.2.3 PCR产物纯化回收 |
| 3.2.4 从GenBank下载的序列信息 |
| 3.2.5 数据分析 |
| 3.3 实验结果与分析 |
| 3.3.1 野马D-loop区序列PCR扩增结果 |
| 3.3.2 DNA变异与群体结构 |
| 3.3.3 系统发育分析 |
| 3.3.4 进化分歧的估计 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 遗传多态性 |
| 3.4.2 系统发育分析 |
| 3.4.3 进化分歧的估计 |
| 4 结论 |
| 4.1 所选标记多态性 |
| 4.2 各类型马群的遗传多态性 |
| 4.3 蒙古野马与蒙古家马的起源关系 |
| 4.4 蒙古野马与蒙古家马之间的亲缘关系 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（5）我国华南地区大熊猫系统演化与遗传多样性的古DNA研究（论文提纲范文）
| 作者简介 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| §1.1 论文的选题的意义及目的 |
| §1.2 古DNA的研究进展与应用 |
| 1.2.1 古DNA的研究进展 |
| 1.2.2 古DNA的应用 |
| §1.3 古DNA研究中存在的问题 |
| 1.3.1 古DNA的保存与降解 |
| 1.3.2 污染的控制 |
| 1.3.3 古DNA实验结果的可靠性 |
| 1.3.4 核基因的拷贝与插入 |
| 第二章 大熊猫的分类与演化 |
| §2.1 大熊猫形态特征与生活环境概况 |
| §2.2 大熊猫种和亚种的划分 |
| 2.2.1 大熊猫种与亚种的简介 |
| 2.2.2 大熊猫种、亚种的主要鉴别特征 |
| §2.3 大熊猫地史分布及演化 |
| 2.3.1 大熊猫的地史分布 |
| 2.3.2 大熊猫的演化 |
| §2.4 大熊猫的系统分类 |
| §2.5 大熊猫研究中存在的问题 |
| 第三章 古DNA研究原理与方法 |
| §3.1 线粒体基因组结构与特点 |
| §3.2 古DNA实验原理与方法 |
| 3.2.1 古DNA的提取 |
| 3.2.2 PCR 扩增 |
| 3.2.3 分子克隆 |
| 3.2.4 序列测定 |
| 3.2.5 系统发育分析 |
| 第四章 大熊猫古DNA实验 |
| §4.1 实验仪器及试剂 |
| 4.1.1 主要仪器 |
| 4.1.2 常用试剂 |
| §4.2 实验样品 |
| §4.3 实验步骤 |
| 4.3.1 古DNA提取 |
| 4.3.2 PCR扩增 |
| 4.3.3 PCR产物的电泳检测 |
| 4.3.4 PCR产物纯化 |
| 4.3.5 分子克隆 |
| 4.3.6 序列测定 |
| 4.3.7 重复性实验 |
| §4.4 实验结果 |
| 4.4.1 国内PCR实验电泳检测结果 |
| 4.4.2 克隆实验电泳检测结果 |
| 4.4.3 重复性实验电泳检测结果 |
| 4.4.4 重复性实验获得序列的比对结果 |
| 4.4.5 获得序列长度统计结果 |
| 第五章 序列分析 |
| §5.1 序列相似性查询 |
| §5.2 序列比对分析 |
| §5.3 12s rRNA基因全序列比对分析 |
| §5.4 Cytb基因全序列比对分析 |
| 5.4.1 序列核苷酸组成 |
| 5.4.2 核苷酸序列比对 |
| 5.4.3 遗传距离 |
| 5.4.4 饱和度分析 |
| §5.5 ND1基因部分序列比对分析 |
| 5.5.1 序列核苷酸组成 |
| 5.5.2 核苷酸序列比对 |
| 5.5.3 遗传距离 |
| 5.5.4 饱和度分析 |
| §5.6 D-loop部分序列比对分析 |
| 5.6.1 序列核苷酸组成 |
| 5.6.2 核苷酸序列比对 |
| 5.6.3 核苷酸遗传距离 |
| 5.6.4 饱和度分析 |
| §5.7 16s rRNA部分序列比对分析 |
| 5.7.1 序列核苷酸组成 |
| 5.7.2 核苷酸序列比对 |
| 5.7.3 核苷酸遗传距离 |
| 5.7.4 饱和度分析 |
| 第六章 系统发育分析 |
| §6.1 构建系统发育树 |
| 6.1.1 物种单个体数据构建系统发育树 |
| 6.1.2 物种双个体数据构建系统进化树 |
| 6.1.3 系统发育分析 |
| 6.1.4 分歧时间 |
| 6.1.5 大熊猫分类地位 |
| 6.1.6 遗传多样性分析 |
| §6.2 讨论 |
| 6.2.1 样品的保存情况 |
| 6.2.2 序列的可靠性分析 |
| 6.2.3 构树结果的差异 |
| 6.2.4 基因序列的变异 |
| 6.2.5 大熊猫系统演化 |
| 6.2.6 大熊猫的遗传多样性 |
| 第七章 结论与展望 |
| §7.1 结论 |
| §7.2 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
（6）中国广义蓼属植物及其近缘类群的分子系统学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 目录 |
| 第1章 文献综述及研究思路 |
| 第1节 蓼科蓼属及其近缘类群的研究历史及现状 |
| 1 蓼属的创立及其系统分类学研究进展 |
| 2 孢粉学研究 |
| 3 叶表皮及花被片微形态学研究 |
| 4 果实形态解剖及其微形态学研究 |
| 5 新分类群的发现 |
| 第2节 分子系统学及其在蓼科和广义蓼属的研究概况 |
| 1 植物分子系统学的发展简况 |
| 2 分子标记技术 |
| 3 用于植物分子系统学研究的主要分子标记 |
| 4 目前常见用于蓼科的分子标记及其分子系统学研究 |
| 第3节 研究思路 |
| 1 分子标记的筛选及分子树建树方法的选择 |
| 2 广义蓼属及其近缘类群的分子系统学研究 |
| 3 广义冰岛蓼属的分子系统学探讨 |
| 4 各类群间关键点的歧化时间计算 |
| 第2章 DNA提取、扩增与序列测定 |
| 1 材料样品的收集 |
| 2 DNA提取与PCR扩增方法 |
| 2.1 改良CTAB法提取基因组DNA |
| 2.2 PCR扩增 |
| 2.2.1 PCR引物的设计与选择 |
| 2.2.2 最佳PCR扩增条件的选择 |
| 2.2.3 最适PCR扩增体系的筛选 |
| 2.3 DNA片段序列测定 |
| 2.4 DNA片段序列比对与拼接 |
| 第3章 广义蓼属及其近缘类群的分子系统学研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 基于单个或多个基因联合的分子系统树构建 |
| 1.3 各类群关键点歧化时间的计算 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 基于atpB-rbcL单个片段的分子系统树 |
| 2.2 基于trnL-F单个片段的分子系统树 |
| 2.3 基于ITS单个片段的分子系统树 |
| 2.4 基于cpDNA 2个片段联合的分子系统树 |
| 2.5 基于3个片段联合的分子系统树 |
| 2.6 各类群关键点的歧化时间 |
| 3 讨论 |
| 3.1 广义冰岛蓼属的系统位置 |
| 3.2 西伯利亚蓼的系统位置 |
| 3.3 虎杖属和首乌属的系统位置 |
| 3.4 酱头和翼蓼的系统位置 |
| 3.5 翅果蓼的系统位置 |
| 3.6 小叶蓼的系统位置 |
| 3.7 多穗蓼和松林蓼的系统位置 |
| 3.8 柳叶刺蓼的系统位置 |
| 3.9 金线草属的系统位置 |
| 3.10 其它属或组的系统位置 |
| 3.11 关于中国蓼科亚科及其下族、亚族和属的划分 |
| 3.12 关于分子树与物种树的关系问题 |
| 第4章 广义冰岛蓼属的分子系统探讨 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 基于3个片段联合数据矩阵的分子系统树 |
| 2.2 各类群关键点歧化时间的计算 |
| 3 讨论 |
| 第5章 结论与后续研究及展望 |
| 1 主要结论 |
| 2 后续研究及展望 |
| 主要参考文献 |
| 致谢 |
| 在读期间发表的论文及完成的科研课题 |
（7）南非长角羚（Oryx gazela）和白长角羚（Oryx dammah）线粒体基因组研究及系统发育分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 文献综述 |
| 1.1 动物线粒体基因组 |
| 1.1.1 线粒体基因组的组成和结构 |
| 1.1.2 线粒体基因组的特征 |
| 1.1.3 线粒体基因组的起源和进化 |
| 1.1.4 线粒体基因组的研究进展 |
| 1.1.5 牛科动物线粒体研究研究概况 |
| 1.2 分子系统发育研究 |
| 1.2.1 分子系统发育 |
| 1.2.2 分子系统发育研究方法 |
| 2 材料方法 |
| 2.1 实验思路 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.2.1 样品采集 |
| 2.2.2 实验仪器、试剂 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 DNA 提取 |
| 2.3.2 引物设计 |
| 2.3.3 PCR 和电泳 |
| 2.3.4 目的基因片段的回收和连接转化 |
| 2.3.5 克隆 PCR 和测序 |
| 2.3.6 序列分析 |
| 2.3.7 系统发育分析 |
| 2.3.8 进化分歧时间估计 |
| 3. 实验结果 |
| 3.1 南非长角羚和白长角羚线粒体基因组组成 |
| 3.1.1 蛋白质编码基因 |
| 3.1.2 tRNA 基因和 rRNA 基因 |
| 3.1.3 非编码区 |
| 3.2 系统发育分析 |
| 3.3 进化分歧时间估计 |
| 3.3.1 核苷酸替代率 |
| 3.3.2 计算进化分歧时间 |
| 4 讨论 |
| 4.1 南非长角羚和白长角羚线粒体基因组 |
| 4.2 系统发育分析 |
| 4.3 进化分歧时间的估计 |
| 参考文献 |
| 在校期间发表的论文着作 |
| 致谢 |
（8）中国西南马遗传资源特征研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 马属动物分类 |
| 1.2 马的起源进化 |
| 1.2.1 野马起源 |
| 1.2.2 家马起源 |
| 1.2.3 西南马起源 |
| 1.3 马的遗传资源 |
| 1.3.1 动物遗传资源多样性 |
| 1.3.1.1 动物遗传资源概念 |
| 1.3.1.2 动物遗传资源多样性 |
| 1.3.1.3 动物遗传资源多样性研究的目的 |
| 1.3.2 多样性与保护生物学 |
| 1.3.3 动物遗传资源多样性分子标记技术 |
| 1.3.3.1 聚合酶链式反应－限制性片段长度多态性技术（PCR－RFLP） |
| 1.3.3.2 聚合酶链式反应-单链构象多态技术（PCR-SSCP） |
| 1.3.3.3 PCR-DNA 序列分析 |
| 1.3.3.4 微卫星标记技术（SSR）和DNA 指纹技术（DFP） |
| 1.3.3.5 随机扩增多态性DNA 技术（RAPD） |
| 1.3.3.6 扩增片段长度多态性技术（AFLP） |
| 1.3.3.7 DNA 芯片技术 |
| 1.3.4 中国马种遗传资源 |
| 1.3.4.1 马种分类 |
| 1.3.4.2 西南马概述 |
| 1.4 马遗传学研究进展 |
| 1.4.1 遗传学基础理论 |
| 1.4.1.1 获得性状遗传学说 |
| 1.4.1.2 自然选择学说 |
| 1.4.1.3 现代综合进化论 |
| 1.4.1.4 分子进化中性论 |
| 1.4.2 马遗传学研究 |
| 1.4.2.1 马的表型遗传学 |
| 1.4.2.2 马的细胞遗传学 |
| 1.4.2.3 生化遗传学研究 |
| 1.4.2.4 马分子遗传研究 |
| 1.4.3 候选基因研究进展 |
| 1.4.3.1 马 mtDNA D-Loop 区 |
| 1.4.3.2 NADH 脱氢酶亚基基因 |
| 1.4.3.3 矮小性状基因（SHOX） |
| 1.5 本研究目的与意义 |
| 2 西南马遗传资源特征分析研究 |
| 2.1 调查方案 |
| 2.2 技术规范 |
| 2.2.1 技术要求 |
| 2.2.1.1 调查步骤 |
| 2.2.1.2 调查数量 |
| 2.2.2 用具用品 |
| 2.2.3 数据处理 |
| 2.3 调查结果 |
| 2.3.1 数量分布 |
| 2.3.2 体尺指标 |
| 2.4 结果分析 |
| 2.4.1 存栏数量分析 |
| 2.4.1.1 影响数量分布的因子分析 |
| 2.4.1.2 因子选择 |
| 2.4.1.3 分析结果 |
| 2.4.1.4 建立模型 |
| 2.4.2 体尺指标分析 |
| 2.4.2.1 群体结构 |
| 2.4.2.2 个体结构 |
| 2.4.2.3 影响马体尺指标因子分析 |
| 2.4.2.3.1 指标选择 |
| 2.4.2.3.2 因子分析 |
| 2.4.2.3.3 建立模型 |
| 2.5 讨论 |
| 2.5.1 分布特征 |
| 2.5.1.1 民族特征 |
| 2.5.1.2 资源特征 |
| 2.5.1.3 经济特征 |
| 2.5.1.4 种间特征 |
| 2.5.2 体尺结构特征 |
| 2.5.2.1 群体特征 |
| 2.5.2.2 个体特征 |
| 2.5.2.3 自然特征 |
| 2.6 小结 |
| 3 西南马 mtDNA D-Loop 区分子遗传特征研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验动物和样品采集 |
| 3.1.2 实验试剂 |
| 3.1.2.1 生化试剂与分子生物学试剂 |
| 3.1.2.2 普通试剂 |
| 3.1.3 菌株和克隆载体 |
| 3.1.4 溶液与缓冲液 |
| 3.1.4.1 提取组织样 DNA 所用溶液 |
| 3.1.4.2 琼脂糖电泳所用的有关试剂 |
| 3.1.4.3 PCR-SSCP 分析所用溶液 |
| 3.1.4.4 转化克隆所用的相关试剂 |
| 3.1.5 仪器设备 |
| 3.1.6 方法 |
| 3.1.6.1 马基因组DNA 的提取及检测 |
| 3.1.6.1.1 马血样DNA 的提取方法 |
| 3.1.6.1.2 马组织样DNA 提取方法 |
| 3.1.6.1.3 DNA 质量的检测、纯化及浓度计算 |
| 3.1.6.1.3.1 琼脂糖凝胶电泳检测DNA |
| 3.1.6.1.3.2 分光光度法检测DNA |
| 3.1.6.1.3.3 DNA 的纯化 |
| 3.1.6.2 PCR 引物设计 |
| 3.1.6.3 西南 mtDNA D-loop 部分区段 PCR 扩增 |
| 3.1.6.3.1 反应混合液的组成 |
| 3.1.6.3.2 PCR 反应的条件 |
| 3.1.6.3.3 PCR 产物的检测 |
| 3.1.6.4 西南马 mtDNA D-Loop 区段的 PCR-SSCP 分析 |
| 3.1.6.4.1 10%（49∶1）非变性聚丙烯酰胺凝胶的制备及电泳 |
| 3.1.6.4.2 聚丙烯酰胺凝胶的银染 |
| 3.1.6.5 西南马 mtDNA D-Loop 区段不同单倍型分析 |
| 3.1.6.6 西南马 mtDNA D-Loop 区段不同单倍型的纯化与回收 |
| 3.1.6.7 大肠杆菌 DH5α 感受态细胞的制备 |
| 3.1.6.8 PCR 回收产物与载体的连接 |
| 3.1.6.9 连接产物的转化 |
| 3.1.6.10 白菌落转化子的重组质粒筛选鉴定 |
| 3.1.6.11 重组质粒PCR 鉴定 |
| 3.1.6.12 重组质粒的测序 |
| 3.1.6.13 序列分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 西南马基因组 DNA 及 mtDNA D-loop 部分片段 PCR 扩增 |
| 3.2.2 重组质粒鉴定与测序 |
| 3.2.3 PCR-SSCP 分析 |
| 3.2.4 西南马 mtDNA D-Loop 部分片段的单倍型多样性 |
| 3.2.4.1 单倍型分布和频率 |
| 3.2.4.2 测序结果 |
| 3.2.4.3 不同类型马 mtDNA D-Loop 的核苷酸变异及组成分析 |
| 3.2.4.4 不同类型的马 mtDNA D-Loop 部分片段各单倍型间的距离 |
| 3.2.4.5 分子变异分析 |
| 3.2.4.6 不同类型马聚类分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 关于PCR-SSCP 技术 |
| 3.3.2 mtDNA 单倍型的分布特征 |
| 3.3.3 西南马不同类型间的遗传分化 |
| 3.3.4 西南马不同类型马 mtDNA D-Loop 的核苷酸组成与变异 |
| 3.3.5 西南马遗传资源的保护 |
| 3.3.6 西南马与蒙古马、普氏野马的关系 |
| 3.3.7 中国西南马的母系起源 |
| 3.4 小结 |
| 4 西南马mtDNA ND3、ND4、ND4L 基因多态性研究 |
| 4.1 材料 |
| 4.2 方法 |
| 4.2.1 DNA 的提取与分离 |
| 4.2.2 琼脂糖凝胶电泳检测DNA |
| 4.2.3 分光光度法检测DNA |
| 4.2.4 DNA 扩增及其扩增产物的琼脂糖检测 |
| 4.2.4.1 PCR 反应程序 |
| 4.2.4.2 PCR 反应所用引物 |
| 4.2.4.3 引物溶液的配制 |
| 4.2.4.4 PCR 产物的检测 |
| 4.2.5 聚丙烯酰胺凝胶的制备、电泳、染色和图象分析 |
| 4.2.6 马 mtDNA 各位点 PCR 产物纯化回收以及测序 |
| 4.2.6.1 PCR 产物纯化 |
| 4.2.6.2 PCR 产物回收 |
| 4.2.6.3 PCR 纯化产物测序 |
| 4.2.7 统计分析 |
| 4.2.7.1 用SAS 统计分析软件计算各品种马基因型与体尺的相关性 |
| 4.2.7.2 测序序列的编辑 |
| 4.2.7.3 多重序列比较 |
| 4.2.7.4 进化树构建 |
| 4.2.7.5 网络聚类分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 马基因组DNA 提取与检测 |
| 4.3.2 马线粒体DNA ND4 基因（上游）PCR-SSCP 结果和序列分析 |
| 4.3.2.1 ND4 亚基上游PCR 扩增结果 |
| 4.3.2.2 ND4 亚基上游PCR-SSCP 分析 |
| 4.3.2.3 ND4 亚基上游基因型与体尺的相关分析 |
| 4.3.2.4 ND4 亚基上游序列分析 |
| 4.3.2.4.1 序列的核苷酸变异 |
| 4.3.2.4.2 碱基组成 |
| 4.3.2.4.3 密码子使用频率与偏倚 |
| 4.3.3 马线粒体DNA 的ND4 基因（下游）PCR-SSCP 结果和序列分析 |
| 4.3.3.1 ND4 亚基下游PCR 扩增结果 |
| 4.3.3.2 ND4 亚基下游PCR-SSCP 分析 |
| 4.3.3.3 ND4 亚基下游基因型与体尺的相关分析 |
| 4.3.3.4 ND4 亚基下游序列分析 |
| 4.3.3.4.1 序列的核苷酸变异 |
| 4.3.3.4.2 碱基组成 |
| 4.3.3.4.3 密码子使用频率与偏倚 |
| 4.3.4 马线粒体DNA 的ND4L 基因PCR-SSCP 结果和序列分析 |
| 4.3.4.1 ND4L 基因PCR 扩增结果 |
| 4.3.4.2 ND4L 基因PCR-SSCP 分析 |
| 4.3.4.3 ND4L 亚基基因型与体尺的相关分析 |
| 4.3.4.4 ND4L 基因序列分析 |
| 4.3.4.4.1 序列的核苷酸变异 |
| 4.3.4.4.2 碱基组成 |
| 4.3.4.4.3 密码子使用频率与偏倚 |
| 4.3.5 马线粒体 DNA 的 ND3 和 Ctyb 基因 PCR-SSCP 结果和序列分析 |
| 4.3.5.1 ND3 基因PCR-SSCP 结果 |
| 4.3.5.1.1 ND3 基因PCR 扩增结果 |
| 4.3.5.1.2 ND3 基因PCR-SSCP 分析 |
| 4.3.5.2 Ctyb 基因 PCR-SSCP 结果 |
| 4.3.5.2.1 Ctyb 基因 PCR 扩增结果 |
| 4.3.5.2.2 Ctyb 基因扩增产物的 PCR-SSCP 分析 |
| 4.3.6 MT2、MT3 和MT4 三对引物所扩增片段单倍型分布 |
| 4.3.7 西南马品种遗传结构分析 |
| 4.3.7.1 ND4 基因序列单倍型分析 |
| 4.3.7.2 种群遗传多样性、品种间DNA 差异 |
| 4.3.7.3 群体间的遗传分化和遗传距离(Kimura 2-parameter,ts+tv,组间平均) |
| 4.3.7.4 系统进化树 |
| 4.3.7.5 网络聚类结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 关于实验方法 |
| 4.4.1.1 基因组DNA 的提取 |
| 4.4.1.2 PCR 扩增条件摸索 |
| 4.4.1.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳条件的摸索 |
| 4.4.2 ND4 基因作为分子遗传标记在马系统发育关系研究中的探讨 |
| 4.4.3 NADH 脱氢酶亚基基因密码子使用偏倚和碱基替换模式 |
| 4.4.4 ND4、ND4L 扩增片段氨基酸替换情况分析 |
| 4.4.5 ND3 和 ctyb 基因部分片段的多态分析 |
| 4.4.6 中国西南马 mtDNA 遗传多样性和种群遗传结构 |
| 4.4.7 关于NADH 脱氢酶亚基序列变异网络聚类结果的讨论 |
| 4.4.8 保护和管理建议 |
| 4.4.9 需要进一步研究和解决的问题 |
| 4.5 小结 |
| 5 西南马矮小基因的克隆与分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.1.1 样品来源 |
| 5.1.1.2 主要试剂 |
| 5.1.1.3 仪器设备 |
| 5.1.1.4 主要试剂和溶液的配制 |
| 5.1.2 实验方法 |
| 5.1.2.1 基因组DNA 的提取与检测 |
| 5.1.2.2 PCR 反应 |
| 5.1.2.2.1 引物设计与合成 |
| 5.1.2.2.2 PCR 反应体系的建立及反应条件的优化 |
| 5.1.2.2.3 PCR 反应的程序 |
| 5.1.2.3 马SHOX 基因的克隆与测序 |
| 5.1.2.3.1 PCR 产物的纯化 |
| 5.1.2.3.2 PCR 产物的回收（DNA 凝胶回收试剂盒） |
| 5.1.2.3.3 PCR 回收产物与 pTA2 载体的连接 |
| 5.1.2.3.4 大肠杆菌 DH5α感受态细胞的制备:CaCl2 法 |
| 5.1.2.3.5 感受态效价测定 |
| 5.1.2.3.6 转化 |
| 5.1.2.3.7 重组质粒筛选和鉴定 |
| 5.1.2.3.8 重组质粒DNA 的提取（碱裂解法） |
| 5.1.2.3.9 重组质粒的PCR 鉴定 |
| 5.1.2.3.10 阳性克隆的测序 |
| 5.1.2.4 PCR-SSCP 分析 |
| 5.1.2.4.1 马SHOX 基因PCR-SSCP 的两个位点的选择及引物设计 |
| 5.1.2.4.2 PCR 反应体系的建立及反应条件的优化 |
| 5.1.2.4.3 PCR 反应的程序 |
| 5.1.2.4.4 马SHOX 基因的PCR-SSCP 分析 |
| 5.1.3 基因多态性的统计方法 |
| 5.1.3.1 等位基因频率 |
| 5.1.3.2 群体 Hardy-weinberg 平衡状态的检验 |
| 5.1.3.3 遗传纯合度(Homozygosity,Ho) |
| 5.1.3.4 遗传杂合度(Heterozygosity,He) |
| 5.1.3.5 有效等位基因数(Effective number of alleles,Ne) |
| 5.1.3.6 多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC) |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 马基因组DNA 的提取与检测结果 |
| 5.2.2 PCR 扩增目的基因 |
| 5.2.3 扩增产物的克隆及重组质粒的筛选和鉴定 |
| 5.2.3.1 目的片段的回收 |
| 5.2.3.2 重组质粒的鉴定 |
| 5.2.4 测序结果 |
| 5.2.5 向数据库提交马SHOX 基因序列 |
| 5.2.6 西南马SHOX 基因核苷酸序列分析 |
| 5.2.6.1 西南马SHOX 基因序列的比较分析 |
| 5.2.6.2 不同类群马SHOX 基因核苷酸变异分析 |
| 5.2.6.3 SHOX 基因核苷酸组成分析 |
| 5.2.6.4 SHOX 基因密码子核苷酸组成分析 |
| 5.2.6.5 SHOX 基因编码的氨基酸序列分析 |
| 5.2.7 PCR-SSCP 结果 |
| 5.2.7.1 P1 位点的PCR-SSCP 分析 |
| 5.2.7.1.1 引物P1 的PCR 扩增结果 |
| 5.2.7.1.2 P1 位点的PCR-SSCP 分析 |
| 5.2.7.2 P2 位点的PCR-SSCP 分析 |
| 5.2.7.2.1 引物P2 的PCR 扩增结果 |
| 5.2.7.2.2 P2 位点的PCR-SSCP 分析 |
| 5.2.7.2.3 序列分析与比较 |
| 5.2.7.2.4 不同类型马 SHOX 基因P2 位点PCR-SSCP 的基因型 |
| 5.2.7.2.5 不同类型马 SHOX 基因P2 位点PCR-SSCP 的等位基因 |
| 5.2.8 西南马SHOX 基因的遗传多态性分析 |
| 5.2.8.1 各群体的 Hardy-Weinberg 平衡检验 |
| 5.2.8.2 SHOX 基因的杂合度、有效等位基因数和多态信息含量 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 动物矮小性状的遗传基础 |
| 5.3.2 矮小性状基因SHOX 定位 |
| 5.3.3 SHOX 基因的作用机理 |
| 5.3.4 西南马矮小性状基因序列结构及与群体遗传结构分析 |
| 5.4 小结 |
| 创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（9）蛱蝶科遗传多样性及分子系统发育研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 蝴蝶概述 |
| 1.1.1 蝴蝶分类概述 |
| 1.1.2 蛱蝶科生物学特性、分类及系统关系 |
| 1.1.3 国内外蛱蝶科研究现状 |
| 1.2 分子系统学研究 |
| 1.2.1 分子系统学概述 |
| 1.2.2 分子系统学基本原理 |
| 1.2.3 研究方法 |
| 1.2.4 蝶类物种分子系统学研究现状 |
| 1.3 遗传多样性研究 |
| 1.3.1 遗传多样性研究的方法 |
| 1.3.2 蝶类物种遗传多样性研究现状 |
| 1.4 分子钟 |
| 1.5 系统发育树的构建方法 |
| 1.5.1 距离法 |
| 1.5.2 最大简约(MP)法 |
| 1.5.3 最大似然(ML)法 |
| 1.5.4 贝叶斯(Bayesian)法 |
| 1.6 本课题研究的目的和意义 |
| 第二章 大紫蛱蝶和菜粉蝶的遗传多样性研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.1.1 大紫蛱蝶及其相关物种的概述 |
| 2.1.2 菜粉蝶概述 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 实验方法 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 引物筛选结果 |
| 2.3.2 蝶类干标本不同部位基因组DNA的提取结果 |
| 2.3.3 大紫蛱蝶三个地理种群的遗传多样性分析 |
| 2.3.4 菜粉蝶山西省内5个地理种群的遗传多样性分析 |
| 2.4 分析与讨论 |
| 2.4.1 蝶类干标本不同部位的基因组DNA提取 |
| 2.4.2 大紫蛱蝶三个地理种群的遗传多样性分析 |
| 2.4.3 菜粉蝶山西省内5个地理种群的遗传多样性分析 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 闪蛱蝶亚科、蛱蝶亚科和线蛱蝶亚科部分物种系统发育关系研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.1.1 闪蛱蝶亚科的概述 |
| 3.1.2 蛱蝶亚科的概述 |
| 3.1.3 线蛱蝶亚科的概述 |
| 3.2 材料和方法 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 实验方法 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 PCR扩增产物检测 |
| 3.3.2 PCR回收样品的检测 |
| 3.3.3 测序 |
| 3.3.4 闪蛱蝶亚科部分物种系统发育关系研究 |
| 3.3.5 蛱蝶亚科主要分类群的系统发育关系 |
| 3.3.6 线蛱蝶亚科主要分类群的系统发育关系 |
| 3.4 分析与讨论 |
| 3.4.1 闪蛱蝶亚科部分物种系统发育关系研究 |
| 3.4.2 蛱蝶亚科主要分类群的系统发育关系 |
| 3.4.3 线蛱蝶亚科主要分类群的系统发育关系 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 蛱蝶科部分物种系统进化研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料和方法 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 实验方法 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 蛱蝶科部分物种的系统发育关系研究 |
| 4.3.2 形态性状的进化分析 |
| 4.3.3 蛱蝶科亚科间的分歧时间估计 |
| 4.4 分析与讨论 |
| 4.4.1 蛱蝶科部分物种的系统发育关系研究 |
| 4.4.2 形态性状的进化分析 |
| 4.4.3 蛱蝶科亚科间的分歧时间估计 |
| 4.5 小结 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 博士期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 个人简况及联系方式 |
（10）濒危植物夏蜡梅种群遗传多样性与分子系统地理学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 引言 |
| 1.1 研究对象的独特性及地理分布 |
| 1.2 夏蜡梅研究现状 |
| 1.2.1 夏蜡梅的分类归属与进化起源 |
| 1.2.2 栽培繁殖研究 |
| 1.2.3 夏蜡梅的生态生物学特性 |
| 1.2.4 夏蜡梅植株器官化学成分研究 |
| 1.2.5 夏蜡梅种群遗传多样性研究 |
| 1.3 空间遗传结构研究概况 |
| 1.4 植物分子系统地理学研究现状 |
| 1.4.1 分子系统地理学理论 |
| 1.4.2 植物分子系统地理学发展历程 |
| 1.5 物种优先保护单元的确定研究 |
| 1.6 本研究中采用的分子标记 |
| 1.6.1 ISSR 分子标记 |
| 1.6.2 cpSSR 分子标记 |
| 1.7 本研究的立题依据 |
| 1.8 本研究的主要内容 |
| 1.8.1 临安大明山5 个夏蜡梅种群的遗传分化 |
| 1.8.2 夏蜡梅种群内空间遗传结构 |
| 1.8.3 夏蜡梅自然种群cpSSR 遗传变异分析 |
| 1.8.4 夏蜡梅分子系统地理学研究 |
| 1.8.5 夏蜡梅优先保护单元的确定 |
| 1.8.6 夏蜡梅综合保护策略的制订 |
| 2 研究区域概况 |
| 2.1 临安自然概况 |
| 2.2 天台自然概况 |
| 3 材料与方法 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 野外样地确定与样品采集 |
| 3.1.2 实验采用的主要仪器 |
| 3.1.3 实验采用的试剂 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 主要溶液的配置 |
| 3.2.2 基因组总DNA 的提取与定量 |
| 3.2.3 ISSR 扩增与产物鉴定 |
| 3.2.4 cpSSR 扩增与产物鉴定 |
| 3.2.5 数据统计与分析 |
| 4 结果与分析 |
| 4.1 大明山夏蜡梅5 个种群遗传分化的ISSR 分析 |
| 4.1.1 夏蜡梅种群ISSR 扩增条带的多态性 |
| 4.1.2 夏蜡梅种群的遗传多样性 |
| 4.1.3 夏蜡梅种群的遗传分化 |
| 4.1.4 夏蜡梅种群间遗传相似度、遗传距离及聚类分析 |
| 4.2 夏蜡梅空间遗传结构分析 |
| 4.2.1 不同年龄级植株空间遗传结构分析 |
| 4.2.2 所有植株空间遗传结构的整体分析 |
| 4.2.3 夏蜡梅空间遗传结构的综合分析 |
| 4.3 夏蜡梅自然种群cpSSR 遗传变异分析 |
| 4.3.1 cpSSR 扩增的多态性 |
| 4.3.2 单倍型分析 |
| 4.3.3 夏蜡梅种群遗传多样性 |
| 4.3.4 夏蜡梅种群遗传分化 |
| 4.3.5 夏蜡梅种群间的遗传聚类与溯祖关系分析 |
| 4.3.6 夏蜡梅优先保护单元的确定 |
| 5 讨论 |
| 5.1 大明山夏蜡梅5 个种群的遗传分化分析 |
| 5.2 夏蜡梅种群空间遗传结构 |
| 5.2.1 空间遗传结构形成过程中可能发生的历史事件 |
| 5.2.2 空间遗传结构形成的影响因素 |
| 5.3 夏蜡梅自然种群cpSSR 遗传变异 |
| 5.3.1 夏蜡梅叶绿体遗传多样性 |
| 5.3.2 夏蜡梅叶绿体遗传分化 |
| 5.3.3 夏蜡梅分子系统地理格局 |
| 5.3.4 夏蜡梅冰期避难所及种群扩张路线的推测 |
| 5.3.5 夏蜡梅优先保护单元的确定 |
| 5.4 濒危物种夏蜡梅的保护策略 |
| 6 主要结论、创新及研究展望 |
| 6.1 主要结论 |
| 6.2 论文创新 |
| 6.3 研究展望 |
| 参考文献 |
| 附图 |
| 导师简介 |
| 致谢 |
四、红树科6属cpDNA和nrDNA序列相对速率检验及分歧时间估计（论文参考文献）
- [1]竹节树研究进展及其应用前景[J]. 杨通文,苏春桃,韩维栋,高秀梅. 安徽农业科学, 2021(10)
- [2]山茱萸种质资源多样性评价[D]. 赵志浩. 河南农业大学, 2016(05)
- [3]秋茄种群遗传结构特征及亲缘地理关系的研究[D]. 阮宇. 北京林业大学, 2014(03)
- [4]蒙古野马Cytb基因和D-loop区序列的遗传多态性研究[D]. 海棠. 内蒙古农业大学, 2014(01)
- [5]我国华南地区大熊猫系统演化与遗传多样性的古DNA研究[D]. 侯新东. 中国地质大学, 2014(01)
- [6]中国广义蓼属植物及其近缘类群的分子系统学研究[D]. 闵运江. 安徽大学, 2013(05)
- [7]南非长角羚（Oryx gazela）和白长角羚（Oryx dammah）线粒体基因组研究及系统发育分析[D]. 任颖. 曲阜师范大学, 2012(09)
- [8]中国西南马遗传资源特征研究[D]. 孙玉江. 内蒙古农业大学, 2008(06)
- [9]蛱蝶科遗传多样性及分子系统发育研究[D]. 张敏. 山西大学, 2008(03)
- [10]濒危植物夏蜡梅种群遗传多样性与分子系统地理学研究[D]. 谈探. 北京林业大学, 2008(01)